使用dplyr / mutate修复R中的不兼容类型错误 [英] fixing incompatible types error in R using dplyr/mutate

问题描述

我正在尝试使用R中的tidyverse / dplyr包来处理数据，包括向在线API（从Altmetric）的向量化调用，使用mutate添加行。

我可以创建的最小的代码重现错误是在下面。我收到错误错误：不兼容的类型，期望一个数字向量

 库（tidyverse）
库（jsonlite ）
 
 fromJSON_wrapper<  -  function（x，y）{
 fromJSON（x）[[c（y）]] 
} 
 
玩具<  -  tibble（
 doi = c（10.1002 / anie.201500251，10.1080 / 19443994.2015.1005695，10.1007 / s13721-015-0095-0），
 url = c https://api.altmetric.com/v1/doi/10.1002/anie.201500251，https://api.altmetric.com/v1/doi/10.1080/19443994.2015.1005695，https：// api $ alt $（$）
 
提取<  - 玩具％>％rowwise（）％>％mutate（score = fromJSON_wrapper （url，score））
  

以下提取单个分数的代码可以工作，无论是使用包装器或一行琐事，我不知道为什么我的代码不工作。

  fromJSON_wrapper（https ：//api.altmetric.com/v1/doi/10.1007/s13721-015-0095-0）
 extract< - 玩具[1，]％>％rowwise（）％>％mutate（score = fromJSON_wrapper（url，score））
  

任何建议将不胜感激。

解决方案

简单的迭代URL的向量并提取你需要的东西。 purrr :: map_dbl 使这个简单，虽然 sapply 也可以正常工作。

  library（tidyverse）
 
玩具<  -  tibble b $ b doi = c（10.1002 / anie.201500251，10.1080 / 19443994.2015.1005695，10.1007 / s13721-015-0095-0），
 url = c（https：// api .altmetric.com / v1 / doi / 10.1002 / anie.201500251，https://api.altmetric.com/v1/doi/10.1080/19443994.2015.1005695，https://api.altmetric.com/v1 /doi/10.1080/19443994.2015.1005695）
）
 
提取<  - 玩具％>％mutate（score = map_dbl（url，〜jsonlite :: fromJSON（.x）$分数））
 
提取％>％select（doi，score）
＃> ＃A tibble：3×2 
＃> doi得分
＃> < CHR> < DBL> 
＃> 1 10.1002 / anie.201500251 0.25 
＃> 2 10.1080 / 19443994.2015.1005695 1.00 
＃> 3 10.1007 / s13721-015-0095-0 1.00 
  

I'm trying to use the tidyverse/dplyr package in R to work with data including vectorized calls to an online API (from Altmetric) to add rows using mutate.

The smallest code I can create that reproduces the error is that below. I get the error "Error: incompatible types, expecting a numeric vector"

library(tidyverse)
library(jsonlite)

fromJSON_wrapper <- function(x,y) {
  fromJSON(x)[[c(y)]]
}

toy <- tibble(
      doi = c("10.1002/anie.201500251", "10.1080/19443994.2015.1005695", "10.1007/s13721-015-0095-0"), 
      url = c("https://api.altmetric.com/v1/doi/10.1002/anie.201500251", "https://api.altmetric.com/v1/doi/10.1080/19443994.2015.1005695", "https://api.altmetric.com/v1/doi/10.1080/19443994.2015.1005695")
      )

extracted <- toy %>% rowwise() %>% mutate(score = fromJSON_wrapper(url,"score"))

The code for extracting a single score below works, whether just using the wrapper or on a one row tibble and I'm not sure why my code isn't working.

fromJSON_wrapper("https://api.altmetric.com/v1/doi/10.1007/s13721-015-0095-0")
extracted <- toy[1,] %>% rowwise() %>% mutate(score = fromJSON_wrapper(url, "score"))

Any suggestions would be appreciated.

解决方案

It's simpler to just iterate over the vector of URLs and extract what you need. purrr::map_dbl makes this simple, though sapply would work fine, too.

library(tidyverse)

toy <- tibble(
    doi = c("10.1002/anie.201500251", "10.1080/19443994.2015.1005695", "10.1007/s13721-015-0095-0"), 
    url = c("https://api.altmetric.com/v1/doi/10.1002/anie.201500251", "https://api.altmetric.com/v1/doi/10.1080/19443994.2015.1005695", "https://api.altmetric.com/v1/doi/10.1080/19443994.2015.1005695")
)

extracted <- toy %>% mutate(score = map_dbl(url, ~jsonlite::fromJSON(.x)$score))

extracted %>% select(doi, score)
#> # A tibble: 3 × 2
#>                             doi score
#>                           <chr> <dbl>
#> 1        10.1002/anie.201500251  0.25
#> 2 10.1080/19443994.2015.1005695  1.00
#> 3     10.1007/s13721-015-0095-0  1.00

这篇关于使用dplyr / mutate修复R中的不兼容类型错误的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！