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如何使用Perl从NCBI获得FASTA核苷酸格式的基因特征？

我能够手动下载如下所示的FASTA文件： > lcl | CR543861.1_gene_1 ... ATGCTTTGGACA ... > lcl | CR543861.1_gene_2 ... GTGCGACTAAAA ... 通过单击“发送到”并选择“基因特征”，FASTA核苷酸是此页面。使用如下脚本：＃！/ usr / bin / en ..

发布时间：2020-10-16 01:12:06 database perl fasta bioperl ncbi 其他开发

如何运行“ Build installdeps”以安装缺少的先决条件

尝试运行Build.PL文件并获取以下消息，而不是罕见的错误消息：正在检查先决条件... build_requires：！测试:::大多数未安装建议： *未安装HTML :: TableExtract *未安装Math :: Random *未安装YAML 错误/警告在必备条件中发现。您可能希望先安装上述模块的版本，然后再进行此安装运行“ Build ins ..

发布时间：2020-10-10 21:54:01 perl cpan bioperl 其他开发

解析GenBank文件

基本上，GenBank文件由基因条目(由"gene"宣布，然后是其对应的"CDS"条目(每个基因只有一个))组成，就像我在下面显示的两个一样.制表符分隔的两列文件，'gene'和'CDS'始终在其前后，如果使用可以使用的工具可以轻松地执行此任务，请告诉我. 输入文件: gene complement(8972..9094) /l ..

发布时间：2020-09-21 03:39:02 perl awk biopython bioperl 其他开发

计算原子坐标之间的距离

我有一个如下所示的文本文件 ATOM 920 CA GLN A 203 39.292 -13.354 17.416 1.00 55.76 C ATOM 929 CA HIS A 204 38.546 -15.963 14.792 1.00 29.53 C ATOM 939 CA ASN A 2 ..

发布时间：2020-09-21 03:34:06 python perl biopython bioperl Python

如何比较和合并多个文件?

参考文件 chr1 288598 288656 chr1 779518 779576 chr2 2569592 2569660 chr3 5018399 5018464 chr4 5182842 5182882 文件1 chr1 288598 288656 12 chr1 779518 779576 14 chr2 ..

发布时间：2020-09-21 03:33:56 perl shell bioinformatics bioperl 其他开发

我如何下载只有登录号的整个GenBank文件?

我有一个完整的登录号数组，我想知道是否有一种方法可以使用BioPerl自动保存genbank文件.我知道您可以获取序列信息，但是我想要整个GenBank记录. #!/usr/bin/env perl use strict; use warnings; use Bio::DB::GenBank; my @accession; open (REFINED, "./refine.txt") || ..

发布时间：2020-09-21 03:24:48 perl bioinformatics bioperl 其他开发

在Mac上从CPAN删除Perl模块

据我所知，在Mac上使用sudo运行CPAN是必需的 sudo perl -MCPAN -e shell 安装新模块.从理论上讲，可以通过从Perl文件夹中删除模块来删除它. 我的问题是:从CPAN 带有'sudo'和没有'sudo'的CPAN安装时，Perl模块放在哪里?我同时安装了BioPerl和它似乎都可以工作.我是否通过使用sudo和不使用sudo进行安装而弄乱了任何东西? ..

发布时间：2020-05-10 20:55:37 perl module cpan bioperl 其他开发

安装Bio :: DB :: Sam perl模块

我正在尝试在我的家中安装一个perl模块 Bio::DB::Sam 远程服务器上的目录. 我下载了模块，提取了文件，然后运行: perl Build.pl prefix=~/local 接下来会发生什么: This module requires samtools 0.1.10 or higher (samtools.sourceforge.net). Please ente ..

发布时间：2020-05-10 20:38:58 perl module installation bioinformatics bioperl 其他开发

如何在使用perlbrew时安装最新的BioPerl版本？

我正在使用 perlbrew ，我想安装最新的bioperl版本。我应该使用 cpanm 或 git ？ code> git - 我是否照常安装（AKA git clone ... 然后make和build），还是应该什么特别的？更新具体来说，我不确定我是否理解以下来自 BioPerl使用Git手册的专家：告诉perl哪里可以找到BioPerl （假设你检出了 $ ..

发布时间：2018-04-27 21:50:13 perl git cpan perlbrew bioperl 其他开发

我有一个文件特征的基因组区域，看起来像这样： CHROM chromStart chromEnd PGB CHR1 12874 28371 2 CHR1 15765 21765 1 CHR1 15795 28371 2 CHR1 18759 24759 1 CHR1 28370 34961 1 CHR3 233278 240325 1 CHR3 239279 440831 2 CHR3 356 ..

发布时间：2016-07-28 16:44:18 perl awk bioinformatics bioperl Linux/Unix

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