字典帮助Julia - 从文本文件创建字典 [英] Dictionary help in Julia - creating dictionary from text file

问题描述

我试图从Julia中的文本文件的内容创建一个库，用于生物信息学问题。该文件格式如下：

  UUU F CUU L AUU I GUU V 
 UUC F CUC L AUC I GUC V 
 ... 
  

我想制作一个字母，其中的关键是3个字母部分（密码子），条目是单字母部分（氨基酸）。我可以在每个匹配中使用grep：

 取出正确的组件（r（[AUGC] {3 ，3}）\s（[AZ]），文件）
密码子，aa = m.captures 
  

如果我在此循环中打印密码子和 aa ，我得到正确的输出（全部密码子，所有的aa），但我不知道如何把它放入字典。如果我这样做： codons = {codon => aa} 在循环结束时，我最终只能包含最后一个条目。

我确定语法是一件非常明显的事情，但我是一名生物学家，而不是一名程序员，所以我读了文档没有让我在任何地方。它说：

给定一个字典D，语法D [x]返回键x的值（如果存在）或抛出一个错误，D [x] = y存储D中的键值对x => y（替换关键字x的任何现有值）。

但是我在循环结束时尝试了密码子[codon] = aa （我用密码子= {} 在循环之前），但是我收到错误：

 没有方法setindex！（Array {Any， 1}，SubString {UTF8String}，SubString {UTF8String}）
在In [35]：5 
在匿名的无文件：4 
  

任何帮助将不胜感激。

编辑：显然，我没有正确启动字典。如果我做密码子= {blah=> blahblah} 开始时，循环工作并正确填写。所以一个修改后的问题：你如何启动空库？

EDIT2：最小不工作的例子：

  file = open（readall，rna_codons.txt）
密码子= {} 
在每个匹配中的m（r（[AUGC] {3,3}）\\ \\ s（[AZ]），文件）
密码子，aa = m.capture 
密码子[codon] = aa 
 end 
  pre> 
 
解决方案
只是为了总结一个最小工作示例（MWE），将您的格式化文本文件读入Julia  Dict  ... 
  file = open（readall，rna_codons.txt）
密码子= Dict（）
 for each match r（[AUGC] {3,3}）\s（[AZ]），文件）
密码子，aa = m.capture 
密码子[codon] = aa 
 end 
  
注意：如果文件非常大，可能会有更快的方式生成您的字典。
 
 
 
  编辑  
 
 
 
明显的文本文件格式，这里是另一种创建您的 Dict 的方法。我没有测试确定任何性能损失/收益。
  condon_array = open（readdlm，rna_codons.txt）
 condons = Dict {ASCIIString，ASCIIString}（condon_array [：，1：2：end] [：]，condon_array [：，2：2：end] [：]）
  
注意：如果您使用它，请更好地查看它的正确性。
 
I'm attempting to create a library from the contents of a text file in Julia for use in a bioinformatics problem. The file is formatted like this:
UUU F      CUU L      AUU I      GUU V
UUC F      CUC L      AUC I      GUC V
...
I want to make a dictionary where the key is the 3 letter part (the codon), and the entry is the one letter part (the amino acid). I'm able to pull out the right components with grep:
for m in eachmatch(r"([AUGC]{3,3})\s([A-Z])", file)
    codon, aa = m.captures
If I print codon and aa in this loop, I get out the correct output (all the codon's, all the aa's) but I can't figure out how to put it into a dictionary. If I do: codons = {codon => aa} at the end of the loop, I end up with a dictionary that only contains the last entry.

I'm sure the syntax is something really obvious, but I'm a biologist, not a programmer, so my reading of the documentation isn't getting me anywhere. It says:

  
Given a dictionary D, the syntax D[x] returns the value of key x (if it exists) or throws an error, and D[x] = y stores the key-value pair x => y in D (replacing any existing value for the key x).
But I tried codons[codon] = aa at the end of the loop (I initiated the dictionary with codons = {} before the loop), but I get the error:
no method setindex!(Array{Any,1},SubString{UTF8String},SubString{UTF8String})
at In[35]:5
 in anonymous at no file:4
Any help would be greatly appreciated.

EDIT: Evidently, I'm not initiating the dictionary correctly. If I do codons = {"blah" => "blahblah"} at the beginning, the loop works and fills in correctly. So a modified question: how do you initiate empty libraries?

EDIT2: Minimal not working example:
file = open(readall, "rna_codons.txt")
codons = {}
for m in eachmatch(r"([AUGC]{3,3})\s([A-Z])", file)
    codon, aa = m.capture
    codons[codon] = aa
end

解决方案
Just to summarize a Minimal Working Example (MWE) for your case of reading your formatted text file into a Julia Dict...
file = open(readall, "rna_codons.txt")
codons = Dict()
for m in eachmatch(r"([AUGC]{3,3})\s([A-Z])", file)
    codon, aa = m.capture
    codons[codon] = aa
end
N.B.:  If the file is very large, there is likely a faster way of generating your Dict.

EDIT

Given your apparent text file format, here's another way to create your Dict.  I made no tests to determine any performance loss/gain.
condon_array = open(readdlm, "rna_codons.txt")
condons = Dict{ASCIIString,ASCIIString}(condon_array[:,1:2:end][:],condon_array[:,2:2:end][:])
N.B.:  If you use it, better check it for correctness.

                        
这篇关于字典帮助Julia  - 从文本文件创建字典的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！