基于文件的第一和第二列和第二文件的第三和第四列连接2个文件 [英] join 2 files based on 1st & 2nd column of file AND 3rd & 4th column of second file

问题描述

文件1

rs12345  G  C  
rs78901  A  T

文件2

3  22745180  rs12345  G  C,G  
12 67182999  rs78901  A  G,T  

所需输出

3  22745180  rs12345  G  C  
12 67182999  rs78901  A  T  

我试了 awk 'NR==FNR {h[$1] = $3; next} {print $1,$2,$3,h[$2]}' file1 file2

生成的输出

3  22745180  rs12345  

将文件2的前4列和文件1的第3列打印为输出中的第5列

推荐答案

您可以使用awk：

awk 'FNR == NR {map[$1,$2] = $3; next} ($3,$4) in map {$NF = map[$3,$4]} 1' f1 f2 | column -t

3   22745180  rs12345  G  C
12  67182999  rs78901  A  T

可读性更强的版本：

awk '
FNR == NR {
   map[$1,$2] = $3
   next
}
($3,$4) in map {
   $NF = map[$3,$4]
}
1' file1 file2 | column -t

仅用于表格输出的column -t。

这篇关于基于文件的第一和第二列和第二文件的第三和第四列连接2个文件的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！