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我查看并找到了解决方案,尝试了它们并得到了相同的结果.我尝试使用 Popen.wait()、run() 和 call().正如其他用户所建议的,我也尝试将命令作为字符串列表传递.没用.子进程调用不会出错,所以这不是问题. 功能如下: def 爆炸(文件):command = f'blastn -query {output_path}fasta_files/{file} -db {db_pa
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我在excel中有一个csv文件,其中包含来自BLAST搜索的以下格式的文件: #BLASTN 2.2.29+#查询:Cryptocephalus androgyne#数据库:SANdouble#字段:查询ID主题ID%身份对齐长度不匹配缺口打开q.开始q.结束开始.终值位得分找到1个匹配隐脑ctg7180000094003 79.59 637 110 9 38 655 1300 1935 1.
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我从biopython开始,我对解析结果有疑问.我使用了教程参与进来在这里,这是我使用的代码: from Bio.Blast import NCBIXML for record in NCBIXML.parse(open("/Users/jcastrof/blast/pruebarpsb.xml")): if record.alignments: print "Que
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from Bio.Blast import NCBIXML from Bio.Blast import NCBIWWW result_handle = NCBIWWW.qblast( "blastn", "nr", "CACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC", entrez_query='"Beuten
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我需要找到一个或多个序列,这些序列应该在Fasta中给出结果(匹配),而在Blast中则不能,反之亦然. 我有点迷茫. 搜索此序列时应该寻找什么? 解决方案 当您说通过BLAST或FASTA查找序列时,我假设您的意思是在数据库中找到匹配项? 我认为FASTA可能比BLAST更好地发现异种序列之间的比对,但BLAST更好地比对相似序列.
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我想用PHP而不是Linux控制台文本终端执行blastx搜索应用程序. 实际的命令行参数将是(请参见Referer的定义 ): ./blastx -query $input -db ${Sbjct}_db -evalue 0.0001 -outfmt 6 -out /path/to/output.tsv 这是我的PHP部分代码. exec(' /path/to/blastx
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$ b { “BlastOutput2”:[ { “报告”:{ “程序”:“blastn”, “版本”:“BLASTN 2.6.0+”, “参考”: “Stephen F. Altschul,Thomas L.Madden,Alejandro A. Sch& auml; ffer,Jinghui Zhang,Zheng Zhang,Webb Miller和David J.Lipman(19
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