在R中导入文本文件时如何跳过空文件？ [英] How to skip empty files when importing text files in R?

问题描述

我有一个包含大约700个文本文件的文件夹，我想导入并添加一列。我已经想出了如何使用下面的代码：

  files = list.files（pattern =* c。 （f in file）{
 data<  -  read.table（f，header = F，sep =，）$ b $（$）
 DF < -  NULL 
 （列名是文件名）
 DF < -  rbind（DF，data）
} 
 write.xlsx（DF，B：/trends.xlsx）
  

问题是，大约有100个文件是空的。所以代码停在第一个空文件，我得到这个错误信息：

read.table（f，header = F，sep =， ）：
输入中没有可用的行

有没有办法跳过这些空文件？

谢谢！

解决方案

对于引入显式错误处理的不同方法， $ c> tryCatch 来处理在你的 read.table 中可能发生的任何错误。

  for（f in files）{
 data < -  tryCatch（{
 if（file。 size（f）> 0）{
 read.table（f，header = F，sep =，）
} 
}，error = function（err）{
＃错误处理程序拾取发生错误的位置
 print（paste（Read.table does not work！：，err））
}）
 data $ species<  -  strsplit （f，split =c.txt）
 DF < -  rbind（DF，data）
} 
  

I have a folder with about 700 text files that I want to import and add a column to. I've figured out how to do this using the following code:

files = list.files(pattern = "*c.txt")
DF <- NULL
for (f in files) {
  data <- read.table(f, header = F, sep=",")
  data$species <- strsplit(f, split = "c.txt") <-- (column name is filename)
  DF <- rbind(DF, data)
}
write.xlsx(DF,"B:/trends.xlsx")

Problem is, there are about 100 files that are empty. so the code stops at the first empty file and I get this error message:

Error in read.table(f, header = F, sep = ",") : no lines available in input

Is there a way to skip over these empty files?

Thanks!

解决方案

For a different approach that introduces explicit error handling, think about a tryCatch to handle anything else bad that might happen in your read.table.

for (f in files) {
    data <- tryCatch({
        if (file.size(f) > 0){
        read.table(f, header = F, sep=",")
           }
        }, error = function(err) {
            # error handler picks up where error was generated
            print(paste("Read.table didn't work!:  ",err))
        })
    data$species <- strsplit(f, split = "c.txt") 
    DF <- rbind(DF, data)
}

这篇关于在R中导入文本文件时如何跳过空文件？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！