在R包中设置动态链接库的目录路径 [英] Setting a directory path to a dynamically linked library in an R package

问题描述

编写R程序包时，装入动态链接库（即 .so 文件）的正确方法是什么？到目前为止，对我而言唯一有效的解决方案是指定 .so 文件的完整路径，例如：

What is the proper way to load in a dynamically linked library (i.e., a .so file) when writing an R package? The only solution that has worked for me so far has been to specify the full path to the .so file, e.g.:

dyn.load（'/ FULL / PATH / TO / MY / R_PACKAGE / src / my_file.so'）

显然，此方法不适用于CRAN /生物导体提交，因为不会找到.so文件。因此，我（未成功）尝试了以下替代方法：

Obviously, this approach will not work for a CRAN/Bioconductor submission since the .so file will not be located. As such, I have (unsuccessfully) tried the following alternatives:

1） library.dynam（）

2） library.dynam（'my_file.so'）

3） library.dynam（'my_file.so'，'R_PACKAGE'）

4） system.file（ src， my_file.so，package = R_PACKAGE）

相关链接： R：C符号不在加载表中， R：C符号名称不在负载表中-错误与外部.c文件链接。

我的R软件包的用户显然可以在他们的计算机上设置任何任意的工作目录。全路径方法（如上所示）唯一可行的方法是将工作目录设置为 / FULL / PATH / TO / MY / R_PACKAGE / src ， （当然）是不切实际的。

Just to be crystal clear, users of my R package may obviously set any arbitrary working directory on their computers. The only way a full path approach (as shown above) would ever work is if they set their working directory to /FULL/PATH/TO/MY/R_PACKAGE/src, which is (of course) impractical.

推荐答案

做到这一点的标准方法，如编写R扩展，是：

The standard way to do this, as described in Writing R Extensions, is:

1.5.4 useDynLib

1.5.4 useDynLib

一个 NAMESPACE 文件可以包含一个或多个 useDynLib 指令，允许需要加载共享对象。*指令

A NAMESPACE file can contain one or more useDynLib directives which allows shared objects that need to be loaded.* The directive

useDynLib（foo）

注册共享对象 foo **以便通过 library.dynam 。在装入程序包代码之后和运行装入挂钩函数之前，将装入已注册的对象。只需使用加载挂钩函数来加载共享库的软件包就可以使用 useDynLib 指令。

registers the shared object foo** for loading with library.dynam. Loading of registered object(s) occurs after the package code has been loaded and before running the load hook function. Packages that would only need a load hook function to load a shared object can use the useDynLib directive instead.

* 注意：仅当软件包在R目录中包含R代码时，才在R的所有版本中读取。
** 请注意，这是共享库的基本名称，并将添加适当的扩展名（.so或.dll）。

* NB: this will only be read in all versions of R if the package contains R code in a R directory. ** Note that this is the basename of the shared object, and the appropriate extension (.so or .dll) will be added.

这篇关于在R包中设置动态链接库的目录路径的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！