如何使用R来反向补充DNA链 [英] How to reverse complement a DNA strand using R

问题描述

我正在尝试使用R反补DNA链，但是，我的代码不起作用。

  map=c("A"="T","T"="A","G"="C","C"="G")
  r<-sapply(lapply(strsplit(y,NULL),rev),paste,collpase="")
  t<-paste(map[unlist(strsplit(r,NULL))],collapse="")
  return(t)}

这是返回 [1] "GNACNACNACNATNA"

有什么建议吗？

推荐答案

可能有很多方法可以做到这一点，包括专门的遗传学包。但是，如果您正在寻找一个简单的基本R方法，您可以使用chartr进行字符替换：

x = 'ACGTGTAC'
y = chartr('ATGC', 'TACG', x)
# [1] "TGCACATG"

然后我们可以反转结果：

intToUtf8(rev(utf8ToInt(y)))  
# [1] "GTACACGT"

这篇关于如何使用R来反向补充DNA链的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！