R中基于相关性的热图树状图 [英] Heatmap dendrogram based on correlation in R

问题描述

我在R：中有一个热图，如下所示

col<- colorRampPalette(c("red","white", "blue"))(10)
library("gplots")
heatmap.2(qq,scale="none",col=col,trace="none",density.info="none",dendrogram="column")

但随后我根据相关性进行了单独的聚类分析，结果如下所示：

library(Hmisc)
plot(varclus(qq,similarity="spearman"))

如何修改我的热图，以使集群与我使用相关性进行的集群分析完全相同？我需要以某种方式修改heatmap.2函数(或者可能使用不同的函数)，使其基于皮尔逊相关性。有什么想法吗？

推荐答案

尝试

col<- colorRampPalette(c("red","white", "blue"))(10)
library("gplots")

library(Hmisc)
v <- varclus(qq,similarity="spearman")

devtools::install_github('talgalili/dendextend')
library(dendextend)

dend <- as.dendrogram(v) # comes from dendextend. The same as as.dendrogram(v$hclust)

heatmap.2(qq,scale="none",col=col,trace="none",density.info="none",dendrogram="column", Colv = dend)

(QQ不存在，无法复制图片)

这篇关于R中基于相关性的热图树状图的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！