我怎样才能用ggplot2制作堆叠的barplot [英] how can I make stacked barplot with ggplot2

问题描述

你好，我想用ggplot2制作一个堆叠的barplot，下面的数据是

pre $ ch $ NonSyn_Snps Total_exonic_Snps
A01 9217 13725
A02 6226 9133
A03 14888 21531
A04 5272 7482
A05 4489 6608
A06 8298 12212
A07 6351 9368
A08 3737 5592
A09 12429 18119
A10 7165 10525

基本上我想堆叠NonSyn_Snps和Total_exonic_Snps对于每一条染色体，但不幸的是我不能。

这就是我迄今为止没有运气所尝试的结果

  ggplot （Chr.df_mod，aes（Chr，Total_exonic_Snps，fill = NonSyn_Snps））+ geom_bar（stat =identity，color =white）+ xlab（染色体）+ ylab（SNP数量）
  

我得到的是情节，但没有堆积一个。

有人可以帮我吗解决这个问题。

感谢
Upendra

解决方案

ggplot 成语对于长数据而非宽数据效果最佳。您需要将您的宽数据帧融入长格式，才能从ggplot的许多选项中受益。

 ＃get data 
 dat<  -  read.table（text =Chr NonSyn_Snps Total_exonic_Snps 
 A01 9217 13725 
 A02 6226 9133 
 A03 14888 21531 
 A04 5272 7482 
 A05 4489 6608 
 A06 8298 12212 
 A07 6351 9368 
 A08 3737 5592 
 A09 12429 18119 
 A10 7165 10525，header = TRUE）
 
 
 $加载库
 require（ggplot2）
 require（reshape2）
 
＃将数据从宽到长熔化
 dat_m<  - 熔化（dat）
 
 $ plot 
 ggplot（dat_m，aes（Chr，value，fill = variable））+ 
 geom_bar（stat =identity）+ 
 xlab（Chromosome ）+ 
 ylab（SNP数量）
  

Hi I wanted to make a stacked barplot using ggplot2 with below data

Chr NonSyn_Snps Total_exonic_Snps
A01 9217    13725
A02 6226    9133
A03 14888   21531
A04 5272    7482
A05 4489    6608
A06 8298    12212
A07 6351    9368
A08 3737    5592
A09 12429   18119
A10 7165    10525

Basically i want to stack NonSyn_Snps and Total_exonic_Snps for each chromosome but unfortunately i cannot.

This is what i tried so far with no luck

ggplot(Chr.df_mod, aes(Chr, Total_exonic_Snps, fill = NonSyn_Snps)) + geom_bar(stat = "identity", colour = "white") + xlab("Chromosome") + ylab("Number of SNPs")

I am getting plot but not stacked one.

Can someone please help me troubleshoot this.

Thanks Upendra

解决方案

The ggplot idiom works best with long data rather than wide data. You need to melt your wide data frame into long format to benefit from many of ggplot's options.

# get data
dat <- read.table(text = "Chr NonSyn_Snps Total_exonic_Snps
A01 9217    13725
A02 6226    9133
                  A03 14888   21531
                  A04 5272    7482
                  A05 4489    6608
                  A06 8298    12212
                  A07 6351    9368
                  A08 3737    5592
                  A09 12429   18119
                  A10 7165    10525", header= TRUE)


# load libraries
require(ggplot2)
require(reshape2)

# melt data from wide to long
dat_m <- melt(dat)

# plot
ggplot(dat_m, aes(Chr, value, fill = variable)) + 
  geom_bar(stat = "identity") + 
  xlab("Chromosome") + 
  ylab("Number of SNPs")

这篇关于我怎样才能用ggplot2制作堆叠的barplot的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！