R - 自举置信区间 - 获取上界和下界的参数 [英] R - Bootstrapped Confidence Interval - Obtain Parameters of Upper and Lower Bounds

问题描述

我用bootstrapping来获得威布尔分布的置信区间。然后我绘制了一个情节的信心带。

代码如下：

  set.seed（123）
 rw.small <-rweibull（100，shape = 1.781096，scale = 33.669511）
 xs < -  seq（0,100，len = 500）
 
 boot.pdf<  - sapply（1：100，function（i）{
 xi<  -  sample（rw.small，size = length（rw.small），replace = TRUE）
 MLE.est<  -  suppressWarnings fitdist（xi，distr =weibull，lower = 0））
 dweibull（xs，shape = MLE.est $ estimate [shape]，scale = MLE.est $ estimate [scale]）$ （bs =white，las = 1，cex = 1.2）
 
 plot（xs，boot.pdf [，1]，type =l，col = rgb（.6，.6，.6，.1），ylim =范围（boot.pdf），
 xlab =注释寿命（月），ylab =概率密度，main =概率分布）
 
 for（i in 2：ncol（boot.pdf））lines（xs，boot.pdf [，i]，col = rgb（.6，。 （boot.pdf，1，quantile，c（0.025,0.5,0.975））
 min.point<  -  apply（引导。 pdf，1，min，na.rm = TRUE）
 max.point<  -  apply（boot.pdf，1，max，na.rm = TRUE）
 lines（xs，q unts [1，]，col =red，lwd = 1.5，lty = 2）
 lines（xs，quants [3，]，col =red，lwd = 1.5，lty = 2）
 lines（xs，quants [2，]，col =darkred，lwd = 2）
  

两个问题：
1.我如何从绘制的置信区间的下限和上限获得形状和比例参数值（即两条红线）？

  lines（xs，quants [1，]，col =red，lwd = 1.5， lty = 2）
 lines（xs，quants [3，]，col =red，lwd = 1.5，lty = 2）
  

2. 我想用R的ggplot软件包绘制相同的图表。任何想法如何我可以用ggplot语法来做到这一点？
我不是




虽然这里是问题2的一些代码。

  library（fitdistrplus）＃你忘了提及这个
库（ggplot2）
库（tidyr）
 
 dat < -  gather（as.data.frame（boot .pdf），i，y，-1）
 dat2<  -  gather（as.data.frame（t（quants）），quantile，y）
 dat $ x < -  dat2 $ x <  -  xs 
 
 ggplot（dat，aes（x，y，group = i））+ 
 geom_line（col ='gray'）+ 
 geom_line（data = dat2 ，aes（group = quantile，col = quantile），size = 1）+ 
 scale_color_manual（values = c（'2.5％'='red'，'50％'='darkred'，'97 .5％'= ''）+ 
 theme_bw（）+ xlab（Note Life（months））+ ylab（Probability density）+ 
 ggtitle（概率分布）
  




I used bootstrapping to obtain confidence intervals of a Weibull distribution. Then I plotted the Confidence Bands in a plot.

Code is below:

set.seed(123)
rw.small<-rweibull(100,shape=1.781096,scale=33.669511)
xs <- seq(0,100, len=500)

boot.pdf <- sapply(1:100, function(i) {
     xi <- sample(rw.small, size=length(rw.small), replace=TRUE)
     MLE.est <- suppressWarnings(fitdist(xi, distr="weibull",lower=0))  
     dweibull(xs, shape=MLE.est$estimate["shape"],  scale = MLE.est$estimate["scale"])
 })

par(bg="white",las=1,cex=1.2)

plot(xs, boot.pdf[, 1], type="l", col=rgb(.6, .6, .6, .1), ylim=range(boot.pdf),
      xlab="Note Life (months)", ylab="Probability density",main= "Probability Distribution")

for(i in 2:ncol(boot.pdf)) lines(xs, boot.pdf[, i], col=rgb(.6, .6, .6, .1))
quants <- apply(boot.pdf, 1, quantile, c(0.025, 0.5, 0.975))
min.point <- apply(boot.pdf, 1, min, na.rm=TRUE)
max.point <- apply(boot.pdf, 1, max, na.rm=TRUE)
lines(xs, quants[1, ], col="red", lwd=1.5, lty=2)
lines(xs, quants[3, ], col="red", lwd=1.5, lty=2)
lines(xs, quants[2, ], col="darkred", lwd=2)

Two questions: 1. How do i obtain the Shape and Scale Parameter values from the lower and upper bounds of the confidence interval plotted (i.e. the two red lines)?

lines(xs, quants[1, ], col="red", lwd=1.5, lty=2)
lines(xs, quants[3, ], col="red", lwd=1.5, lty=2)

2. I would like to plot the same chart with R's ggplot package. Any ideas as to how i might do this with ggplot syntax?

解决方案

I'm not sure about question 1.

Here is some code for question 2 though.

library (fitdistrplus) #you forgot to mention this
library (ggplot2)
library (tidyr)

dat <- gather(as.data.frame(boot.pdf), i, y, -1)
dat2 <- gather(as.data.frame(t(quants)), quantile, y)
dat$x <- dat2$x <- xs

ggplot(dat, aes(x, y, group = i)) +
  geom_line(col = 'grey') +
  geom_line(data = dat2, aes(group = quantile, col = quantile), size = 1) +
  scale_color_manual(values  = c('2.5%' = 'red', '50%' = 'darkred', '97.5%' = 'red')) +
  theme_bw() + xlab("Note Life (months)") + ylab("Probability density") + 
  ggtitle("Probability Distribution")

这篇关于R - 自举置信区间 - 获取上界和下界的参数的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！