如何使用inst/extdata中的文件？R包检查阻止在R 3.6中使用system.file() [英] How to use files in inst/extdata? R Package check prevent to use system.file() in R 3.6

问题描述

我正在编写R包，并尝试使用外部文件。我将其放在inst/extdata中，并使用system.file("extdata", "file.csv", package = "mypackage")将该文件加载到我的函数中。官方手册只描述了从inst/extdata获取数据的这种方式。

但在构建过程中，我收到错误 ERROR: hard-coded installation path: please report to the package maintainer and use '--no-staged-install'

论坛说system.file()是不好的做法，但我应该如何使用包中的行数据？

2018年更新后出现此问题。我发现我可以在描述文件中使用StagedInstall: no，但这是作弊，不是吗？

我希望在函数中使用原始文件(作为预先计算的静态表)，并在示例中使用原始文件作为输入文件。我的R版本是3.6.2。

推荐答案

该错误是因为包源代码是在安装时执行的，而不是在加载包时执行的。此外，starting with R 3.6，程序包安装在临时路径内，而不是安装在其实际的最终安装位置。

因此，当直接在文件范围内(即不在函数内)的包内调用时，system.file将返回假路径。这就是您收到的错误消息试图传达的信息。

一旦您知道了这一点，解决方案就相当简单了：在包构建期间不要调用system.file。而应在包加载时调用；即在.onLoad内调用：

.onLoad = function (libname, pkgname) {
    datafile = system.file("extdata", "file.csv", package = "mypackage")
    assign('datafile', datafile, envir = topenv())
}

这会导致在包命名空间内创建变量datafile，现在您可以从其他地方访问它。

论坛说system.file()是不好的做法

不，使用system.file绝对不是的坏做法；相反，访问您的包extdata需要。糟糕的做法是在文件范围内调用函数。但在函数内部调用它是文件。

我发现我可以在描述文件中使用StagedInstall: no，但这是作弊，不是吗？

确实，这是"作弊"，绝对不推荐作为适当的解决方案。

这篇关于如何使用inst/extdata中的文件？R包检查阻止在R 3.6中使用system.file()的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！