如何使用ggplot2生成热图？ [英] How to produce a heatmap with ggplot2?

问题描述

我试图用ggplot2生成热图。我找到了这个例子，我基本上是在尝试复制我的数据，但我有困难。我的数据是一个简单的.csv文件，如下所示：

 人，苹果，橙子，桃子
 mike， 1,0,6 
 sue，0,0,1 
帐单，3,3,1 
特德，1,1,0 
  

我想生成一个简单的热图，其中水果的名称在x轴上，人在y轴上。图表应描绘出每个方块的颜色代表所消耗水果数量的方块。对应于 mike：peach 的平方应该是最黑的。

以下是我用来生成热图的代码：

 <$ c （apple，orange，peach）$ c $ data<  -  read.csv（/ Users / bunsen / Desktop / fruit.txt，head = TRUE，sep =，） 
 people < -  data [，1] 
（p <-ggplot（data，aes（fruit，people））+ geom_tile（aes（fill = rescale），color =white）+ scale_fill_gradient（low =white，high =steelblue））
  

获取x轴上的水果数量和y轴上的人数。我也没有得到代表水果数量的颜色渐变。我怎样才能得到X轴水果的名称与一个人所吃水果的数量显示为热图？
我在R中获取的当前输出如下所示：

解决方案

老实说@ dr.bunsen - 上面的例子很难再现而且您没有阅读教程的第一部分，您已经链接。这可能是你在找什么：

  library（reshape）
 library（ggplot2）
 library （比例）
 
 data < - 结构（列表（人员=结构（c（2L，3L，1L，4L），
。标签= c（账单，麦克 （1L，0L，3L，1L），
 orange = c（0L，0L，0L，3L，1L），
 class = 3L，1L），
 peach = c（6L，1L，1L，0L）），
 .Names = c（people，apple，orange，peach），
 class =data.frame，
 row.names = c（NA，-4L））
 data.m < -  melt（data）
 data.m< -  ddply（data.m，。（variable），transform，rescale = rescale（value））
p < -  ggplot（data.m，aes（variable，people））+ 
 geom_tile（aes fill = rescale），color =white）
p + scale_fill_gradient（low =white，high =s teelblue）
  

I am trying to produce a heat map using ggplot2. I found this example, which I am essentially trying to replicate with my data, but I am having difficulty. My data is a simple .csv file that looks like this:

people,apple,orange,peach
mike,1,0,6
sue,0,0,1
bill,3,3,1
ted,1,1,0

I would like to produce a simple heat map where the name of the fruit is on the x-axis and the person is on the y-axis. The graph should depict squares where the color of each square is a representation of the number of fruit consumed. The square corresponding to mike:peach should be the darkest.

Here is the code I am using to try to produce the heatmap:

data <- read.csv("/Users/bunsen/Desktop/fruit.txt", head=TRUE, sep=",")
fruit <- c(apple,orange,peach)
people <- data[,1]
(p <- ggplot(data, aes(fruit, people)) + geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") +    scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue"))

When I plot this data I get the number of fruit on the x-axis and people on the y-axis. I also do not get color gradients representing number of fruit. How can I get the names of the fruits on the x-axis with the number of fruit eaten by a person displayed as a heat map? The current output I am getting in R looks like this:

解决方案

To be honest @dr.bunsen - your example above was poorly reproducable and you didn't read the first part of the tutorial that you linked. Here is probably what you are looking for:

 library(reshape)
 library(ggplot2)
 library(scales)

 data <- structure(list(people = structure(c(2L, 3L, 1L, 4L), 
                                           .Label = c("bill", "mike", "sue", "ted"), 
                                           class = "factor"), 
                        apple = c(1L, 0L, 3L, 1L), 
                        orange = c(0L, 0L, 3L, 1L), 
                        peach = c(6L, 1L, 1L, 0L)), 
                    .Names = c("people", "apple", "orange", "peach"),
                    class = "data.frame", 
                    row.names = c(NA, -4L))
 data.m <- melt(data)
 data.m <- ddply(data.m, .(variable), transform, rescale = rescale(value))
 p <- ggplot(data.m, aes(variable, people)) + 
         geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") 
 p + scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")

这篇关于如何使用ggplot2生成热图？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！