列表和限制类型从Biopython [英] List and RestrictionType from Biopython

问题描述

我正在尝试使用 Bio.Restrictions 方法的一些问题，我不知道是由于python，biopython还是我对python的了解不足。

当我尝试在 RestrictionBatch /cookbook/Restriction.html#mozTocId32850rel =nofollow> cookbook ，我想从字典中使用酶I（从文件中读取），它说：

您可以通过传递一个酶
或酶名作为参数来启动限制批次。

在python 文档 for dict.keys 说：

返回字典的副本键列表

所以我试过这个：

 code> rb = RestrictionBatch（Enzymes.keys（））
  

但是我收到一个错误： ValueError：< type'list'>不是RestrictionType

测试可能是我创建此代码的错误，以确定它是否真的是一个列表

 从Bio.Seq import Seq 
 
 Enzymes = {'XhoI'：Seq（'CTCGAG' BsmBI'：Seq（'CGTCTC'），'SceI'：Seq（'AGTTACGCTAGGGATAACAGGGTAATATAG'），'BamHI'：Seq（'GGATCC'）''BsaI'：Seq（'GGTCTC'）''SacI' GAGCTC'），'BbsI'：Seq（'GAAGAC'），'AarI'：Seq（'CACCTGC'），'EcoRI'：Seq（'GAATTC'）''SpeI'：Seq（'ACTAGT'）''CeuI '：Seq（'TTCGCTACCTTAGGACCGTTATAGTTACG'）} 
 
 print Enzymes.keys（）是list #prints False 
 print isinstance（Enzymes.keys（），list）#prints True 
打印类型（Enzymes.keys（））#prints< type'list'> 
  

为什么会这样的行为？如何使用字典来运行 RestrictionBatch ？

我正在使用：

  Python 2.7.3 | EPD 7.3 -2（64位）| （默认，2012年4月11日17:52:16）
 [GCC 4.1.2 20080704（Red Hat 4.1.2-44）] on linux2 
 
 import Bio 
打印（Bio .__ version__）
 1.59 
  

次要问题：
我如何检查如果是否限制在数据库？有没有办法在这个数据库中添加一个酶（假设我有需要的信息）？

解决方案

食谱松散地使用单词表。他们谈论一个列出了有效酶的名称，这些列表已经在 import Bio.Restriction 中定义。您可以列出所有（以及其他实用程序）：

 从生物进口限制作为rst 
 
 dir（rst）
  

但是RestrictionType比名字和序列的dict有点复杂。这是EcoRI的完整定义：

  rest_dict [EcoRI] = {
'compsite'： '（ΔP GAATTC）|（ΔP GAATTC）'，
'results'：None，
'site'：'GAATTC'，
'substrat' 'DNA'，
'fst3'：-1，
'fst5'：1，
'freq'：4096，
'size'：6，
' opt_temp'：37，
'dna'：无，
'inact_temp'：65，
'ovhg'：-4，
'scd3'：无，
 '''（'B'，'C'，'F'，'H'，'I'，'J'，'K'，'M'，'N'，'O' R'
'scd5'：None，
'charac'：（1，-1，None，None，'GAATTC'），
'ovhgseq'：'AATT'，
} 
  

加上供应商的一套，例如

pre> 供应商[B] =（
'Invitrogen Corporation'，
['MluI'，'HpaII'，'SalI'，'NcoI ，'ClaI'，'DraI'，'SstII'，'AvaI'，...）


并且打字：

  typedict [212] =（
（'NonPalindromic'，'OneCut' Ov5'，'Defined'，'Meth_Dep'，...），
 ['BssHII'，'BsrFI'，'DpnII'，'MluI'，'NgoMIV'，'HpaII'，'TspMI' ...]，
）
  

这些定义在 Bio。 Restriction.Restriction_Dictionary

使用我之前放在另一个 anwer ：

  from Bio.Restriction import限制作为rst 
来自Bio.Restriction.Restriction_Dictionary import rest_dict，typedict 
 
 def create_enzyme（name）：
 e_types = [x for t，（x，y ）in typedict.items（）if name in y] [0] 
 enzyme_types = tuple（getattr（rst，x）for e in e_types）
 
 return rst.RestrictionType（name，enzyme_types，rest_dict [name]）
 
 enzyme_list = [EcoRI，MstI] 
 rb = reduce（lambda x，y： x + y，map（create_enzyme，enzyme_list））
  

当菜谱说通过传递一个列表的酶或酶名称，他们正在简化的事情。在源代码中可以看到 /Bio/Restriction/Restriction.py ，当对象RestrictionBatch初始化时， __ init __ 调用 self.format 和 self.format 检查列表中的每个项目是否为 RestrictionType 。

次要问题的次要答案是：

 >>>从生物进口限制作为rst 
>>>> rst.hasattr（rst，EcoRI）
 True 
>>> rst.hasattr（rst，FakeEnzyme）
 False 
  

或

 >>>来自Bio.Restriction.Restriction_Dictionary import rest_dict 
>>> rest_dict.keys（）中的EcoRI
 True 
>>> rest_dict.keys（）中的FakeEnzyme
 False 
  

I am experimenting some problems using the Bio.Restrictions methods, I am not sure if it is due to python, biopython or my poor understanding of python.

When I try to crate a RestrictionBatch following the cookbook, I want to use enzymes I from a dictionary (read from files), and it says:

You can initiate a restriction batch by passing it a list of enzymes or enzymes name as argument.

In the python documentation for dict.keys says:

Return a copy of the dictionary’s list of keys

So I tried this:

rb = RestrictionBatch(Enzymes.keys())

But I get an error: ValueError: <type 'list'> is not a RestrictionType

Testing where could be the error I created this code, to know if it is really a list or not

from Bio.Seq import Seq

Enzymes = {'XhoI': Seq('CTCGAG'), 'BsmBI': Seq('CGTCTC'), 'SceI': Seq('AGTTACGCTAGGGATAACAGGGTAATATAG'), 'BamHI': Seq('GGATCC'), 'BsaI': Seq('GGTCTC'), 'SacI': Seq('GAGCTC'), 'BbsI': Seq('GAAGAC'), 'AarI': Seq('CACCTGC'), 'EcoRI': Seq('GAATTC'), 'SpeI': Seq('ACTAGT'), 'CeuI': Seq('TTCGCTACCTTAGGACCGTTATAGTTACG')}

print Enzymes.keys() is list           #prints False
print isinstance(Enzymes.keys(), list) #prints True
print type(Enzymes.keys())             #prints <type 'list'>

Why this behaviour? And how can I use the dictionary to run the RestrictionBatch?

I am using:

Python 2.7.3 |EPD 7.3-2 (64-bit)| (default, Apr 11 2012, 17:52:16) 
[GCC 4.1.2 20080704 (Red Hat 4.1.2-44)] on linux2

import Bio
print(Bio.__version__)
1.59

Minor question: How can I check if it is or not in the database of Restriction? Is there any way to add one enzyme to this database (assuming I have the information needed)?

解决方案

The cookbook uses loosely the word "list". They talk about a list with the names of valid enzymes, that are already defined in the import Bio.Restriction. You can list all of them (along with other utilities) with:

from Bio import Restriction as rst

dir(rst)

But the RestrictionType is a bit more complex than a dict with names and seqs. This is the full definition for "EcoRI":

rest_dict["EcoRI"] = {
    'compsite' : '(?P<EcoRI>GAATTC)|(?P<EcoRI_as>GAATTC)',
    'results' : None,
    'site' : 'GAATTC',
    'substrat' : 'DNA',
    'fst3' : -1,
    'fst5' : 1,
    'freq' : 4096,
    'size' : 6,
    'opt_temp' : 37,
    'dna' : None,
    'inact_temp' : 65,
    'ovhg' : -4, 
    'scd3' : None,
    'suppl' : ('B', 'C', 'F', 'H', 'I', 'J', 'K', 'M', 'N', 'O', 'Q', 'R'
    'scd5' : None, 
    'charac' : (1, -1, None, None, 'GAATTC'),
    'ovhgseq' : 'AATT',
}

Plus a set with the suppliers, e.g.

suppliers["B"] = (
    'Invitrogen Corporation',
    ['MluI', 'HpaII', 'SalI', 'NcoI', 'ClaI', 'DraI', 'SstII', 'AvaI', ...)

And the typedict:

typedict["212"] = (
    ('NonPalindromic', 'OneCut', 'Ov5', 'Defined', 'Meth_Dep', ...),
    ['BssHII', 'BsrFI', 'DpnII', 'MluI', 'NgoMIV', 'HpaII', 'TspMI', ...],
)

These definitions are in Bio.Restriction.Restriction_Dictionary

Using the code I previously put in another anwer:

from Bio.Restriction import Restriction as rst
from Bio.Restriction.Restriction_Dictionary import rest_dict, typedict

def create_enzyme(name):
    e_types = [x for t, (x, y) in typedict.items() if name in y][0]
    enzyme_types = tuple(getattr(rst, x) for x in e_types)

    return rst.RestrictionType(name, enzyme_types, rest_dict[name])

enzyme_list = ["EcoRI", "MstI"]
rb = reduce(lambda x, y: x + y, map(create_enzyme, enzyme_list))

When the cookbook says "by passing it a list of enzymes or enzymes name", they are simplifying the things. As you can see in the source, /Bio/Restriction/Restriction.py, when the object RestrictionBatch is initialized, __init__ calls self.format, and self.format checks that every item in the "list" is an instance of RestrictionType.

The minor answer for the minor question is:

>>> from Bio import Restriction as rst
>>> rst.hasattr(rst, "EcoRI")
True
>>> rst.hasattr(rst, "FakeEnzyme")
False

Or

>>> from Bio.Restriction.Restriction_Dictionary import rest_dict
>>> "EcoRI" in rest_dict.keys()
True
>>> "FakeEnzyme" in rest_dict.keys()
False 

这篇关于列表和限制类型从Biopython的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！