加入换行符FASTA文件利用状况的SED / AWK / Perl的单行 [英] Joining Line Breaks in FASTA file With Condition in SED/AWK/Perl one-liner

问题描述

我有一个看起来像这样的数据

 ＆GT; SQ1
foofoofoobar
foofoofoo
＆GT; SQ2
quxquxquxbar
quxquxquxbar
quxx
＆GT; SQ3
paxpaxpax
PAX
 

我想要做的就是将它们连接成一个行：

 ＆GT; SQ1 foofoofoobarfoofoofoo
＆GT; SQ2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx
＆GT; SQ3 paxpaxpaxpax
 

我想这code，但失败。

  SED -e'德'-e'H; $ D组;：E'-e'X; / ^ $ /天; S / \\ n // G'
 

什么是做正确的方式？

解决方案

  $的awk'/ ^＆GT; /＆放大器;＆安培; NR大于1 {打印;} {printf的 ％S，/ ^＆GT; /？ $ 0：$ 0}'文件
＆GT; SQ1 foofoofoobarfoofoofoo
＆GT; SQ2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx
＆GT; SQ3 paxpaxpaxpax
 

I have a data that looks like this

> sq1
foofoofoobar
foofoofoo
> sq2
quxquxquxbar
quxquxquxbar
quxx
> sq3
paxpaxpax
pax

What I want to do is to join them into one lines:

> sq1 foofoofoobarfoofoofoo
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx
> sq3 paxpaxpaxpax

I tried this code but fail.

sed -e 'te' -e 'H;$!d;:e' -e 'x;/^$/d;s/\n//g'

What's the right way to do it?

解决方案

$ awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' file 
> sq1 foofoofoobarfoofoofoo
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx
> sq3 paxpaxpaxpax

这篇关于加入换行符FASTA文件利用状况的SED / AWK / Perl的单行的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！