仅将log2转换应用于data.frame的数字列 [英] Apply log2 transformation only to numeric columns of a data.frame

问题描述

我试图在我的数据集上运行 log2 转换，但我不断收到一条错误消息，提示数据框中的非数字变量。我的数据具有 row.names = 1 和 header = TRUE ，属于数据类。 frame（）

I am trying to run a log2 transformation on my data set but I keep getting an error that says "non-numeric variable(s) in data frame". My data has row.names = 1 and header = TRUE and is of class data.frame()

我尝试添加 lappy（na.strings），但这确实无法解决问题

I tried adding lappy(na.strings) but this does not fix the problem

Shared_DEGs <- cbind(UT.Degs_heatmap[2:11], MT.Degs_heatmap[2:11], HT.Degs_heatmap[2:11])
Shared_DEGs1 <- `row.names<-`(Shared_DEGs, (UT.Degs_heatmap[,1]))
MyData.INF.log2 <- log2(Shared_DEGs1)

数据应该被log2转换为输出

The data should be log2 transformed as an output

推荐答案

使用 base R 的 rapply ，请使用@ r2evans提供的数据。

Yet another way using base R's rapply, kindly using the data provided by @r2evans.

rapply(mydf, f = log2, classes = c("numeric", "integer"), how = "replace")
#       num      int chr  lgl
#1 1.651496 2.321928   A TRUE

这篇关于仅将log2转换应用于data.frame的数字列的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！