快速矢量数学在Clojure / Incanter [英] Fast vector math in Clojure / Incanter

问题描述

我目前正在寻找Clojure和Incanter作为R的替代品（不是我不喜欢R，但它只是有趣的尝试新的语言。）我喜欢Incanter和发现语法吸引人，但矢量化操作是相当比较慢到R或Python。

例如，我想使用Incanter向量操作，Clojure map和R来获得向量
的一阶差分。下面是所有
版本的代码和时间。你可以看到R显然更快。

Incanter和Clojure：

  ））
（def x（doall（sample-normal 1e7）））
（time（def y（doall（minus（rest x）（butlast x））））
Elapsed时间：16481.337 msecs
（time（def y（doall（map  - （rest x）（butlast x））））
经过时间：16457.850 msecs
  

R：

  rdiff< -  function（x）{
n = length（x）
x [2：n]  -  x [1：（n-1）]} 
x = rnorm（1e7）
 .time（rdiff（x））
用户系统已过
 1.504 0.900 2.561 
  

所以我想知道有没有办法加快矢量操作在Incanter / Clojure？此外，欢迎使用来自Clojure的循环，Java数组和/或库的解决方案。

我也将此问题发布到Incanter Google群组，

更新：我已将Jouni的回答标记为已接受，请参阅下面的自我回答，我已清理他的代码，

解决方案

这里是一个Java数组实现，在我的系统上比你的R代码（YMMV）更快。注意启用反射警告，这在优化性能时是重要的，以及对y的重复类型提示（def上的一个似乎没有帮助aset），并将所有内容转换为原始的double值（dotime确保i是一个原始的int）。

 （set！* warn-on-reflection * true）
 incanter.stats）
（def ^[Dx（double-array（sample-normal 1e7）））
 
（time 
（do 
 Dy（double（array（dec（count x））））
（dotimes [i（dec（count x））] 
（aset ^[Dy 
i 
（double（ - （double（aget x（inc i）））
（double（aget xi））））））））
  pre> 
I'm currently looking into Clojure and Incanter as an alternative to R. (Not that I dislike R, but it just interesting to try out new languages.) I like Incanter and find the syntax appealing, but vectorized operations are quite slow as compared e.g. to R or Python.

As an example I wanted to get the first order difference of a vector 
using Incanter vector operations, Clojure map and R . Below is the code and timing for all 
versions. As you can see R is clearly faster. 

Incanter and Clojure: 
(use '(incanter core stats)) 
(def x (doall (sample-normal 1e7))) 
(time (def y (doall (minus (rest x) (butlast x))))) 
"Elapsed time: 16481.337 msecs" 
(time (def y (doall (map - (rest x) (butlast x))))) 
"Elapsed time: 16457.850 msecs"
R: 
rdiff <- function(x){ 
   n = length(x) 
   x[2:n] - x[1:(n-1)]} 
x = rnorm(1e7) 
system.time(rdiff(x)) 
   user  system elapsed 
  1.504   0.900   2.561
So I was wondering is there a way to speed up the vector operations in Incanter/Clojure? Also solutions involving the use of loops, Java arrays and/or libraries from Clojure are welcome.

I have also posted this question to Incanter Google group with no responses so far.

UPDATE: I have marked Jouni's answer as accepted, see below for my own answer where I have cleaned up his code a bit and added some benchmarks.
解决方案
Here's a Java arrays implementation that is on my system faster than your R code (YMMV). Note enabling the reflection warnings, which is essential when optimizing for performance, and the repeated type hint on y (the one on the def didn't seem to help for the aset) and casting everything to primitive double values (the dotimes makes sure that i is a primitive int).
(set! *warn-on-reflection* true)
(use 'incanter.stats)
(def ^"[D" x (double-array (sample-normal 1e7)))

(time
 (do
   (def ^"[D" y (double-array (dec (count x))))
   (dotimes [i (dec (count x))]
     (aset ^"[D" y
       i
       (double (- (double (aget x (inc i)))
                  (double (aget x i))))))))


                        
这篇关于快速矢量数学在Clojure / Incanter的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！