你如何具体订购ggplot2 x轴而不是按字母顺序？ [英] How do you specifically order ggplot2 x axis instead of alphabetical order?

问题描述

我试图使用 ggplot2 来使用 geom_tiles 来制作 heatmap code> function
这里是我的代码如下：



  p <-ggplot（data，aes ，生物体））+ geom_tile（aes（fill = S））+ 
 scale_fill_gradient（low =black，high =red）+ 
 scale_x_discrete（expand = c（0，0））+ 
 scale_y_discrete（expand = c（0，0））+ 
 theme（legend.position =right，
 axis.ticks = element_blank（），
 axis.text。 x = element_text（size = base_size，angle = 90，hjust = 0，color =black），
 axis.text.y = element_text（size = base_size，hjust = 1，color =black）） 。 
  

data是我的data.csv文件

我的X轴是治疗类型

我的Y轴是生物体的类型



我不太熟悉命令和编程，因此我在这方面比较新。我只是想能够在x轴上指定标签的顺序。在这种情况下，我试图指定治疗的顺序。默认情况下，它按字母顺序排列。我如何覆盖这个/保持数据的顺序与我原来的csv文件一样？

我试过这个命令了！

  scale_x_discrete（limits = c（Y，X，Z））
  

其中x，y和z是我的治疗条件顺序。但它不能很好地工作，并给我缺少热箱。

解决方案

有点难以回答您的具体情况问题没有一个完整的，可重复的例子。然而，像这样的东西应该可以工作：

 ＃将您的'治疗'列转换为字符向量
 data $ Treatment< ;  -  as.character（数据$治疗）
＃然后将其重新转换为有序因子
 data $治疗< - 因子（数据$治疗，水平=唯一（数据$治疗））
  

在本例中，该因子的顺序与数据中的顺序相同.csv 文件。

如果您喜欢不同的订单，您可以亲自订购：

  data $治疗< - 因素（数据$治疗，水平= c（Y，X，Z））
  

然而，如果你有很多关卡，这是很危险的：如果你弄错了他们，那会导致问题。

I'm trying to make a heatmap using ggplot2 using the geom_tiles function here is my code below:

p<-ggplot(data,aes(Treatment,organisms))+geom_tile(aes(fill=S))+
  scale_fill_gradient(low = "black",high = "red") + 
  scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) + 
  scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) + 
  theme(legend.position = "right", 
    axis.ticks = element_blank(), 
    axis.text.x = element_text(size = base_size, angle = 90, hjust = 0, colour = "black"),
    axis.text.y = element_text(size = base_size, hjust = 1, colour = "black")).

data is my data.csv file
my X axis is types of Treatment
my Y axis is types of organisms

I'm not too familiar with commands and programming and I'm relatively new at this. I just want to be able to specify the order of the labels on the x axis. In this case, I'm trying to specify the order of "Treatment". By default, it orders alphabetically. How do I override this/keep the data in the same order as in my original csv file?

I've tried this command

scale_x_discrete(limits=c("Y","X","Z"))

where x, y and z are my treatment condition order. It however doesn't work very well, and give me missing heat boxes.

解决方案

It is a little difficult to answer your specific question without a full, reproducible example. However something like this should work:

#Turn your 'treatment' column into a character vector
data$Treatment <- as.character(data$Treatment)
#Then turn it back into an ordered factor
data$Treatment <- factor(data$Treatment, levels=unique(data$Treatment))

In this example, the order of the factor will be the same as in the data.csv file.

If you prefer a different order, you can order them by hand:

data$Treatment <- factor(data$Treatment, levels=c("Y", "X", "Z"))

However this is dangerous if you have a lot of levels: if you get any of them wrong, that will cause problems.

这篇关于你如何具体订购ggplot2 x轴而不是按字母顺序？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！