在R中使用Fortran模块？ [英] using a Fortran module in R?
本文介绍了在R中使用Fortran模块？的处理方法，对大家解决问题具有一定的参考价值，需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧！
问题描述
只要我没有在模块中使用它，我就可以在R中使用Fortran子例程。例如：
<$ c
隐式无
整数，intent（in）:: darts
双精度，intent（out）:: dartsscore
双精度： ：x_coord，y_coord
integer ::得分，n
$ b $得分= 0
做n = 1，飞镖
随机号码（x_coord）
随机号码（y_coord）
如果（（x_coord ** 2 + y_coord ** 2）<= 1.0d0）则
得分=得分+ 1
如果
结束（avepi，DARTS，ROUNDS）
dartsscore = 4.0d0 *得分/飞镖
结束子程序dboard
子程序pi隐式无
双精度，意图（out）:: avepi
整数，意图（in）:: DARTS，ROUNDS
整数:: MASTER，rank，i，n
整数，allocatable :: seed（:)
双精度n :: pi_est，homepi，pirecv，pisum
接口
子程序dboard（飞镖，dartsscore）
隐式无
整数，intent（in）:: darts
双精度，意图（out）:: dartsscore
结束子程序dboard
结束界面
！我们在连续运行中将其设置为零
等级= 0
！初始化随机数发生器
！我们确保每个任务的种子不同
调用random_seed（）
调用random_seed（size = n）
allocate（seed（n））
seed = 12 + rank * 11
调用random_seed（put = seed（1：n））
解除分配（种子）
avepi = 0
do i = 0，ROUNDS-1
打电话dboard（飞镖，pi_est）
！计算pi在所有迭代中的平均值
avepi =（（avepi * i）+ pi_est）/（i + 1）
end do
结束子程序pi
$ b可以为R编译：
R CMD SHLIB ./Fortran/Fpi.f90
我可以在R中运行它：
mypi < - function（DARTS，ROUNDS）{
dyn.load（./ Fortran / Fpi .so）
retvals < - .Fortran（pi，avepi = as.numeric（1），DARTS = as.integer（DARTS），ROUNDS = as.integer（ROUNDS））
返回（retvals $ avepi）
}
mypi（DARTS = 50000，ROUNDS = 10）
我想在模块中编写我的fortran子例程。我认为这是不可能的，但@roygvib和@francescalus提到它是在我以前的问题
你如何做附加绑定（c，name = ...）@roygvib提到的事情在那篇文章中？
谢谢！
模块Fortranpi
IMPLICIT NONE
包含
子程序dboard（飞镖，dartsscore）
隐式无
整数，意图（in）::飞镖
双精度，意图（out）:: dartsscore
双精度:: x_coord，y_coord
integer ::得分，n
得分= 0
做n = 1，飞镖
来电随机号码（x_coord）
来电随机号码（y_coord）$ b $如果（（x_coord ** 2 + y_coord ** 2）≤1.0d0）则b
，则
得分=得分+ 1
结束如果
结束做
dartsscore = 4.0d0 *得分/飞镖
结束子程序dboard
子程序pi（avepi，DARTS， ROUNDS）bind（C，name =pi_）
隐式none
双精度，intent（out）:: avepi
整型，意图（in）:: DARTS，ROUNDS
integer：MASTER，rank，i，n
整数，allocatable :: seed（:)
双精度:: pi_est，homepi，pirecv，pisum
接口
子程序dboard（飞镖，dartsscore）
隐式无
整数，意图（in）::飞镖
双精度，意图（out）:: dartsscore
结束子程序dboard
结束界面
！我们在连续运行中将其设置为零
等级= 0
！初始化随机数发生器
！我们确保每个任务的种子不同
调用random_seed（）
调用random_seed（size = n）
allocate（seed（n））
seed = 12 + rank * 11
调用random_seed（put = seed（1：n））
解除分配（种子）
avepi = 0
do i = 0，ROUNDS-1
打电话dboard（飞镖，pi_est）
！计算pi在所有迭代中的平均值
avepi =（（avepi * i）+ pi_est）/（i + 1）
end do
结束子程序pi
结束模块Fortranpi
当我尝试使用Rstudio构建包时，出现以下错误：
==> R CMD INSTALL --no-multiarch --with-keep.source MyPi
*安装到库'/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2'
make：全部无法完成。
*安装*源*包'MyPi'...
** libs
安装到/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/MyPi/ libs
** R
**为延迟加载准备软件包
**帮助
***安装帮助索引
**构建软件包索引
* *测试是否可以加载已安装的软件包
library.dynam中的错误（lib，package，package.lib）：
共享对象'Fortranpi.so'找不到
错误：加载失败
执行暂停
错误：加载失败
*删除'/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/MyPi'
*恢复以前的'/ home /ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/MyPi'
退出状态1.
我相信问题可能是NAMESPACE
useDynLib（Fpi）
exportPattern（^ [[：alpha：]] +）
解决方案感谢@roygvib和@francescalus这是我的工作模块：
模块Fortranpi
IMPLICIT NONE
包含
子程序dboard（飞镖，dartsscore）
整数，意图（in） :: darts
double precision，intent（out）:: dartsscore
double precision :: x_coord，y_coord
integer :: score，n
score = 0 $ （（x_coord ** 2 + y_coord ** 2））b $ b do n = 1，darts
call random_number（x_coord）
call random_number（y_coord）
= 1.0d0）然后
得分=得分+ 1
如果
结束
dartsscore = 4.0d0 *得分/飞镖
（c，name =pi_）
use，intrinsic :: iso_c_binding，只有：c_double，c_int
real（c_double），intent（out）:: avepi
integer（c_int），intent（in）:: DARTS，ROUNDS
integer :: MASTER，rank，i，n
int eger，allocatable :: seed（:)
双精度:: pi_est，homepi，pirecv，pisum
！我们在连续运行中将其设置为零
等级= 0
！初始化随机数发生器
！我们确保每个任务的种子不同
调用random_seed（）
调用random_seed（size = n）
allocate（seed（n））
seed = 12 + rank * 11
调用random_seed（put = seed（1：n））
解除分配（种子）
avepi = 0
do i = 0，ROUNDS-1
打电话dboard（飞镖，pi_est）
！计算pi在所有迭代中的平均值
avepi =（（avepi * i）+ pi_est）/（i + 1）
end do
结束子程序pi
结束模块Fortranpi
I am able to use a fortran subroutine in R as long as I don't have it inside a module.For example:
subroutine dboard(darts, dartsscore) implicit none integer, intent(in) :: darts double precision, intent(out) :: dartsscore double precision :: x_coord, y_coord integer :: score, n score = 0 do n = 1, darts call random_number(x_coord) call random_number(y_coord) if ((x_coord**2 + y_coord**2) <= 1.0d0) then score = score + 1 end if end do dartsscore = 4.0d0*score/darts end subroutine dboard subroutine pi(avepi, DARTS, ROUNDS) implicit none double precision, intent(out) :: avepi integer, intent(in) :: DARTS, ROUNDS integer :: MASTER, rank, i, n integer, allocatable :: seed(:) double precision :: pi_est, homepi, pirecv, pisum interface subroutine dboard(darts, dartsscore) implicit none integer, intent(in) :: darts double precision, intent(out) :: dartsscore end subroutine dboard end interface ! we set it to zero in the sequential run rank = 0 ! initialize the random number generator ! we make sure the seed is different for each task call random_seed() call random_seed(size = n) allocate(seed(n)) seed = 12 + rank*11 call random_seed(put=seed(1:n)) deallocate(seed) avepi = 0 do i = 0, ROUNDS-1 call dboard(darts, pi_est) ! calculate the average value of pi over all iterations avepi = ((avepi*i) + pi_est)/(i + 1) end do end subroutine piCan be compiled for R with:
R CMD SHLIB ./Fortran/Fpi.f90and I can run it in R with:
mypi <- function(DARTS, ROUNDS) { dyn.load("./Fortran/Fpi.so") retvals <- .Fortran("pi", avepi = as.numeric(1), DARTS = as.integer(DARTS), ROUNDS = as.integer(ROUNDS)) return(retvals$avepi) } mypi(DARTS = 50000, ROUNDS = 10)I would like to write my fortran subroutines inside a module. I thought this was not possible, but @roygvib and @francescalus mentioned it is in one of my previous questions
How do you do the "attaching bind("c",name=...)" thing that @roygvib mentioned in that post?
Thanks!
I made the changes suggested in the comments:
Module Fortranpi IMPLICIT NONE contains subroutine dboard(darts, dartsscore) implicit none integer, intent(in) :: darts double precision, intent(out) :: dartsscore double precision :: x_coord, y_coord integer :: score, n score = 0 do n = 1, darts call random_number(x_coord) call random_number(y_coord) if ((x_coord**2 + y_coord**2) <= 1.0d0) then score = score + 1 end if end do dartsscore = 4.0d0*score/darts end subroutine dboard subroutine pi(avepi, DARTS, ROUNDS) bind(C, name="pi_") implicit none double precision, intent(out) :: avepi integer, intent(in) :: DARTS, ROUNDS integer :: MASTER, rank, i, n integer, allocatable :: seed(:) double precision :: pi_est, homepi, pirecv, pisum interface subroutine dboard(darts, dartsscore) implicit none integer, intent(in) :: darts double precision, intent(out) :: dartsscore end subroutine dboard end interface ! we set it to zero in the sequential run rank = 0 ! initialize the random number generator ! we make sure the seed is different for each task call random_seed() call random_seed(size = n) allocate(seed(n)) seed = 12 + rank*11 call random_seed(put=seed(1:n)) deallocate(seed) avepi = 0 do i = 0, ROUNDS-1 call dboard(darts, pi_est) ! calculate the average value of pi over all iterations avepi = ((avepi*i) + pi_est)/(i + 1) end do end subroutine pi end module FortranpiWhen I try to build the package with Rstudio I get these errors:
==> R CMD INSTALL --no-multiarch --with-keep.source MyPi * installing to library ‘/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2’ make: Nothing to be done for 'all'. * installing *source* package ‘MyPi’ ... ** libs installing to /home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/MyPi/libs ** R ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** testing if installed package can be loaded Error in library.dynam(lib, package, package.lib) : shared object ‘Fortranpi.so’ not found Error: loading failed Execution halted ERROR: loading failed * removing ‘/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/MyPi’ * restoring previous ‘/home/ignacio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/MyPi’ Exited with status 1.I believe the problem could be the NAMESPACE
useDynLib(Fpi) exportPattern("^[[:alpha:]]+")
解决方案Thanks to @roygvib and @francescalus this is my working module:
Module Fortranpi IMPLICIT NONE contains subroutine dboard(darts, dartsscore) integer, intent(in) :: darts double precision, intent(out) :: dartsscore double precision :: x_coord, y_coord integer :: score, n score = 0 do n = 1, darts call random_number(x_coord) call random_number(y_coord) if ((x_coord**2 + y_coord**2) <= 1.0d0) then score = score + 1 end if end do dartsscore = 4.0d0*score/darts end subroutine dboard subroutine pi(avepi, DARTS, ROUNDS) bind(C, name="pi_") use, intrinsic :: iso_c_binding, only : c_double, c_int real(c_double), intent(out) :: avepi integer(c_int), intent(in) :: DARTS, ROUNDS integer :: MASTER, rank, i, n integer, allocatable :: seed(:) double precision :: pi_est, homepi, pirecv, pisum ! we set it to zero in the sequential run rank = 0 ! initialize the random number generator ! we make sure the seed is different for each task call random_seed() call random_seed(size = n) allocate(seed(n)) seed = 12 + rank*11 call random_seed(put=seed(1:n)) deallocate(seed) avepi = 0 do i = 0, ROUNDS-1 call dboard(darts, pi_est) ! calculate the average value of pi over all iterations avepi = ((avepi*i) + pi_est)/(i + 1) end do end subroutine pi end module Fortranpi
这篇关于在R中使用Fortran模块？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！
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