如何在R中合并FASTA文件 [英] How to merge FASTA files in R

问题描述

我有四个单独的FASTA文件，我想将它们合并到一个大的FASTA文件中。到目前为止，我已经使用生物字符串包分别读取了每个文件

推荐答案

例如，如果FASTA文件是：

folder = "http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/sacCer3/chromosomes/"
files = paste0(folder,c("chrI","chrII","chrIII","chrIV"),".fa.gz")
files
[1] "http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/sacCer3/chromosomes/chrI.fa.gz"  
[2] "http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/sacCer3/chromosomes/chrII.fa.gz" 
[3] "http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/sacCer3/chromosomes/chrIII.fa.gz"
[4] "http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/sacCer3/chromosomes/chrIV.fa.gz" 

我们可以这样做：

library(Biostrings)
fa_seq = lapply(files,readDNAStringSet)
fa_seq = do.call(c,fa_seq)
fa_seq

  A DNAStringSet instance of length 4
      width seq                                             names               
[1]  230218 CCACACCACACCCACACACCCA...GTGTGGGTGTGGTGTGTGTGGG chrI
[2]  813184 AAATAGCCCTCATGTACGTCTC...TGGGTGTGGTGTGTGGGTGTGT chrII
[3]  316620 CCCACACACCACACCCACACCA...TGTGGTGGGTGTGGTGTGTGTG chrIII
[4] 1531933 ACACCACACCCACACCACACCC...AAAGGTAGTAAGTAGCTTTTGG chrIV

这篇关于如何在R中合并FASTA文件的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！