如何从data.frame中的cor.test（）中提取p.value和估计值？ [英] How to extract the p.value and estimate from cor.test() in a data.frame?

问题描述

在这个例子中，我有来自50个不同网站的温度值，我想将Site1与所有50个网站关联起来。但是我只想提取使用函数生成的 p.value 和 估计 将data.frame中的strong> cor.test（）划分为两个不同的列。

我已经完成了我的尝试，但是我不知道该怎么做！
出于这个原因，我想知道我怎么能简化我的代码，因为问题是，我必须运行两次循环for才能得到我的结果。

$ p
$ b $ p $ ＃温度数据
data < - matrix（rnorm（500 ，10:30，sd = 5），nrow = 100，ncol = 50，byrow = TRUE，
dimnames = list（c（paste（Year，1：100）），
c （Site，1:50））））
＃清空data.frame
df< - data.frame（label = paste（Site，1:50），Estimate = ，（）（）（）（）（）（）（）（）（）（） [，i]）
df [，2：3]< - df1 [c（估计，p.value）]
}

在1:50中）{
df1 < - cor.test（data [，1]，data [，i]）
df [i，2：3] < - df1 [c估计，p.value）]
}

df


我非常感谢你们的帮助：

首先，我猜你有一个错字在你的代码（你应该有 RNORM（5000 如果你想唯一值。否则，你会循环访问这500个数字10次。

无论如何，一个简单的方法是：
$ b数据矩阵（rnorm（5000,10:30，sd = 5），nrow = 100，ncol = 50，byrow = TRUE，
dimnames = list（c（paste（Year，1：100）），
c（paste（Site，1:50））））
＃空数据框架
df< ; - data.frame（label = paste（Site，1:50），Estimate =，P.value =）
estimated = numeric（50）
pvalues = numeric（50 ）
for（i in 1:50）{
test< - cor.test（data [，1]，data [，i]）
estimated [i] = test $ estimate
pvalues [i] = test $ p.value
}
df $估计值< - 估计值
df $ P.value < - pvalues
df

编辑：我相信你的问题是在 df< - data .frame（label = paste（Site，1:50），Estimate =，P.value =）如果你做 typeof（df $ Estimate） ，你会发现它期望一个整数，而 ty peof（test $ estimate）表明它吐出了一个double，所以R不知道你想用这两个值做什么。你可以像这样重做你的代码：

  df < -  data.frame（label = paste（Site，1： 50），估计=数值（50），P.value =数值（50））
 for（i in 1:50）{
 test<  -  cor.test（data [，1]， data [，i]）
 df $ Estimate [i] = test $ estimate 
 df $ P.value [i] = test $ p.value 
} 
  

使它更简洁一些。

In this example, I have temperatures values from 50 different sites, and I would like to correlate the Site1 with all the 50 sites. But I want to extract only the components "p.value" and "estimate" generated with the function cor.test() in a data.frame into two different columns.

I have done my attempt and it works, but I don't know how! For that reason I would like to know how can I simplify my code, because the problem is that I have to run two times a Loop "for" to get my results.

Here is my example:

# Temperature data
 data <- matrix(rnorm(500, 10:30, sd=5), nrow = 100, ncol = 50, byrow = TRUE,
               dimnames = list(c(paste("Year", 1:100)),
                               c(paste("Site", 1:50))) )
# Empty data.frame
 df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate="", P.value="")

# Extraction
for (i in 1:50) {
 df1 <- cor.test(data[,1], data[,i] )
 df[,2:3] <- df1[c("estimate", "p.value")]
   }

for (i in 1:50) {
  df1 <- cor.test(data[,1], data[,i] )
 df[i,2:3] <- df1[c("estimate", "p.value")]
   }

 df

I will appreciate very much your help :)

解决方案

First of all, I'm guessing you had a typo in your code (you should have rnorm(5000 if you want unique values. Otherwise you're going to cycle through those 500 numbers 10 times.

Anyway, a simple way of doing this would be:

data <- matrix(rnorm(5000, 10:30, sd=5), nrow = 100, ncol = 50, byrow = TRUE,
               dimnames = list(c(paste("Year", 1:100)),
                               c(paste("Site", 1:50))) )
# Empty data.frame
df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate="", P.value="")
estimates = numeric(50)
pvalues = numeric(50)
for (i in 1:50){
  test <- cor.test(data[,1], data[,i])
  estimates[i] = test$estimate
  pvalues[i] = test$p.value
}
df$Estimate <- estimates
df$P.value <- pvalues
df

Edit: I believe your issue was is that in the line df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate="", P.value="") if you do typeof(df$Estimate), you see it's expecting an integer, and typeof(test$estimate) shows it spits out a double, so R doesn't know what you're trying to do with those two values. you can redo your code like thus:

df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate=numeric(50), P.value=numeric(50))
for (i in 1:50){
  test <- cor.test(data[,1], data[,i])
  df$Estimate[i] = test$estimate
  df$P.value[i] = test$p.value
}

to make it a little more concise.

这篇关于如何从data.frame中的cor.test（）中提取p.value和估计值？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！