从plot geom_tile ggplot中删除空行 [英] Remove blank lines from plot geom_tile ggplot

问题描述

有没有办法从geom_tile图中删除空行？如果我尝试 scale =free，它看起来很奇怪。我想保留每个方面的宽度和高度。
这是我的代码：

  data.m<  -  melt（data，id.vars = c（ （miRNA））
 head（data.m）
＃Group miRNA变量值
＃1血清hsa-let-7d-5p 1_0h_rep1 0.5356346 
＃2血清hsa-let-7e-5p 1_0h_rep1 0.5994119 
＃3血清hsa-let-7g-5p 1_0h_rep1 0.5097298 
＃4血清hsa-miR-106a-5p 1_0h_rep1 0.3566843 
＃5血清hsa- miR-1180-3p 1_0h_rep1 0.6019190 
＃6血清hsa-miR-152-5p 1_0h_rep1 0.1815842 
 
 
p < -  ggplot（data.m，aes（variable，miRNA） ）
p + geom_tile（aes（fill = value））+ facet_wrap（〜Group，ncol = 1）+ 
 scale_fill_gradient2（低=静音（蓝色），高=静音（红色）） + 
 scale_x_discrete（labels = c（0h_rep2，0h_rep1，1h_rep2，1h_rep1，4h_rep2，4h_rep1，9h_rep2，9h_rep1，15h_rep2，15h_rep1 ，18h_rep2，18h_rep1，21h_rep2，21h_rep1））+ 
 theme_bw（base_size = 20）+ 
 theme（axis.text.x = element_text（angle = 0，vjust = 0.5，hjust = 0，size = 12），axis.text.y = e （大小= 12），strip.text.y = element_text（angle = 0，vjust = 0.5，hjust = 0.5，size = 12），
 strip.text.x = element_text（size = 12））+ 
 labs（y =Genes，x =Time（h），fill =）
  

解决方案 c $ c $>删除空行。

  + facet_wrap（〜Group，ncol = 1，scales =free_y ）
  

如果您在删除空行后需要具有相同宽度的磁贴，请使用 facet_grid（）而不是 facet_wrap（）带参数 space =free
$ p $ + facet_grid（Group〜。，scales =free_y，space =free）





Is there a way to remove the blank lines from a geom_tile plot? If I try scale = "free" it looks weird. I want to preserve the width and height of each facet. Here is my code:

 data.m <- melt(data, id.vars=c("Group","miRNA"))
 head(data.m)
 #    Group           miRNA  variable     value
 #  1 Serum   hsa-let-7d-5p 1_0h_rep1 0.5356346
 #  2 Serum   hsa-let-7e-5p 1_0h_rep1 0.5994119
 #  3 Serum   hsa-let-7g-5p 1_0h_rep1 0.5097298
 #  4 Serum hsa-miR-106a-5p 1_0h_rep1 0.3566843
 #  5 Serum hsa-miR-1180-3p 1_0h_rep1 0.6019190
 #  6 Serum  hsa-miR-152-5p 1_0h_rep1 0.1815842


 p <- ggplot(data.m, aes(variable, miRNA))
 p  + geom_tile(aes(fill = value)) + facet_wrap(~Group,ncol=1) +
scale_fill_gradient2(low=muted("blue"), high=muted("red")) +
scale_x_discrete(labels=c("0h_rep2", "0h_rep1", "1h_rep2","1h_rep1","4h_rep2","4h_rep1","9h_rep2","9h_rep1", "15h_rep2", "15h_rep1","18h_rep2","18h_rep1","21h_rep2","21h_rep1")) + 
  theme_bw(base_size=20) + 
  theme(axis.text.x=element_text(angle=0, vjust=0.5, hjust=0, size=12), axis.text.y=element_text(size=12), strip.text.y=element_text(angle=0, vjust=0.5, hjust=0.5, size=12),
    strip.text.x=element_text(size=12)) + 
  labs(y="Genes", x="Time (h)", fill="")

解决方案

You should add argument scales="free_y" to facet_wrap() to remove "empty" lines.

 +facet_wrap(~Group,ncol=1,scales="free_y") 

If you need to have the same width of tiles after removing the "empty" lines then use facet_grid() instead of facet_wrap() with argument space="free".

 +facet_grid(Group~.,scales="free_y",space="free") 

这篇关于从plot geom_tile ggplot中删除空行的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！