为包含动态数组的结构创建MPI类型 [英] Create MPI type for struct containing dynamic array

问题描述

我试图发送一个将其中一个成员作为动态数组的结构，但此数组似乎发送不正确。对如何做到这一点有什么建议吗？

这是我拥有的：

struct bar
{
    int a;
    int b;
    int* c;
};

void defineMPIType(MPI_Datatype* newType, int cLen, struct bar* msg)
{
    int blockLengths[3] = {1, 1, cLen};
    MPI_Datatype types[3] = {MPI_INT, MPI_INT, MPI_INT};
    MPI_Aint offsets[3];

    MPI_Aint addrB, addrC;
    MPI_Address(&(msg->b), &addrB);
    MPI_Address(msg->c, &addrC);

    offsets[0] = offsetof(struct bar, a);
    offsets[1] = offsetof(struct bar, b);
    offsets[2] = addrC - addrB; 

    MPI_Type_create_struct(3, blockLengths, offsets, types, newType);
    MPI_Type_commit(newType);
}

void main(int argc, char* argv[])
{   
    MPI_Init(&argc, &argv);
    int rank, p;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p);

    int cLen = argv[0];    
    MPI_Datatype MPI_BAR_TYPE;

    struct bar* msg = malloc(sizeof(*msg)); 
    msg->c =  malloc(sizeof(int) * cLen);
    defineMPIType(&MPI_BAR_TYPE, cLen, msg);

    if (rank == 0)
    {
        msg->a = 1;
        msg->b = 2;
        for (int i = 0; i < cLen; ++i)
            msg->c[i] = i;
        MPI_Send(msg, 1, MPI_BAR_TYPE, 1, 111, MPI_COMM_WORLD); 
    }
    else
    {
        MPI_Status stat;        
        MPI_Recv(msg, 1, MPI_BAR_TYPE, 0, 111, MPI_COMM_WORLD, &stat);      
    }

    printf("Rank %d has c = [", rank);
    for (int i = 0; i < cLen; ++i)
        printf("%d, ", msg->c[i]);
    printf("]
");

    free(msg);
    MPI_Type_free(&MPI_BAR_TYPE);
    MPI_Finalize();
}

成员a和b已正确发送，但c未正确发送。

推荐答案

您的代码中存在一些问题，甚至忽略了类型本身的问题：

• 第一个问题是，您仅在进程#0上为c数组分配了内存，然后您(试图)将此数据发送到进程#1。但是进程#1没有分配任何内存来存储消息。因此，即使发送方式正确，代码也会失败。
• 以MPI_开头的名称是为MPI库保留的，因此您不能随心所欲地使用它们。您必须为您的MPI_BAR_TYPE找到其他名称。
• 这一行让我有点困惑：int cLen = argv[0];我想您想要从命令行读取要分配的数组的大小，在这种情况下，可能应该是这样的：int clen = atoi(argv[1]);(忘记了需要正确处理的有效性测试.)
• 您仅测试该进程是否为0级进程，这意味着如果您出于某种原因启动了3个进程，2级进程将永远等待来自0级进程的永远不会到达的消息。
• 最后是数组本身：在您的代码中，指针c和c指向的数据之间有一个很大的念力。您的结构嵌入了指针，但没有嵌入指向的内存。因此您不能将相应的数据映射到MPI结构中.最明显的原因是，从一个调用到下一个调用(或从一个进程调用到下一个调用)，不能保证c指向的结构地址和数据地址的偏移量相同(实际上，几乎可以保证它会不同)。因此您无法可靠地映射它们。

因此，要解决问题，您需要做的就是一次性只传输2个整数a和b(如果需要，可以创建一个MPI结构来传输它们的数组)。然后，您将转移c指向的内存，该内存是您事先分配的。

您的代码可能变成例如：

#include <mpi.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

struct bar
{
    int a;
    int b;
    int* c;
};

void defineMPIType( MPI_Datatype* newType ) {
    struct bar tmp[2];
    MPI_Aint extent = &tmp[1] - &tmp[0];

    MPI_Type_create_resized( MPI_2INT, 0, extent, newType );
    MPI_Type_commit( newType );
}

int main( int argc, char* argv[] ) {   
    MPI_Init(&argc, &argv);
    int rank, p;
    MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &rank );
    MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &p );

    int cLen = atoi( argv[1] );    
    MPI_Datatype Bar_type;
    defineMPIType( &Bar_type );

    struct bar msg; 
    msg.c = ( int* ) malloc( sizeof( int ) * cLen );
    if ( rank == 0 ) {
        msg.a = 1;
        msg.b = 2;
        for ( int i = 0; i < cLen; ++i ) {
            msg.c[i] = i;
        }
        MPI_Send( &msg, 1, Bar_type, 1, 111, MPI_COMM_WORLD );
        MPI_Send( msg.c, cLen, MPI_INT, 1, 222, MPI_COMM_WORLD );
    }
    else if ( rank == 1 ) {
        MPI_Recv( &msg, 1, Bar_type, 0, 111, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE );
        MPI_Recv( msg.c, cLen, MPI_INT, 0, 222, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE );
    }

    printf("Rank %d has a = %d, b = %d, c = [", rank, msg.a, msg.b );
    for ( int i = 0; i < cLen - 1; ++i ) {
         printf( "%d, ", msg.c[i] );
    }
    printf( "%d]
", msg.c[cLen - 1] );

    free( msg.c );
    MPI_Type_free( &Bar_type );
    MPI_Finalize();

    return 0;
}

这提供了：

$ mpirun -n 2 ./a.out 3
Rank 0 has a = 1, b = 2, c = [0, 1, 2]
Rank 1 has a = 1, b = 2, c = [0, 1, 2]

MPI编码快乐。

这篇关于为包含动态数组的结构创建MPI类型的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！