链接导入MAT文件的Fortran代码时出错 [英] Errors in linking fortran code that imports a MAT-file
问题描述
我必须在fortran程序中导入MAT文件。我遵循示例文件，但我遇到了一些问题同时链接。
最小代码：
#include fintrf.h
程序main
USE ssa
USE dmotifs
USE参数
隐式无
！ MAT-FILE声明！
INTEGER matOpen，matGetDir
INTEGER matGetVariableInfo
INTEGER mp，dir，adir（100），pa
INTEGER mxGetM，mxGetN，matClose
INTEGER ndir，我，clstat
字符* 32个名字（100）
！=========================== ！
if（all（fnames（：）％fn .NE。argfun））then
write（*，*）No such motif：，argfun
write（* ，*）输入格式 - >主< motifname>
stop
else
fin = fchton（argfun）
y0 = nM2m * analys（p，argfun）
！ ==>打开MAT文件< ==！
mp = matOpen（'./ PRMS_lxr_29Apr15.mat'，'r'）
if（mp .eq。0）then
write（6，* ）无法打开MAT文件
stop
end if
dir = matgetdir（mp，ndir）
if（dir .eq 。0）then
write（6，*）无法读取MAT文件目录。
stop
endif
call mxCopyPtrToPtrArray（dir，adir，ndir）
do 20 i = 1，ndir
call mxCopyPtrToCharacter（adir （i），姓名（i），32）
20继续
写（6，*）'文件目录：'
30 i = 1，ndir
write（6，*）names（i）
30 continue
write（6，*）'从第一个数组获取标题信息'$ b $ （6，*）'已检索'，名称（1）
write（6，*）'With size'，mxGetM（pa）， '-by-'，mxGetN（pa）
调用mxDestroyArray（pa）
clstat = matClose（mp）
如果
结束END PROGRAM main
我使用gfortran 4.8.3编译+使用默认命令链接：
gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -o main
当我不包含以下代码时，该代码可以很好地编译（无链接）： #includefinitrf.h，否则编译器会说：
警告：main.f90：1：非法预处理器指令
我尝试将 finitrf.h 重命名为 finitrf。 f90 但它没有任何区别。然而，在链接期间，我收到了这些错误：
main.f90 :(。text + 0x3ea）：未定义引用'matopen_'
main.f90 :( .text + 0x487）：对`matgetdir_'的未定义引用
main.f90 :( .text + 0x52b）：对`mxcopyptrtoptrarray_'的未定义引用
main.f90： （.text + 0x583）：对'mxcopyptrtocharacter_'的未定义引用
main.f90 :( .text + 0x71b）：未定义对`matgetvariableinfo_'的引用
main.f90 :( .text + 0x804）：undefined引用'mxgetm_'
main.f90 :(。text + 0x855）：对`mxgetn_'的未定义引用
main.f90 :( .text + 0x89c）：对`mxdestroyarray_'的未定义引用
main.f90 :( .text + 0x8b0）：对`matclose_'的未定义引用
collect2：错误：ld返回1退出状态
我是否需要makefile或在编译命令中添加其他参数？
编辑：
我添加了 -cpp 选项并消除了 Ill例如，预处理程序指令
现在，当我用matlab外部组件（其中finitf.h）编译路径时，错误。
gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -I / usr / local / matlab2008a / extern /包括-L / usr / local / matlab2008a / extern / lib -cpp -o main
如果我提供库路径为 / usr / local / matlab2008a / bin / glnxa64 ，其中包含其他matlab库，包括 libmat.so ，I仍然会有同样的错误。正如Alexander Vogt指出的那样，编译器需要 -cpp 预处理器可以选择识别头文件，而不是将其视为非法。
链接需要 finitrf.h ，它通常位于< matlabroot> / extern / include ，并且基本库存在于< matlabroot> / bin /< arch> / 中。
但是，只是指定这不起作用，并且确切的matlab库的规范似乎是必不可少的;这些是 libmat.so 和 libmx.so 。
这些库依次依赖于其他库，因此需要另一个标志来设置 rpath 。
最后使用以下命令：
gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -I / usr / local / matlab2008a / extern / include -L / usr / local / matlab2008a / bin / glnxa64 -cpp -o main -lmat -lmx -Wl，-rpath / usr / local / matlab2008a / bin / glnxa64 /
或一般
gfortran program.f90 -I< matlabroot> / extern / include -L< matlabroot> / bin /< arch> -cpp -lmat -lmx -Wl，-rpath< matlabroot> / bin /< arch> -o program.out
另见这个帖子与 C 中的问题大致相同。
I have to import a MAT-file in a fortran program. I followed the example file but I am facing some problems while linking. The compilation happens fine.
Minimal code:
#include "fintrf.h"
PROGRAM main
USE ssa
USE dmotifs
USE param
IMPLICIT NONE
! MAT-FILE Declarations !
INTEGER matOpen, matGetDir
INTEGER matGetVariableInfo
INTEGER mp, dir, adir(100), pa
INTEGER mxGetM, mxGetN, matClose
INTEGER ndir, i, clstat
CHARACTER*32 names(100)
!===========================!
if(all(fnames(:)%fn .NE. argfun)) then
write(*,*) "No such motif: ",argfun
write(*,*) "Input format-> main <motifname>"
stop
else
fin=fchton(argfun)
y0=nM2m*analys(p,argfun)
! ==> OPEN MAT-file <== !
mp=matOpen('./PRMS_lxr_29Apr15.mat','r')
if (mp .eq. 0) then
write(6,*) "Can't open MAT-file"
stop
end if
dir = matgetdir(mp, ndir)
if (dir .eq. 0) then
write(6,*) "Can't read MAT-file-directory."
stop
endif
call mxCopyPtrToPtrArray(dir, adir, ndir)
do 20 i=1,ndir
call mxCopyPtrToCharacter(adir(i), names(i), 32)
20 continue
write(6,*) 'Directory of Mat-file:'
do 30 i=1,ndir
write(6,*) names(i)
30 continue
write(6,*) 'Getting Header info from first array.'
pa = matGetVariableInfo(mp, names(1))
write(6,*) 'Retrieved ', names(1)
write(6,*) ' With size ', mxGetM(pa), '-by-', mxGetN(pa)
call mxDestroyArray(pa)
clstat=matClose(mp)
end if
END PROGRAM main
I am using gfortran 4.8.3 for compiling+linking using the default command:
gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -o main
This code compiles fine (without linking) when I do not include: #include "finitrf.h", otherwise the compiler says
Warning: main.f90:1: Illegal preprocessor directive
I tried renaming finitrf.h to finitrf.f90 but it did not make any difference. Nonetheless during linking I am getting these errors:
main.f90:(.text+0x3ea): undefined reference to `matopen_'
main.f90:(.text+0x487): undefined reference to `matgetdir_'
main.f90:(.text+0x52b): undefined reference to `mxcopyptrtoptrarray_'
main.f90:(.text+0x583): undefined reference to `mxcopyptrtocharacter_'
main.f90:(.text+0x71b): undefined reference to `matgetvariableinfo_'
main.f90:(.text+0x804): undefined reference to `mxgetm_'
main.f90:(.text+0x855): undefined reference to `mxgetn_'
main.f90:(.text+0x89c): undefined reference to `mxdestroyarray_'
main.f90:(.text+0x8b0): undefined reference to `matclose_'
collect2: error: ld returned 1 exit status
Do I need a makefile or add additional arguments in the compile command?
EDIT:
I added the -cpp option and that eliminates the problem of Illegal preprocessor directive
Now when I am compiling with paths to matlab external components (where finitf.h) is, I am still getting the same error.
gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -I/usr/local/matlab2008a/extern/include -L/usr/local/matlab2008a/extern/lib -cpp -o main
If I provide library path to /usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64 that contains other matlab libraries including libmat.so, I still get the same errors.
As pointed out by Alexander Vogt, the compiler requires -cpp option for the pre-processor to recognize the header file and not to treat it as illegal.
Linking requires finitrf.h which is usually located in the <matlabroot>/extern/include and the essential libraries are present in <matlabroot>/bin/<arch>/.
But just specifying this does not work and specification of the exact matlab library seems essential; these are libmat.so and libmx.so.
These libraries are in turn dependent on other libraries so another flag is required to set the rpath.
Finally it works with following command:
gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -I/usr/local/matlab2008a/extern/include -L/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64 -cpp -o main -lmat -lmx -Wl,-rpath /usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64/
or in general
gfortran program.f90 -I<matlabroot>/extern/include -L<matlabroot>/bin/<arch> -cpp -lmat -lmx -Wl, -rpath <matlabroot>/bin/<arch> -o program.out
Also see this post that is about the same problem in C.
这篇关于链接导入MAT文件的Fortran代码时出错的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！
