使用ggplot2着色树状图中的簇 [英] Colorize Clusters in Dendogram with ggplot2

问题描述

Didzis Elferts展示了如何使用ggplot2和ggdendro绘制树状图：

这里是代码：

  labs = paste（sta _，1：50，sep =）#new labels 
 rownames（USArrests）< -labs #set new行名
 hc < -  hclust（dist（USArrests），ave）
 
图书馆（ggplot2）
图书馆（ggdendro）
 
＃转换群集对象以使用ggplot 
 dendr<  -  dendro_data（hc，type =rectangle）
 
您自己的标签在geom_text（）和label = label $ b $中提供（数据=段（dendr），aes（x = x，y = y，xend = xend，yend = yend））+ 
 geom_text（data = label（dendr） ，aes（x = x，y = y，label = label，hjust = 0），size = 3）+ 
 coord_flip（）+ scale_y_reverse（expand = c（0.2，0））+ 
 theme （axis.line.y = element_blank（），
 axis.ticks.y = element_blank（），
 axis.text.y = element_blank（），
 axis.title.y = element_blank（），
 panel.background = element_rect（fill =white），
 panel.grid = element_blank （））
  

有谁知道，如何着色不同的集群？例如，您希望将2个群集（k = 2）着色？解决方案

解决方法是将群集对象与 plot（），然后使用函数 rect.hclust（）在集群周围绘制边框（nunber集群设置为参数 k = ）。如果将 rect.hclust（）的结果保存为对象，它将生成观察列表，其中每个列表元素包含属于每个集群的观察值。

  plot（hc）
 gg <-rect.hclust（hc，k = 2）
  pre> 
 
 
现在这个列表可以转换为数据框，其中列 clust 包含集群的名称（在本例中为两个组） - 名称根据列表元素的长度重复。  
 
 
  clust.gr <-data.frame（num = unlist（gg），
 clust = rep（c（ clust1，Clust2），times = sapply（gg，length）））
 head（clust.gr）
 num clust 
 sta_1 1 Clust1 
 sta_2 2 Clust1 
 sta_3 3 Clust1 
 sta_5 5 Clust1 
 sta_8 8 Clust1 
 sta_9 9 Clust1 
  
新数据框与 label（）信息合并为 dendr  object（ dendro_data（） result）。
  text.df< -merge（label（dendr） ，clust.gr，by.x =label，by.y =row.names）
 head（text.df）
 label xy num clust 
 1 sta_1 8 0 1 Clust1 
 2 sta_10 28 0 10 Clust2 
 3 sta_11 41 0 11 Clust2 
 4 sta_12 31 0 12 Clust2 
 5 sta_13 10 0 13 Clust1 
 6 sta_14 37 0 14 Clust2 
  
当绘制树状图时，使用 text.df 使用 geom_text（）添加标签，并为颜色添加列 clust 。
  ggp lot（）+ 
 geom_segment（data = segment（dendr），aes（x = x，y = y，xend = xend，yend = yend））+ 
 geom_text（data = text.df，aes （x = x，y = y，label = label，hjust = 0，color = clust），size = 3）+ 
 coord_flip（）+ scale_y_reverse（expand = c（0.2，0））+ 
主题（axis.line.y = element_blank（），
 axis.ticks.y = element_blank（），
 axis.text.y = element_blank（），
 axis.title.y = element_blank（），
 panel.background = element_rect（fill =white），
 panel.grid = element_blank（））
  
  
 
Didzis Elferts showed how to plot a dendogram using ggplot2 and ggdendro:

horizontal dendrogram in R with labels

here is the code:
labs = paste("sta_",1:50,sep="") #new labels
rownames(USArrests)<-labs #set new row names
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")

library(ggplot2)
library(ggdendro)

#convert cluster object to use with ggplot
dendr <- dendro_data(hc, type="rectangle") 

#your own labels are supplied in geom_text() and label=label
ggplot() + 
  geom_segment(data=segment(dendr), aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend)) + 
  geom_text(data=label(dendr), aes(x=x, y=y, label=label, hjust=0), size=3) +
  coord_flip() + scale_y_reverse(expand=c(0.2, 0)) + 
  theme(axis.line.y=element_blank(),
        axis.ticks.y=element_blank(),
        axis.text.y=element_blank(),
        axis.title.y=element_blank(),
        panel.background=element_rect(fill="white"),
        panel.grid=element_blank())
Does anyone know, how to colorize the different clusters? For example, you want to have 2 Clusters (k=2) colorized?
解决方案
Workaround would be to plot cluster object with plot() and then use function rect.hclust() to draw borders around the clusters (nunber of clusters is set with argument k=). If result of rect.hclust() is saved as object it will make list of observation where each list element contains observations belonging to each cluster.
plot(hc)
gg<-rect.hclust(hc,k=2)
Now this list can be converted to dataframe where column clust contains names for clusters (in this example two groups) - names are repeated according to lengths of list elemets. 
clust.gr<-data.frame(num=unlist(gg),
  clust=rep(c("Clust1","Clust2"),times=sapply(gg,length)))
head(clust.gr)
      num  clust
sta_1   1 Clust1
sta_2   2 Clust1
sta_3   3 Clust1
sta_5   5 Clust1
sta_8   8 Clust1
sta_9   9 Clust1
New data frame is merged with label() information of dendr object (dendro_data() result).
text.df<-merge(label(dendr),clust.gr,by.x="label",by.y="row.names")
head(text.df)
   label  x y num  clust
1  sta_1  8 0   1 Clust1
2 sta_10 28 0  10 Clust2
3 sta_11 41 0  11 Clust2
4 sta_12 31 0  12 Clust2
5 sta_13 10 0  13 Clust1
6 sta_14 37 0  14 Clust2
When plotting dendrogram use text.df to add labels with geom_text() and use column clust for colors.
ggplot() + 
  geom_segment(data=segment(dendr), aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend)) + 
  geom_text(data=text.df, aes(x=x, y=y, label=label, hjust=0,color=clust), size=3) +
  coord_flip() + scale_y_reverse(expand=c(0.2, 0)) + 
  theme(axis.line.y=element_blank(),
        axis.ticks.y=element_blank(),
        axis.text.y=element_blank(),
        axis.title.y=element_blank(),
        panel.background=element_rect(fill="white"),
        panel.grid=element_blank())


                        
这篇关于使用ggplot2着色树状图中的簇的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！