互补DNA序列 [英] Complementary DNA sequence

问题描述

我在写这个循环时遇到了问题。它似乎在第二个序列后停止。

我想将互补的DNA序列返回给定的DNA序列。

（'AGATTC'） - >（'TCTAAG'），其中A：T和C：G

  def get_complementary_sequence（dna） ：
（str） - > str 
 
>返回与给定DNA序列互补的DNA序列
 
>>> ; get_complementary_sequence（ 'AT'）
（ 'TA'）
个;>> get_complementary_sequence（ 'AGATTC'）
（ 'TCTAAG'）
 
的
 
x = 0 
 complementary_sequence =''
 
 for char in dna：
 complementary_sequence =（get_complement（dna））
 
 return complementary_sequence +（dna [x：x + 1]）$ ​​b $ b  

循环不会继续？

解决方案

这是一个例子，我将如何做 - 只有两行代码：

 从串进口maketrans 
 
 DNA = CCAGCTTATCGGGGTACCTAAATACAGAGATAT ＃示例DNA片段
 
 def complement（序列）：
 reverse = sequence [::  -  1] 
 return reverse.translate（maketrans（'ATCG'，'TAGC'））
 
 print complement（DNA）
  

I'm having a problem writing this loop; it seems to stop after the second sequence.

I want to return the complementary DNA sequence to the given DNA sequence.

E.g. ('AGATTC') -> ('TCTAAG'), where A:T and C:G

def get_complementary_sequence(dna):
    """(str) -> str

> Return the DNA sequence that is complementary to the given DNA sequence

    >>> get_complementary_sequence('AT')
    ('TA')
    >>> get_complementary_sequence('AGATTC')
    ('TCTAAG')

    """

    x = 0
    complementary_sequence = ''

    for char in dna:
            complementary_sequence = (get_complement(dna))

    return complementary_sequence + (dna[x:x+1])

Can anyone spot why the loop does not continue?

解决方案

Here is an example how I would do it - only two lines of code really:

from string import maketrans

DNA="CCAGCTTATCGGGGTACCTAAATACAGAGATAT" #example DNA fragment

def complement(sequence):
  reverse = sequence[::-1]
  return reverse.translate(maketrans('ATCG','TAGC'))

print complement(DNA)

这篇关于互补DNA序列的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！