在lApply中为每个文件创建多个绘图 [英] creating multiple plots for each file within lapply
本文介绍了在lApply中为每个文件创建多个绘图的处理方法,对大家解决问题具有一定的参考价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧!
问题描述
我有几个文件,我正在通过lapp循环这些文件。在lApply中,我想为每个文件创建一个MAPLOT和一个火山图。以下是我的代码:
library(ggplot2)
library(dplyr)
files <- list.files(path = baseDir,pattern = "*.txt",full.names = T,recursive = F)
fun <- function(x){
a <- basename(x)
a <- gsub(".txt","",a)
df <- read.table(x,header = TRUE,sep = " ")
df <- df[,c(1,(ncol(df)-5):(ncol(df)))]
df <- mutate(df,threshold = ifelse(padj < 0.05,"sig","non-sig"))
df$sigtype <- paste(df$threshold,df$type,sep="-")
## Make MAPLOT
ggplot(df, aes(x = baseMean, y = log2FoldChange)) +
scale_x_continuous(trans = "log10")+
geom_point(aes(col = threshold), size = 1, shape = 20)+
scale_color_manual(values = c("non-sig" = "gray70","sig" = "red")) +
ylim(-5, 10)+geom_hline(yintercept = 0, linetype = "dashed",color = "black") +
xlab("mean of normalized counts")+ theme_classic()
## Make Volcano plot
ggplot(df, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(padj))) +
scale_x_continuous()+ geom_point()+ xlab("fold change")+ theme_classic()
}
lapply(files,fun)
在RStudio下运行它,我预计它将为字符向量files
(有8个输入文本文件)中的每个输入文件生成1个MAPLOT和1个Volcano图。但相反,它只绘制了8号火山的情节。
我在这里遗漏了什么?
我还想输出在1 pdf(canvo.pdf),每页1和所有的MAPLOT在另一个pdf(maplot.pdf),每页1的火山曲线图。我如何实现这一点?
推荐答案
以下是dev.set
的主要说教示例,我在没有任何打开的图形设备的情况下在新的R进程中运行了它:
## Report active device
dev.cur()
## null device
## 1
## Open device 2 and make it the active device
pdf("bar.pdf")
## Open device 3 and make it the active device
pdf("foo.pdf")
## List all open devices
dev.list()
## pdf pdf
## 2 3
f <- function() {
## Plot in device 3
plot(1:10, 1:10, main = "foo")
## Cycle to device 2
dev.set()
## Plot in device 2
plot(rnorm(10L), rnorm(10L), main = "bar")
## Cycle to device 3
dev.set()
invisible(NULL)
}
## Call 'f' four times
replicate(4L, f())
## Close device 3 and report active device
dev.off()
## pdf
## 2
## Close device 2 and report active device
dev.off()
## null device
## 1
## Clean up
unlink(c("foo.pdf", "bar.pdf"))
@Limey的建议是一次在一台设备上工作,以避免dev.set
所要求的记账:
pdf("foo.pdf")
f1 <- function() {
plot(1:10, 1:10, main = "foo")
invisible(NULL)
}
replicate(4L, f1())
dev.off()
pdf("bar.pdf")
f2 <- function() {
plot(rnorm(10L), rnorm(10L), main = "bar")
invisible(NULL)
}
replicate(4L, f2())
dev.off()
unlink(c("foo.pdf", "bar.pdf"))
这篇关于在lApply中为每个文件创建多个绘图的文章就介绍到这了,希望我们推荐的答案对大家有所帮助,也希望大家多多支持IT屋!
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