MPI_Gather分段故障 [英] MPI_Gather segmentation fault
本文介绍了MPI_Gather分段故障的处理方法，对大家解决问题具有一定的参考价值，需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧！
问题描述
我有这种并行高斯消元code。发生在调用任何 MPI_Gather 函数调用分段错误。我知道，如果内存不是为任何缓冲区正确分配这样的误差可能上升。但我看不到任何错误的内存管理code。
有人能帮助？
感谢。
注：
该计划从名为 input.txt的。
.TXT 读取文件code：
的#include＆LT;＆stdio.h中GT;
＃包括LT＆;＆stdlib.h中GT;
＃包括LT＆;＆math.h中GT;
＃包括mpi.h/ *无效print2dAddresses（双** array2d，诠释行，诠释COLS）
{
INT I; 对于（i = 0; I＆LT;行;我++）
{
诠释J; 为（J = 0; J＆LT; COLS; J ++）
{
的printf（％D，及（array2d [I] [J]））;
} 的printf（\\ n）;
} 的printf（------------------------------------）;
} * /双** newMatrix（INT行，诠释COLS）
{
双*数据=（双*）malloc的（行* COLS *的sizeof（双））;
双**阵列=（双**）的malloc（行*的sizeof（双*））;
INT I; 对于（i = 0; I＆LT;行;我++）
数组[我] =及（数据[COLS * I]）; 返回数组;
}无效freeMatrix（双**垫）
{
免费（垫[0]）; 免费（垫）;
}双** new2dArray（INT NROWS，诠释NCOLS）
{
INT I;
双** array2d; array2d =（双**）的malloc（NROWS * sizeof的（双*））; 对于（i = 0; I＆LT; NROWS;我++）
{
array2d [I] =（双*）malloc的（NCOLS *的sizeof（双））;
} 返回array2d;
}双* new1dArray（INT大小）
{
回报（双*）malloc的（大小*的sizeof（双））;
}无效free2dArray（双** array2d，INT NROWS）
{
INT I; 对于（i = 0; I＆LT; NROWS;我++）
{
免费（array2d [I]）;
} 免费（array2d）;
}无效print2dArray（双** array2d，诠释NROWS，诠释NCOLS）
{
INT I，J; 对于（i = 0; I＆LT; NROWS;我++）
{
为（J = 0; J＆LT; NCOLS; J ++）
{
的printf（％LF，array2d [I] [J]）;
} 的printf（\\ n）;
} 的printf（---------------------- \\ n）;
}无效print1dArray（双*数组，INT大小）
{
INT I; 对于（i = 0; I＆LT;大小;我++）
{
的printf（％LF \\ n，数组[我]）;
} 的printf（---------------------- \\ n）;
}无效read2dArray（FILE * FP，双** array2d，诠释NROWS，诠释NCOLS）
{
INT I，J; 对于（i = 0; I＆LT; NROWS;我++）
{
为（J = 0; J＆LT; NCOLS; J ++）
{
的fscanf（FP，％LF，及（array2d [I] [J]））;
}
}
}无效read1dArray（FILE * FP，双阵列*，诠释大小）
{
INT I; 对于（i = 0; I＆LT;大小;我++）
{
的fscanf（FP，％LF，及（数组[I]））;
}
}无效readSymbols（字符*符号，诠释大小，FILE * FP）
{
INT I; 对于（i = 0; I＆LT;大小;我++）
{
焦C ='\\ n'; 而（C =='\\ n'| C ==''| C =='\\ T'| C =='\\ r'）
的fscanf（FP，％C，和C）; 符号[I] = C;
}
}无效printSolution（字符*符号，双* X，INT大小）
{
INT I; 对于（i = 0; I＆LT;大小;我++）
{
的printf（％C =％LF \\ N，符号[I]中，x [I]）;
}
}双* copy_1d_array（双原*，诠释大小）
{
双* copy_version;
INT I; copy_version =（双*）malloc的（大小*的sizeof（双））; 对于（i = 0; I＆LT;大小;我++）
{
copy_version [I] = [i]原;
} 返回copy_version;
}INT主（INT ARGC，字符** argv的）
{
INT P，等级，I，J，K，L，MSIZE，rowsPerProcess，其余startingRow，DEST，rowCounter，remainingRows，neededProcesses;
双** A * B，* X ** smallA，* currentRow，* smallB，currentB，** receivedA，* receivedB;
字符*符号;
MPI_Status状态; MPI_INIT（安培; ARGC，＆安培; argv的）;
MPI_Comm_size（MPI_COMM_WORLD，＆放大器; P）;
MPI_Comm_rank（MPI_COMM_WORLD，＆安培;等级）; 如果（排名== 0）
{
FILE * FP; FP = FOPEN（input.txt的，R）; 的fscanf（FP，％D，＆安培; MSIZE）; A = newMatrix（MSIZE，MSIZE）;
B = new1dArray（MSIZE）;
X = new1dArray（MSIZE）; 符号=（字符*）malloc的（MSIZE *的sizeof（字符））; read2dArray（FP，A，MSIZE，MSIZE）;
read1dArray（FP，B，MSIZE）; readSymbols（符号，MSIZE，FP）;
FCLOSE（FP）; / * print2dArray（A，MSIZE，MSIZE）;
print1dArray（B，MSIZE）; * / } MPI_Bcast（安培; MSIZE，1，MPI_INT，0，MPI_COMM_WORLD）;
对于（I = 0; I＆≤（MSIZE - 1）;我+ +）
{
INT maxIndex;
双maxCoef，TMP，R;
/ *找出最大的行* / 如果（排名== 0）
{
maxIndex = I;
maxCoef =晶圆厂（A [I] [I]）;
为（J = I + 1; J＆LT; MSIZE; J ++）
{
如果（晶圆厂（A [J] [I]）GT; maxCoef）
{
maxCoef = A [j]的[I]
maxIndex = j的;
}
} / *交换当前行的最大行* /
为（J = 0; J＆LT; MSIZE; J ++）
{
TMP = A [I] [J]。
A [I] [J] = A [maxIndex] [J]。
A [maxIndex] [J] = tmp目录;
} TMP = B [I];
B〔Ⅰ〕= B [maxIndex];
B〔maxIndex] = tmp目录;
/ * *消除/
/ *为（J = I + 1; J＆LT; MSIZE; J ++）
{
双R = A [j]的[I] / A [I] [I] 从j行减去R * i行
对于（K = 1; K＆LT; MSIZE; k ++）
{
A [J] [K] - = R * A [I] [K];
} B〔J] - = R * B [I]
} * / / *平行取消* /
startingRow = I + 1;
neededProcesses = P; remainingRows = MSIZE - startingRow; 如果（remainingRows＆LT; neededProcesses）
{
neededProcesses = remainingRows;
} rowsPerProcess = remainingRows / neededProcesses;
余数= remainingRows％neededProcesses;
} MPI_Bcast（安培; startingRow，1，MPI_INT，0，MPI_COMM_WORLD）;
MPI_Bcast（安培; rowsPerProcess，1，MPI_INT，0，MPI_COMM_WORLD）; 如果（排名== 0）
{
currentRow = copy_1d_array（A [startingRow-1]，MSIZE）;
currentB = B [startingRow-1];
}
其他
{
currentRow = new1dArray（MSIZE）;
} MPI_Bcast（currentRow，MSIZE，MPI_DOUBLE，0，MPI_COMM_WORLD）;
MPI_Bcast（安培; currentB，1，MPI_DOUBLE，0，MPI_COMM_WORLD）; 如果（排名== 0）
{
receivedA = newMatrix（remainingRows，MSIZE）;
receivedB = new1dArray（remainingRows）;
}
smallA = newMatrix（rowsPerProcess，MSIZE）;
smallB = new1dArray（rowsPerProcess）; MPI_Scatter（及（A [startingRow] [0]），rowsPerProcess * MSIZE，MPI_DOUBLE，及（smallA [0] [0]），rowsPerProcess * MSIZE，MPI_DOUBLE，0，MPI_COMM_WORLD）; MPI_Scatter（及（B〔startingRow]），rowsPerProcess，MPI_DOUBLE，及（smallB [0]），rowsPerProcess，MPI_DOUBLE，0，MPI_COMM_WORLD）; 为（J = 0; J＆LT; rowsPerProcess; J ++）
{
R = smallA [J] [startingRow-1] / currentRow [startingRow-1]; 对于（K = 0; K＆LT; MSIZE; k ++）
{
smallA [J] [K] - = R * currentRow [K]
} smallB [J] - = R * currentB;
} MPI_Gather（及（smallA [0] [0]），rowsPerProcess * MSIZE，MPI_DOUBLE，及（receivedA [0] [0]），rowsPerProcess * MSIZE，MPI_DOUBLE，0，MPI_COMM_WORLD）; MPI_Gather（及（smallB [0]），rowsPerProcess，MPI_DOUBLE，及（receivedB [0]），rowsPerProcess，MPI_DOUBLE，0，MPI_COMM_WORLD）; freeMatrix（smallA）;
免费（smallB）; 如果（排名== 0）
{
为（J = 0; J＆LT; remainingRows; J ++）
{
对于（K = 0; K＆LT; MSIZE; k ++）
{
A [J + startingRow] [K] = receivedA [J] [K];
} B〔J + startingRow] = receivedB [J]。
}
免费（currentRow）;
freeMatrix（receivedA）;
免费（receivedB）;
} 如果（排名== 0）
{
如果（余数大于0）
{
为（J =（MSIZE - 余数）; J＆LT; MSIZE; J ++）
{
R = A [j]的[I] / A [I] [I] 对于（K = 0; K＆LT; MSIZE; k ++）
{
A [J] [K] - = R * A [I] [K];
} B〔J] - = R * B [I]
}
}
} } 如果（排名== 0）
{
/ *回代* / 为（ⅰ= MSIZE - 1; I＆GT; = 0;我 - ）
{
X [I] = B [I]; 为（J = MSIZE - 1; J＆GT;我; j--）
{
X [i] - = A [i] [j]的* X [J]。
} X [I] / = A [I] [I]
} 的printf（解= \\ n）;
// print1dArray（X，MSIZE）; printSolution（符号中，x，MSIZE）; freeMatrix（A）;
免费（B）;
免费（X）;
免费（符号）;
}
MPI_Finalize（）;
返回0;
}
输入文件：
3
1 1 1
1 1 3
2 1 4
4
9
12
X
ÿ
ž
解决方案
这可能是这样的：及（receivedA [0] [0]）上的进程，其中评级！= 0 。你索引尚未分配的数组。您可能需要创建另一个指针，像这样的：
如果（排名== 0）
{
receivedA = newMatrix（remainingRows，MSIZE）;
recievedAHead =及（receivedA [0] [0]）;
receivedB = new1dArray（remainingRows）;
}
其他{
recievedAHead = NULL;
}
和在MPI_Gather调用中使用 recievedAHead 。
I have this parallel Gaussian elimination code. A segmentation error happens upon calling either MPI_Gather function calls. I know such error may rise if memory is not allocated properly for either buffers. But I cannot see any wrong with the memory management code.
Can someone help?
Thanks.
Notes:
The program reads from a .txt file in the same directory called input.txt.
Code:
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <math.h>
#include "mpi.h"
/*void print2dAddresses(double** array2d, int rows, int cols)
{
int i;
for(i = 0; i < rows; i++)
{
int j;
for(j = 0; j < cols; j++)
{
printf("%d ", &(array2d[i][j]));
}
printf("\n");
}
printf("------------------------------------");
}*/
double** newMatrix(int rows, int cols)
{
double *data = (double*) malloc(rows * cols * sizeof(double));
double **array= (double **)malloc(rows * sizeof(double*));
int i;
for (i=0; i<rows; i++)
array[i] = &(data[cols*i]);
return array;
}
void freeMatrix(double** mat)
{
free(mat[0]);
free(mat);
}
double** new2dArray(int nrows, int ncols)
{
int i;
double** array2d;
array2d = (double**) malloc(nrows * sizeof(double*));
for(i = 0; i < nrows; i++)
{
array2d[i] = (double*) malloc(ncols * sizeof(double));
}
return array2d;
}
double* new1dArray(int size)
{
return (double*) malloc(size * sizeof(double));
}
void free2dArray(double** array2d, int nrows)
{
int i;
for(i = 0; i < nrows; i++)
{
free(array2d[i]);
}
free(array2d);
}
void print2dArray(double** array2d, int nrows, int ncols)
{
int i, j;
for(i = 0; i < nrows; i++)
{
for(j = 0; j < ncols; j++)
{
printf("%lf ", array2d[i][j]);
}
printf("\n");
}
printf("----------------------\n");
}
void print1dArray(double* array, int size)
{
int i;
for(i = 0; i < size; i++)
{
printf("%lf\n", array[i]);
}
printf("----------------------\n");
}
void read2dArray(FILE* fp, double** array2d, int nrows, int ncols)
{
int i, j;
for(i = 0; i < nrows; i++)
{
for(j = 0; j < ncols; j++)
{
fscanf(fp, "%lf", &(array2d[i][j]));
}
}
}
void read1dArray(FILE* fp, double* array, int size)
{
int i;
for(i = 0; i < size; i++)
{
fscanf(fp, "%lf", &(array[i]));
}
}
void readSymbols(char* symbols, int size, FILE* fp)
{
int i;
for(i = 0; i < size; i++)
{
char c = '\n';
while(c == '\n' | c == ' ' | c == '\t' | c == '\r')
fscanf(fp, "%c", &c);
symbols[i] = c;
}
}
void printSolution(char* symbols, double* x, int size)
{
int i;
for(i = 0; i < size; i++)
{
printf("%c = %lf\n", symbols[i], x[i]);
}
}
double* copy_1d_array(double* original, int size)
{
double* copy_version;
int i;
copy_version = (double*) malloc(size * sizeof(double));
for(i = 0; i < size; i++)
{
copy_version[i] = original[i];
}
return copy_version;
}
int main(int argc, char** argv)
{
int p, rank, i, j, k, l, msize, rowsPerProcess, remainder, startingRow, dest, rowCounter, remainingRows, neededProcesses;
double **A, *b, *x, **smallA, *currentRow, *smallB, currentB, **receivedA, *receivedB;
char *symbols;
MPI_Status status;
MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
if(rank == 0)
{
FILE* fp;
fp = fopen("input.txt", "r");
fscanf(fp, "%d", &msize);
A = newMatrix(msize, msize);
b = new1dArray(msize);
x = new1dArray(msize);
symbols = (char*) malloc(msize * sizeof(char));
read2dArray(fp, A, msize, msize);
read1dArray(fp, b, msize);
readSymbols(symbols, msize, fp);
fclose(fp);
/*print2dArray(A, msize, msize);
print1dArray(b, msize);*/
}
MPI_Bcast(&msize, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
for(i = 0; i < (msize - 1); i++)
{
int maxIndex;
double maxCoef, tmp, r;
/*finding max row*/
if(rank == 0)
{
maxIndex = i;
maxCoef = fabs(A[i][i]);
for(j = i + 1; j < msize; j++)
{
if(fabs(A[j][i]) > maxCoef)
{
maxCoef = A[j][i];
maxIndex = j;
}
}
/*swapping the current row with the max row*/
for(j = 0; j < msize; j++)
{
tmp = A[i][j];
A[i][j] = A[maxIndex][j];
A[maxIndex][j] = tmp;
}
tmp = b[i];
b[i] = b[maxIndex];
b[maxIndex] = tmp;
/*elimination*/
/*for(j = i + 1; j < msize; j++)
{
double r = A[j][i] / A[i][i];
subtracting r * row i from row j
for(k = i; k < msize; k++)
{
A[j][k] -= r * A[i][k];
}
b[j] -= r * b[i];
}*/
/*parallel elimination*/
startingRow = i + 1;
neededProcesses = p;
remainingRows = msize - startingRow;
if(remainingRows < neededProcesses)
{
neededProcesses = remainingRows;
}
rowsPerProcess = remainingRows / neededProcesses;
remainder = remainingRows % neededProcesses;
}
MPI_Bcast(&startingRow, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
MPI_Bcast(&rowsPerProcess, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
if(rank == 0)
{
currentRow = copy_1d_array(A[startingRow-1], msize);
currentB = b[startingRow-1];
}
else
{
currentRow = new1dArray(msize);
}
MPI_Bcast(currentRow, msize, MPI_DOUBLE, 0, MPI_COMM_WORLD);
MPI_Bcast(¤tB, 1, MPI_DOUBLE, 0, MPI_COMM_WORLD);
if(rank == 0)
{
receivedA = newMatrix(remainingRows, msize);
receivedB = new1dArray(remainingRows);
}
smallA = newMatrix(rowsPerProcess, msize);
smallB = new1dArray(rowsPerProcess);
MPI_Scatter(&(A[startingRow][0]), rowsPerProcess*msize, MPI_DOUBLE, &(smallA[0][0]), rowsPerProcess*msize, MPI_DOUBLE, 0, MPI_COMM_WORLD);
MPI_Scatter(&(b[startingRow]), rowsPerProcess, MPI_DOUBLE, &(smallB[0]), rowsPerProcess, MPI_DOUBLE, 0, MPI_COMM_WORLD);
for(j = 0; j < rowsPerProcess; j++)
{
r = smallA[j][startingRow-1] / currentRow[startingRow-1];
for(k = 0; k < msize; k++)
{
smallA[j][k] -= r * currentRow[k];
}
smallB[j] -= r * currentB;
}
MPI_Gather(&(smallA[0][0]), rowsPerProcess*msize, MPI_DOUBLE, &(receivedA[0][0]), rowsPerProcess*msize, MPI_DOUBLE, 0, MPI_COMM_WORLD);
MPI_Gather(&(smallB[0]), rowsPerProcess, MPI_DOUBLE, &(receivedB[0]), rowsPerProcess, MPI_DOUBLE, 0, MPI_COMM_WORLD);
freeMatrix(smallA);
free(smallB);
if(rank == 0)
{
for(j = 0; j < remainingRows; j++)
{
for(k = 0; k < msize; k++)
{
A[j+startingRow][k] = receivedA[j][k];
}
b[j+startingRow] = receivedB[j];
}
free(currentRow);
freeMatrix(receivedA);
free(receivedB);
}
if(rank == 0)
{
if(remainder > 0)
{
for(j = (msize - remainder); j < msize; j++)
{
r = A[j][i] / A[i][i];
for(k = 0; k < msize; k++)
{
A[j][k] -= r * A[i][k];
}
b[j] -= r * b[i];
}
}
}
}
if(rank == 0)
{
/*backward substitution*/
for(i = msize - 1; i >= 0; i--)
{
x[i] = b[i];
for(j = msize - 1; j > i; j--)
{
x[i] -= A[i][j] * x[j];
}
x[i] /= A[i][i];
}
printf("solution = \n");
//print1dArray(x, msize);
printSolution(symbols, x, msize);
freeMatrix(A);
free(b);
free(x);
free(symbols);
}
MPI_Finalize();
return 0;
}
Input File:
3
1 1 1
1 1 3
2 1 4
4
9
12
x
y
z
解决方案
It might be this: &(receivedA[0][0]) on processes where rank != 0. You're indexing an array that hasn't been allocated. You might have to create another pointer, like this:
if(rank == 0)
{
receivedA = newMatrix(remainingRows, msize);
recievedAHead = &(receivedA[0][0]);
receivedB = new1dArray(remainingRows);
}
else {
recievedAHead = NULL;
}
and use recievedAHead in the MPI_Gather call.
这篇关于MPI_Gather分段故障的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！
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