R - 子集数据框 - 检查值是否在范围内 [英] R - subset data frame - check if value lies in range

问题描述

我有以下两个数据框

d1 <- data.frame(chr = c("chr1","chr2","chr2"), pos = c(11, 15,21), type = c("type1","type2","type1"))

    > d1
    chr pos  type
 1 chr1  11 type1
 2 chr2  15 type2
 3 chr2  21 type1


d2 <- data.frame(chr = c("chr1","chr2","chr4"), start = c(10, 15,30), stop = c(13,20,40))

   > d2
   chr start stop
1 chr1    10   13
2 chr2    15   20
3 chr4    30   40

我想在两个条件下对 d1 进行子集化:

I want to subset d1 on two conditions:

• 保留所有type"==type1"的行(我知道怎么做)
• 保留 'chr' 匹配 d2 中任何行的所有行，并且 'pos' 位于 d2 中该行的 'start' 和 'stop' 值之间

在这种情况下，生成的 d3 将只包含 d1 的第 1 行:

The resulting d3 would in this case then only contain line 1 of d1:

    > d3
    chr pos  type
 1 chr1  11 type1

我会这样开始:

 d3 <- subset(d1, d1$type == "type1" & ...)

推荐答案

我们可以把所有的条件加在一起成为一个逻辑条件子集

We can add all the conditions together into one logical condition to subset

d1[d1$type=="type1" & d1$chr %in% d2$chr & d1$pos >= d2$start & d1$pos <= d2$stop, ]

#   chr pos  type
#1 chr1  11 type1

这篇关于R - 子集数据框 - 检查值是否在范围内的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！