Pheatmap集群注释 [英] pheatmap cluster annotation

问题描述

我尝试将基于k-均值的聚类算法的结果显示为pheatmap。为此，我使用这里建议的过程：R draw kmeans clustering with heatmap

现在的问题是，我想添加一个突出显示集群的配色方案，类似于heatmap和heatmap.2中的"RowSideColors"选项。至于pheatmap，我只找到annotation选项，但它是按列工作的，而不是按行工作的。是否有方法突出显示pheatmap中的行簇？

我的另一个想法是将簇列作为单独的颜色添加到热图中。但是，我需要使用与热图其余部分不同的配色方案，因此我不确定这是否可行。

推荐答案

现在pheatmap包中有一个ANNOTATION_ROW参数：

library(pheatmap)

# define a matrix
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# annotate rows
annotation_row = data.frame(
GeneClass = factor(rep(c("Path1", "Path2", "Path3"), c(10, 4, 6))))
rownames(annotation_row) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# plot pheatmap
pheatmap(test, annotation_row = annotation_row)

这篇关于Pheatmap集群注释的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！