如何减少ggplot2中分类y轴之间的差距 [英] How to reduce the gap bet ticks between categorical y-axis in ggplot2

问题描述

我有以下代码：

  library（tidyverse）
 dat < -  structure（list（motif_and_gene_name = cFCCTXXX4XXX2
FCCTXXX4XXX2FCCTXXX4XXX2FCCTXXX4 ，
XXX2，FCCT，XXX4，XXX2，FCCT，XXX4，XXX2），tissue = c（DA，
DA DA，MB，MB，MB，VL，VL，VL，UP，UP，UP，
BU，BU ，BU，TV，TV，TV），motif_enrichment = c（4740，
 964.2,539.2,6634,1860,1150,6312,2146,1432,5336,2282，$表达式_tpm = c（5.095，
 15.1825,1.4225,7.27,23.7125,6.85,4.8775,27.17,3.0025，
 6.0025，b $ b 1381,2796,1947,1175,8190,1576,926.8） （c）（3L，4L，2L，3L，6L，3L，2L，6L，
 2L，3L，3L，4L，2L，3L，6L，3L，2L，6L，23.3725,5.1445,5.4525,20.215,4.695,6.44,22.04，
 4.24），expr_brks = ，6L，3L，3L，6L，2L，3L，6L，2L）。标签= c（（ -  Inf，1]，
（1,5]，（5,10） ，（10,16]，（16,20），（20，Inf）），class =factor），
 motif_brks = structure（c（6L，3L，3L， 6L，5L，4 L，6L，6L，
 4L，6L，6L，4L，6L，5L，4L，6L，5L，3L）。标签= c（（ -  Inf，100），
 （100,500），（500,1e + 03），（1e + 03,1.5e + 03]，（1.5e + 03,2e + 03]，
（2e + 03 ，Inf）），class =factor）），.Names = c（motif_and_gene_name，
tissue，motif_enrichment，expression_tpm，expr_brks，
motif_brks ），row.names = c（NA，-18L），class = c（tbl_df，tbl，
data.frame））
 
 mycol<  -  c （＃3D1E1F，＃FE677E，＃F19068，＃E8A99D，＃FCDED4）
 dat％>％
 ggplot（aes（x = tissue，y = motif_and_gene_name ，size = motif_brks，color = expr_brks））+ 
 geom_point（stat =identity）+ 
 scale_color_manual（values = colorRampPalette（mycol）（length（levels（dat $ expr_brks））））+ 
 blab（）+ 
 ylab（）+ 
 theme_bw（）
  

产生以下图表：

如上图所示，我如何减少间隔间隔
并将x轴向上推。

解决方案

当我找到OP的作用时，我会清理这个答案。对不起，目前有点无组织。

您可以通过增加展开来减少y轴上的距离。值，在这里我已将它设置为 1.9 。

  ggplot（ （））+ scale_y_discrete（expand = c（0,1.9））+ 
 theme_bw（），这是一个非常简单的方法， + bbs（x = NULL，y = NULL）+ 
 scale_colour_manual（values = c（＃3D1E1F，＃FE677E，＃F19068，＃E8A99D，＃FCDED4））
  

$ p
$ b pre $ g $ p $ ggplot（dat，aes（tissue，motif_and_gene_name，size = motif_brks，color = expr_brks））$ b

+
geom_point（stat =identity）+ scale_y_discrete（expand = c（200，2））+ theme_bw（）+
theme（axis.title = element_blank（），axis.text.y =元件_blank（），axis.ticks.y = element_blank（））+
scale_colour_manual（values = c（＃3D1E1F，＃FE677E，＃F19068，＃E8A99D，＃FCDED4） ））

可能展开不是正确的路线，而只是一个较低的比率，其中 coord_fixed（）。像这样。

  ggplot（dat，aes（tissue，motif_and_gene_name，size = motif_brks，color = expr_brks））+ 
 geom_point（ （）= + b_b（）+ labs（x = NULL，y = NULL）+ 
 scale_colour_brewer（palette =Set3）+ 
 coord_fixed（ratio = .5）
  

I have the following code:

library(tidyverse)
dat <-  structure(list(motif_and_gene_name = c("FCCT", "XXX4", "XXX2", 
"FCCT", "XXX4", "XXX2", "FCCT", "XXX4", "XXX2", "FCCT", "XXX4", 
"XXX2", "FCCT", "XXX4", "XXX2", "FCCT", "XXX4", "XXX2"), tissue = c("DA", 
"DA", "DA", "MB", "MB", "MB", "VL", "VL", "VL", "UP", "UP", "UP", 
"BU", "BU", "BU", "TV", "TV", "TV"), motif_enrichment = c(4740, 
964.2, 539.2, 6634, 1860, 1150, 6312, 2146, 1432, 5336, 2282, 
1381, 2796, 1947, 1175, 8190, 1576, 926.8), expression_tpm = c(5.095, 
15.1825, 1.4225, 7.27, 23.7125, 6.85, 4.8775, 27.17, 3.0025, 
6.0025, 23.3725, 5.1425, 5.4525, 20.215, 4.695, 6.44, 22.04, 
4.24), expr_brks = structure(c(3L, 4L, 2L, 3L, 6L, 3L, 2L, 6L, 
2L, 3L, 6L, 3L, 3L, 6L, 2L, 3L, 6L, 2L), .Label = c("(-Inf,1]", 
"(1,5]", "(5,10]", "(10,16]", "(16,20]", "(20, Inf]"), class = "factor"), 
    motif_brks = structure(c(6L, 3L, 3L, 6L, 5L, 4L, 6L, 6L, 
    4L, 6L, 6L, 4L, 6L, 5L, 4L, 6L, 5L, 3L), .Label = c("(-Inf,100]", 
    "(100,500]", "(500,1e+03]", "(1e+03,1.5e+03]", "(1.5e+03,2e+03]", 
    "(2e+03, Inf]"), class = "factor")), .Names = c("motif_and_gene_name", 
"tissue", "motif_enrichment", "expression_tpm", "expr_brks", 
"motif_brks"), row.names = c(NA, -18L), class = c("tbl_df", "tbl", 
"data.frame"))

mycol <- c("#3D1E1F","#FE677E","#F19068","#E8A99D","#FCDED4")
dat %>% 
  ggplot(aes(x = tissue,y = motif_and_gene_name, size = motif_brks, color = expr_brks)) + 
  geom_point(stat = "identity")  + 
  scale_color_manual(values = colorRampPalette(mycol)(length(levels(dat$expr_brks)))) +
  xlab("") + 
  ylab("") +
  theme_bw()

Which produces the following plot:

As stated in the image above, how can I reduce the inter-ticks gap and push x-axis up.

解决方案

I'll clean up this answer when I find out what works for OP. Sorry that it's a bit unorganized at the moment.

You can decrease the distance on the y-axis by increasing the expand value, here I've set it to 1.9.

ggplot(dat, aes(tissue, motif_and_gene_name, size = motif_brks, color = expr_brks)) + 
      geom_point(stat = "identity")  + scale_y_discrete(expand = c(0, 1.9)) +
      theme_bw() + labs(x=NULL, y=NULL) +
      scale_colour_manual(values = c("#3D1E1F","#FE677E","#F19068","#E8A99D","#FCDED4"))  

Like this

ggplot(dat, aes(tissue, motif_and_gene_name, size = motif_brks, color = expr_brks)) +  
   geom_point(stat = "identity") + scale_y_discrete(expand = c(200, 2)) + theme_bw() + 
  theme(axis.title =element_blank(), axis.text.y=element_blank(), axis.ticks.y=element_blank()) + 
     scale_colour_manual(values = c("#3D1E1F","#FE677E","#F19068","#E8A99D","#FCDED4"))")

Maybe expand is not the right rout, but simply a lower ratio with coord_fixed(). Like this-ish.

ggplot(dat, aes(tissue, motif_and_gene_name, size = motif_brks, color = expr_brks)) + 
  geom_point(stat = "identity") + theme_bw() + labs(x=NULL, y=NULL) + 
  scale_colour_brewer(palette = "Set3") + 
   coord_fixed(ratio=.5)

这篇关于如何减少ggplot2中分类y轴之间的差距的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！