在R中分组的带有错误条的barplot [英] Grouped barplot in R with error bars

问题描述

亲爱的Stackoverflow用户，

我想绘制一个带错误栏的分组barplot。这是我现在能够得到的那种图形，这对我所需要的是正确的：

这里是我的脚本：

  #create dataframe 
基因< -c（Gene1，Gene2，Gene1，Gene2）
 count1 < c（12,14,16,34）
 count2 <-c（4,7,9,23）
 count3 <-c（36,22,54,12）
 count4< -c（12,24,35,23）
物种< -c（A，A，B，B）
 df< -data.frame（Gene，count1 ，count2，count3，count4，物种）
 df 
 
 mean1 <-mean（as.numeric（df [1，] [c（2,3,4,5）]）） 
 mean2 <-mean（as.numeric（df [2，] [c（2,3,4,5）]））
 mean3 <-mean（as.numeric（df [3，]） [c（2,3,4,5）]））
 mean4 <-mean（as.numeric（df [4，] [c（2,3,4,5）]））
 Gene1SpeciesA.stdev <-sd（as.numeric（df [1，] [c（2,3,4,5）]））
 Gene2SpeciesA.stdev <-sd（as.numeric（df [2，]） [c（2,3,4,5）]））
 Gene1SpeciesB.stdev< -sd（as.numeric（df [3，] [c（2,3,4,5）]））
 Gene2SpeciesB.stdev< -sd（as .nu​​meric（df [4，] [c（2,3,4,5）]））
 
 ToPlot< -c（mean1，mean2，mean3，mean4）
 
 #plot barplot 
 plot< -matrix（ToPlot，2,2，byrow = TRUE）#with 2被基因数所取代！ 
 tplot <-t（plot）
 BarPlot < -  barplot（tplot，beside = TRUE，ylab =count，
 names.arg = c（Gene1，Gene2 ），col = c（blue，red））
 
 #add legend 
 legend（topright，
 legend = c（SpeciesA，SpeciesB ），
 fill = c（blue，red））
 
 #add错误栏
 ee< -matrix（c（Gene1SpeciesA.stdev，Gene2SpeciesA.stdev ，Gene1SpeciesB.stdev，Gene2SpeciesB.stdev），2,2，byrow = TRUE）* 1.96 / sqrt（4）
 tee <-t（ee）
 error.bar（BarPlot，tplot，tee） 
  

问题是我需要为50个基因和4个物种做这个，所以我的脚本是会得到超级超长，我想这是没有优化...我试图找到帮助这里，但我无法找到更好的方式来做我想做的事。如果我不需要错误栏，我可以使用这个脚本，但棘手的部分是混合ggplot美丽的barlot和错误酒吧！ ;）

如果您有任何想法来优化我的脚本，我将非常感激！ ：

非常感谢！

解决方案

df ，您可以在几行内做到这一点：

  library （ggplot2）
 
 cols = c（2,3,4,5）
 df1 = transform（df，mean = rowMeans（df [cols]），sd = apply（df [cols ]，1，sd））
 
＃df1看起来像这样
＃Gene count1 count2 count3 count4物种平均值sd 
＃1 Gene1 12 4 36 12 A 16.00 13.856406 
＃2 Gene2 14 7 22 24 A 16.75 7.804913 
＃3 Gene1 16 9 54 35 B 28.50 20.240224 
＃4 Gene2 34 23 12 23 B 23.00 8.981462 
 
 ggplot（df1 ，aes（x = as.factor（Gene），y = mean，fill = Species））+ 
 geom_bar（position = position_dodge（），stat =identity，color ='black'）+ 
 geom_errorbar（aes（ymin = mean-sd，ymax = mean + sd），width = .2，position = position_dodge（.9））
  

Dear Stackoverflow users,

I would like to draw a grouped barplot with error bars. Here is the kind of figure I have been able to get up to now, and this is ok for what I need:

And here is my script:

#create dataframe
Gene<-c("Gene1","Gene2","Gene1","Gene2")
count1<-c(12,14,16,34)
count2<-c(4,7,9,23)
count3<-c(36,22,54,12)
count4<-c(12,24,35,23)
Species<-c("A","A","B","B")
df<-data.frame(Gene,count1,count2,count3,count4,Species)
df

mean1<-mean(as.numeric(df[1,][c(2,3,4,5)]))
mean2<-mean(as.numeric(df[2,][c(2,3,4,5)]))
mean3<-mean(as.numeric(df[3,][c(2,3,4,5)]))
mean4<-mean(as.numeric(df[4,][c(2,3,4,5)]))
Gene1SpeciesA.stdev<-sd(as.numeric(df[1,][c(2,3,4,5)]))
Gene2SpeciesA.stdev<-sd(as.numeric(df[2,][c(2,3,4,5)]))
Gene1SpeciesB.stdev<-sd(as.numeric(df[3,][c(2,3,4,5)]))
Gene2SpeciesB.stdev<-sd(as.numeric(df[4,][c(2,3,4,5)]))

ToPlot<-c(mean1,mean2,mean3,mean4)

#plot barplot
plot<-matrix(ToPlot,2,2,byrow=TRUE)   #with 2 being replaced by the number of genes!
tplot<-t(plot)
BarPlot <- barplot(tplot, beside=TRUE,ylab="count",
                names.arg=c("Gene1","Gene2"),col=c("blue","red"))

#add legend
legend("topright", 
       legend = c("SpeciesA","SpeciesB"), 
       fill = c("blue","red"))

#add error bars
ee<-matrix(c(Gene1SpeciesA.stdev,Gene2SpeciesA.stdev,Gene1SpeciesB.stdev,Gene2SpeciesB.stdev),2,2,byrow=TRUE)*1.96/sqrt(4)   
tee<-t(ee)
error.bar(BarPlot,tplot,tee)

The problem is that I need to do this for 50 genes, and 4 species, so my script is gonna get super super long and I guess this is not optimized... I tried to find help here but I can't figure out a better way to do what I'd like. If I did not need error bars I could adapt this script but the tricky part is to mix ggplot beautiful barplots and error bars! ;)

If you have any idea to optimize my script, I would really appreciate! :)

Thanks a lot!

解决方案

Starting from your definition of df, you can do this in a few lines:

library(ggplot2)

cols = c(2,3,4,5)
df1  = transform(df, mean=rowMeans(df[cols]), sd=apply(df[cols],1, sd))

# df1 looks like this
#   Gene count1 count2 count3 count4 Species  mean        sd
#1 Gene1     12      4     36     12       A 16.00 13.856406
#2 Gene2     14      7     22     24       A 16.75  7.804913
#3 Gene1     16      9     54     35       B 28.50 20.240224
#4 Gene2     34     23     12     23       B 23.00  8.981462

ggplot(df1, aes(x=as.factor(Gene), y=mean, fill=Species)) +
  geom_bar(position=position_dodge(), stat="identity", colour='black') +
  geom_errorbar(aes(ymin=mean-sd, ymax=mean+sd), width=.2,position=position_dodge(.9))

这篇关于在R中分组的带有错误条的barplot的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！