bioinformatics相关内容

读取.bed文件并以特定格式压缩输出时出现问题

import os #handles the gzipped output like the example file file_name = "exampleziptotxt.bed" out_file_root = "example_by_chrom" file_handle_dict = {} file_reader=open(file_name) for line in file_re ..

发布时间：2020-09-21 03:11:55 python gzip bioinformatics Python

Perl:如何联接文本文件的两列，其中第一列的值应与第二列的值顺序匹配

我是Perl编程的初学者.我现在正在研究的问题是如何从文本文件中获取基因长度.文本文件包含基因名称(第10列)，起始位点(第6列)，结束位点(第7列).长度可以从第6列和第7列的差异中得出.但是我的问题是如何将基因名称(来自第10列)与从第6列和第7列的差异中得出的相应差异进行匹配.非常感谢！/p> open (IN, "Alu.txt"); open (OUT, ">Alu_subfamlen ..

发布时间：2020-09-21 03:11:51 perl bioinformatics 其他开发

使用str.translate()从DNA到RNA

我正在尝试使用Python将DNA代码转换为RNA代码... 我这样写: print('Digite a sequência DNA a ser transcrita para RNA:') my_str = raw_input() print(my_str.replace('T', 'U')) 它有效，但是..现在我需要将 A转换为U ， T转换为A ， G转换为C 和 C到G ..

发布时间：2020-09-21 03:11:43 python bioinformatics biopython Python

R生物导体安装错误-线路开始'< DOCTYPE html PUBLI ...'格式不正确

我在R中安装生物导体软件包时遇到了麻烦.这是在MacOSX上，这是R 2.15的全新安装，并使用了生物导体1.4.4.抄录如下: > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") BiocInstaller version 1.4.4, ?biocLite for help > biocLite("Biobase") BioC_mirror: ht ..

发布时间：2020-09-21 03:11:40 r installation bioinformatics bioconductor 其他开发

R-Shiny中的自动多文件下载

我正在尝试弄清楚如何获取data.frame来本身作为子集，然后为每个子集编写一个.csv文件.我正在编写一个shiny应用程序，它将为不同的仪器生成模板文件，并且我需要能够为每个批次/板/任何文件获取一个文件.显然，我们可以手动进行排序，但是这样做会破坏目的. 例如，假设我有一个data.frame，其中有4列，分别命名为1)PlateID，2)SampleName，3)Well和4)Co ..

发布时间：2020-09-21 03:11:36 r bioinformatics shiny 其他开发

从数据库检索数据的功能出现错误

我正在尝试从NCBI网站获取FASTA文件，我使用以下功能 getncbiseq ..

发布时间：2020-09-21 03:11:32 r bioinformatics ncbi 其他开发

使用python中指定的分隔符逐块读取文件

我有一个这样的input_file.fa文件( FASTA 格式): > header1 description data data data >header2 description more data data data 我想一次在文件中读取一个块，以便每个块都包含一个标头和相应的数据，例如区块1: > header1 description data data data ..

发布时间：2020-09-21 03:11:29 python python-3.x bioinformatics fasta Python

如何使用python编程将一组DNA序列转换为蛋白质序列?

我正在使用python创建一个程序，该程序将一组DNA序列转换为氨基酸(蛋白质)序列.然后，我需要找到一个特定的子序列，并计算存在该特定子序列的序列数.这是我到目前为止的代码: #Open cDNA_sequences file and read in line by line with open('cDNA_sequences.csv', 'r') as results: for ..

发布时间：2020-09-21 03:11:25 python python-3.x bioinformatics biopython dna-sequence Python

在fasta.gz上的SeqIO.parse

编码新手. Pytho/biopython的新手；这是我有史以来第一个在线问题. 如何打开压缩的fasta.gz文件以提取信息并在函数中执行计算.这是我正在尝试做的简化示例(我尝试了不同的方式)以及错误是什么.我正在使用的gzip命令似乎不起作用. with gzip.open("practicezip.fasta.gz", "r") as handle: for record in S ..

发布时间：2020-09-21 03:11:21 python bioinformatics biopython gzip Python

Python中的递归生成器

我编写了一个函数来返回一个生成器，该生成器包含给定长度的子字符串的每个唯一组合，这些子字符串包含来自主字符串的n个以上的元素. 作为说明: 如果我有'abcdefghi'和一个长度为2的探针，并且我希望获得每个列表4个元素的阈值: ['ab', 'cd', 'ef', 'gh'] ['ab', 'de', 'fg', 'hi'] ['bc', 'de', 'fg', 'hi'] ..

发布时间：2020-09-21 03:11:18 python recursion generator bioinformatics Python

使用python/selenium保存完整的网页(包括CSS，图像)

我正在使用Python/Selenium将遗传序列提交到在线数据库，并希望保存返回的完整结果页面.以下是使我获得所需结果的代码: from selenium import webdriver URL = 'https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasth ..

发布时间：2020-09-21 03:11:14 python selenium web-scraping web-crawler bioinformatics Python

BioMart:有没有一种方法可以轻松更改我所有代码的种类?

下面是我的代码的一小部分: library(biomaRt) ensembl_hsapiens ..

发布时间：2020-09-21 03:11:10 r bioinformatics bioconductor biomart 其他开发

将CSV转换为Newick树

因此，我有一个csv文件，其中每一行均以以下形式表示分层数据: 'Phylum'，'Class'，'Order'，'Family'，'Genus'，'Species'，'Subspecies'，'unique_gi' 我想将其转换为经典的 Newick树格式，无距离.一种新颖的方法或一个python软件包都将是惊人的.谢谢！ 解决方案 您可以使用一些简单的Python从CSV构建树， ..

发布时间：2020-09-21 03:11:09 python tree bioinformatics hierarchical-data Python

WinError 2系统找不到指定的文件(Python)

我有一个Fortran程序，想在python中为多个文件执行它.我有2000个输入文件，但是在我的Fortran代码中，一次只能运行一个文件.我应该如何在python中调用Fortran程序? 我的脚本: import subprocess import glob input = glob.glob('C:/Users/Vishnu/Desktop/Fortran_Program_Ru ..

发布时间：2020-09-21 03:10:06 python python-2.7 python-3.x bioinformatics f2py Python

在两个大型词典中查找匹配键并快速完成

我正在尝试在两个不同的词典中找到对应的键.每个条目约有60万个条目. 举个例子: myRDP = { 'Actinobacter': 'GATCGA...TCA', 'subtilus sp.': 'ATCGATT...ACT' } myNames = { 'Actinobacter': '8924342' } 我想打印出放线杆菌(8924342)的值，因为它与my ..

发布时间：2020-09-21 03:10:04 python bioinformatics Python

将FASTA读入数据帧并提取FASTA文件的子序列

我有一个小的 fasta DNA序列文件，看起来像这样: >NM_000016 700 200 234 ACATATTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC >NM_000775 700 124 236 CTAACCTCTCCCAGTGTGGAACCTCTATCTCATGAGAAAGCTGGGATGAG >NM_003820 700 111 2 ..

发布时间：2020-09-21 03:09:02 r subset bioinformatics fasta 其他开发

如何在R中将Ensembl ID转换为基因符号?

我有一列包含Ensembl ID的data.frame；我想为该列的值找到相应的基因符号，并将其添加到我的数据框中的新列中. 我使用了bioMaRt，但找不到任何Ensembl ID！ 这是我的示例数据(df[1:2,]): row.names organism gene 41 Homo-Sapiens ENSP00000335357 115 Homo-Sapiens ENSP ..

发布时间：2020-09-21 03:09:01 r dataframe bioinformatics bioconductor 其他开发

将一列拆分为多列

我有第一列的表: chr10:100002872-100002872 chr10:100003981-100003981 chr10:100004774-100004774 chr10:100005285-100005285 chr10:100007123-100007123 我想将其转换为3个单独的列，但无法为使用的strsplit命令定义“:"和“-". 我该怎么办? 解决方案 ..

发布时间：2020-09-21 03:07:58 r bioinformatics 其他开发

Pyparsing:提取可变长度，可变内容，可变空白子字符串

我需要从前列腺切除术最终诊断记录的平面文件中提取格里森分数.这些分数始终带有单词Gleason和两个数字，这些数字加起来便是另一个数字.在过去的二十多年中，人类一直在打字.包括各种空白约定和修饰符.以下是到目前为止我的Backus-Naur表格和两个示例记录.仅针对前列腺切除术，我们正在研究一千多例. 我之所以使用pyparsing是因为我正在学习python，并且对自己非常有限的正则表达式 ..

发布时间：2020-09-21 03:07:55 python bioinformatics pyparsing medical Python

根据范围重叠处理输入文件

我有一个巨大的输入文件(其代表性示例在下面显示为input): > input CT1 CT2 CT3 1 chr1:200-400 chr1:250-450 chr1:400-800 2 chr1:800-970 chr2:200-500 chr1:700-870 3 chr2:300-700 chr2:600-1000 ..

发布时间：2020-09-21 03:07:51 r range bioinformatics overlap 其他开发