dendrogram相关内容

插图聚类式热图(带有树状图)/Python

我正在尝试使用Ploly在Python语言中创建一个集群热图(使用树状图)。他们在网站上做的这个没有很好的伸缩性，我已经找到了各种解决方案，但大多数都是用R或JavaScript编写的。我正在尝试创建一个热图，只从热图的左侧创建一个树状图，显示y轴上的集群(从层次集群)。一个非常好看的例子是这个：https://chart-studio.plotly.com/~jackp/6748。我的目的是创建 ..
发布时间：2022-04-14 19:21:16 Python

带图的树状图-如何设置层次聚类的自定义链接方法

我对Plot还不熟悉，需要绘制具有组平均链接的树形图。 我知道distfun中有一个distfun参数，但我不知道要向该参数传递什么才能获得Group Average Linkage。distfun参数显然必须是可调用的。我应该向它传递什么函数？ 作为附注，我有一个成对距离矩阵示例 0 13 0 2 14 0 17 1 18 0 当我传递给create_dendrogram()方法时，它似 ..
发布时间：2022-03-22 11:22:37 Python

如何在 Python 中创建像以下代码示例那样的径向集群?

我找到了几个关于如何创建这些确切层次结构的示例(至少我相信它们是)，如下所示 stackoverflow.com/questions/2982929/ 效果很好，几乎可以执行我正在寻找的内容. [编辑]这是 Paul 代码的简化版本，现在应该更容易让某人帮助获得这变成了一个径向簇而不是这个当前的簇形状 导入scipy导入pylab将 scipy.cluster.hierarchy 导入 ..
发布时间：2021-12-31 12:10:04 Python

scipy 链接格式

我已经编写了自己的聚类例程，并想生成一个树状图.最简单的方法是使用 scipy 树状图函数.但是，这要求输入与 scipy 链接函数生成的格式相同.我找不到有关如何格式化输出的示例.我想知道是否有人可以启发我. 解决方案 这是来自 scipy.cluster.hierarchy.linkage() 函数文档，我认为这是对输出格式的非常清楚的描述: A (n-1) 乘以 4 矩阵 Z ..
发布时间：2021-12-31 12:02:39 Python

d3 中带有弯头连接器的树/树状图

我对 d3.js(以及一般的 SVG)非常陌生，我想做一些简单的事情:带有角度连接器的树/树状图. 我已经从这里蚕食了 d3 示例:http://mbostock.github.com/d3/ex/cluster.html我想让它更像这里的 protovis 示例: http://mbostock.github.com/protovis/ex/indent.html http://m ..
发布时间：2021-12-18 19:32:42 前端开发

树、簇、径向树和径向簇布局之间的平滑过渡

对于一个项目，我需要以交互方式更改可视化的分层数据布局 - 无需对基础数据进行任何更改.能够在它们之间切换的布局应该是树、簇、径向树和径向簇.并且过渡最好是动画. 我认为使用 D3 会比较容易.我开始了，但我在平移和旋转、数据绑定等方面迷失了方向，所以我向您寻求帮助.另外，可能我在做一些不符合 D3 精神的事情，这很糟糕，因为我正在寻求一个干净的解决方案. 我整理了一个jsfidle， ..
发布时间：2021-12-18 19:30:44 其他开发

R 聚类分析和具有相关矩阵的树状图

我必须对大量数据进行聚类分析.由于我有很多缺失值，我制作了一个相关矩阵. corloads = cor(df1[,2:185], use = "pairwise.complete.obs") 现在我遇到了如何继续的问题.我读了很多文章和例子，但没有什么对我有用.我如何才能知道有多少集群适合我? 我已经试过了: dissimilarity = 1 - corloads距离 = as.di ..
发布时间：2021-11-27 12:02:08 其他开发

dendrapply 错误:C 堆栈使用量太接近限制

我以这种方式使用 R 的 dendrapply: dendrapply(dendro, function(n) utils::str(attributes(n))) 其中 dendro 是一个 'dendrogram'，在高度 2 处有 2 个分支和 5902 个成员. 运行一段时间后，它崩溃并显示此错误: 错误:C 堆栈使用 7971524 太接近限制 有什么想法吗? 解决方 ..
发布时间：2021-11-16 23:19:23 其他开发

dendrapply 错误:C 堆栈使用量太接近限制

我以这种方式使用 R 的 dendrapply: dendrapply(dendro, function(n) utils::str(attributes(n))) 其中 dendro 是一个 'dendrogram'，在高度 2 处有 2 个分支和 5902 个成员. 运行一段时间后，它崩溃并显示此错误: 错误:C 堆栈使用 7971524 太接近限制 有什么想法吗? 解决方 ..
发布时间：2021-11-16 23:19:13 其他开发

R树状图中的叶子之间的字体和间距更大

我在 R 中有一个树状图，但我无法正确处理. 我会告诉你问题是什么，请检查这个:http://img.photobucket.com/albums/v699/rica01/Rplot-1.png 我怎样才能使叶子上的标签变得更大、它们之间的间距更大? 谢谢. -里卡多 解决方案 解决方案:使用 set 函数和 (注意改变标签间距目前没有实现) 关于包的更 ..
发布时间：2021-09-09 19:36:31 其他开发

你如何比较“相似性"?在两个树状图之间(在 R 中)?

我有两个树状图，我希望将它们相互比较，以找出它们的“相似度".但我不知道有什么方法可以这样做(更不用说在 R 中实现它的代码了). 有线索吗? 更新 (2014-09-13): 自从问这个问题后，我写了一个名为 dendextend 的 R 包，用于树状图的可视化、操作和比较.该软件包位于 CRAN 上，并带有 详细小插图.它包括cor_cophenetic、cor_bakers ..
发布时间：2021-08-30 18:40:39 其他开发

标签和颜色叶树状图

我正在尝试创建一个树状图，我的样本是否有 5 个组代码(充当样本名称/物种/等，但它是重复的). 因此，我有两个问题需要帮助: 如何在叶子标签(而不是样本编号)中显示组代码? 我希望为每个代码组分配一种颜色并根据它为叶子标签着色(它们可能不在同一个进化枝中，这样我可以找到更多信息)? 是否可以使用我的脚本(ape 或 ggdendro)这样做: sample 替换我的 ..
发布时间：2021-06-30 19:59:03 其他开发

scipy-cluster 定制生成的树状图

这是对由 scipy-cluster 生成的树状图未显示的跟进. 来自matplotlib.pyplot导入的 从 scipy.spatial.distance 导入 pdist从 scipy.cluster.hierarchy 导入链接，树状图从numpy.random导入randX = rand(5，3)X[0:5, :] *= 2Y = pdist(X)Z =连锁(Y)树状图(Z)表演( ..
发布时间：2021-06-01 20:27:27 Python

绘制由 NetworkX Girvan-Newman 算法找到的社区的树状图

用于网络社区检测的 Girvan-Newman 算法: 通过逐步去除原始边缘来检测社区图形.传统上，该算法去除了“最有价值"的优势在每个步骤中具有最高中间性中心的边缘.作为图分解成碎片，紧密结合的社区结构是暴露，结果可以描述为树状图. 在 NetworkX 中，实现返回集合元组上的迭代器.第一个元组是由 2 个社区组成的第一个切割，第二个元组是由 3 个社区组成的第二个切割，依此类推， ..
发布时间：2021-06-01 19:36:18 Python

显示scipy树状图的群集标签

我正在使用层次聚类来聚类词向量，并且我希望用户能够显示显示聚类的树状图.然而，由于可能有数千个单词，我希望这个树状图被截断为一些合理的有价值的，每个叶子的标签是该集群中最重要的单词的字符串. 我的问题是，根据docs ，"labels [i]值是仅当它对应于原始观测值而不是非单一聚类时，才置于第i个叶节点下的文本." 这意味着我不能标记集群，只能标记奇异点? 为了说明，这里有一个简短的 ..
发布时间：2021-06-01 19:34:27 Python