2颜色热图在R中，中间颜色锚定到一个特定的值 [英] 2 color heatmap in R with middle color anchored to a specific value

问题描述

这个热图贴图是在Excel中生成的，但是当我想学习RI想知道如何使用R创建一个热图。

现在，此代码正常工作，但不工作因为它应该...

 （p < -  ggplot（melt，heat），aes（Var2，Var1） ）
 + geom_tile（aes（fill = value），color =white）
 + scale_fill_gradient（low =red，high =green））
  

我想有2个渐变，绿色（最高价值）到白色（数字1000）到红色（最低价值）。是否可能在R？

热数据集：

  heat [0：10,0：10] 
 [，1] [，2] [，3] [，4] [，5] [10] 
 [1] 1000.000 0.000 0.0000 0.0000 757.0317 709.3896 843.7676 932.2801 0.0000 1016.7203 
 [2] 1087.658 1000.000 0.0000 0.0000 935.5829 854.5110 889.5042 1091.4610 929.1611 0.0000 
 [3] 1181.599 1361.953 1000.0000 0.0000 0.0000 1102.1590 1147.1300 984.1374 969.0718 1058.3456 
 [4] 1319.012 1405.954 1187.5215 1000.0000 0.0000 1093.8854 1195.7298 1077.0797 1119.4640 1159.5207 
 [5] 0.000 0.000 909.1927 817.5097 1000.0000 0.0000 1101.2891 1064.6516 1037.1623 990.3974 
 [6 ，] 0.000 0.000 0.0000 0.0000 887.7498 1000.0000 1015.9835 1062.1668 1105.2163 983.2319 
 [7] 0.000 0.000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1000.0000 911.0699 1026.1989 951.3572 
 [8] 0.000 0.000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1000.0000 834.8725 927.6802 
 [9] 1261.824 0.000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1000.0000 795.6285 
 [10] 0.000 1121.210 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1000.0000 
  

解决方案

您可以使用<？code> scale_fill_gradientn

获取您的价值：

 图书馆（量表）
 heat.dat< 0：10,0：10] 
 dat<  -  expand.grid（var1 = 1：10，var2 = 1：10）
 dat $ value<  -  melt（heat.dat）$ value 
 ggplot（DAT，AES（X = VAR1，Y = VAR2））+ 
 geom_tile（AES（填写=值），颜色='白色'）+ 
 scale_fill_gradientn（颜色= C（ red，white，green），
 values = rescale（c（min（dat $ value），1000，max（dat $ value）））
  

/ p>

使用Lattice：

 与（dat，
 levelplot （...）{
 arg<  -  list（...）
面板（...）（round（value，0）〜y * x，
 dat，
 panel = function .levelplot（...）
 panel.text（arg $ x，arg $ y，arg $ z）}，
 scales = list（y = list（at = y，labels = y） 
x = list（at = y，labels = y）），
 col.regions = colorRampPalette（c（red，white，green），interpolate ='spline'））
）
  

This heatmap image was generated in Excel but as I'm trying to learn R I would like to know how to make a heatmap like that with R.

Right now, this code is working but not as it was supposed to...

(p <- ggplot(melt(heat), aes(Var2, Var1))
 + geom_tile(aes(fill = value), colour = "white")
 + scale_fill_gradient(low = "red", high = "green"))

I would like to have 2 gradients, green(highest value) to white (the number 1000) to red(lowest value). Is it possible in R?

heat dataset:

> heat[0:10,0:10]
          [,1]     [,2]      [,3]      [,4]      [,5]      [,6]      [,7]      [,8]      [,9]     [,10]
 [1,] 1000.000    0.000    0.0000    0.0000  757.0317  709.3896  843.7676  932.2801    0.0000 1016.7203
 [2,] 1087.658 1000.000    0.0000    0.0000  935.5829  854.5110  889.5042 1091.4610  929.1611    0.0000
 [3,] 1181.599 1361.953 1000.0000    0.0000    0.0000 1102.1590 1147.1300  984.1374  969.0718 1058.3456
 [4,] 1319.012 1405.954 1187.5215 1000.0000    0.0000 1093.8854 1195.7298 1077.0797 1119.4640 1159.5207
 [5,]    0.000    0.000  909.1927  817.5097 1000.0000    0.0000 1101.2891 1064.6516 1037.1623  990.3974
 [6,]    0.000    0.000    0.0000    0.0000  887.7498 1000.0000 1015.9835 1062.1668 1105.2163  983.2319
 [7,]    0.000    0.000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000 1000.0000  911.0699 1026.1989  951.3572
 [8,]    0.000    0.000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000 1000.0000  834.8725  927.6802
 [9,] 1261.824    0.000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000 1000.0000  795.6285
[10,]    0.000 1121.210    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000 1000.0000

解决方案

You can use ?scale_fill_gradientn

gving you values:

  library(scales)
  heat.dat <- heat[0:10,0:10]
  dat <- expand.grid(var1=1:10, var2=1:10)
  dat$value <- melt(heat.dat)$value
  ggplot(dat, aes(x=var1,y=var2))+ 
        geom_tile(aes(fill = value),colour='white')+
        scale_fill_gradientn(colours=c("red","white","green"),
         values  = rescale(c(min(dat$value), 1000, max(dat$value)))

Using Lattice:

with(dat,
levelplot(round(value,0)~y*x, 
          dat, 
          panel=function(...) {
                 arg <- list(...)
                 panel.levelplot(...)
                 panel.text(arg$x, arg$y,arg$z)},
          scales = list(y = list(at=y,labels=y),
                        x = list(at=y,labels=y)),
          col.regions = colorRampPalette(c("red", "white", "green"),interpolate ='spline'))
)

这篇关于2颜色热图在R中，中间颜色锚定到一个特定的值的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！