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根据 NCBI 帮助台回答的问题之一,我们不能“批量下载"PubMed Central.但是,我可以使用“NCBI E-utilities"使用Efetch下载PMC数据库中的所有全文论文,或者至少使用Esearch 在 Entrez 编程实用程序中?如果是,那么如何?如果不能使用E-utilities,有没有其他方法可以下载所有全文文章? 解决方案 首先,在您批量下载文件之前,我强烈建议
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我已成功获得 xml 格式的发布结果页面并将内容写入本地文件“Publications.xml".问题是当我使用 simplexml_load_file("Publications.xml") 时,它失败了.无法弄清楚为什么. 在最后但第二行,解析器失败,我收到消息“不能".我已经仔细检查了 xml 文件,它看起来状况良好. 如果有人能告诉我有关此问题的任何解决方法,我将不胜感激.这是
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我能够手动下载如下所示的FASTA文件: > lcl | CR543861.1_gene_1 ... ATGCTTTGGACA ... > lcl | CR543861.1_gene_2 ... GTGCGACTAAAA ... 通过单击“发送到”并选择“基因特征”,FASTA核苷酸是此页面。 使用如下脚本: #!/ usr / bin / en
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我是python的新手,尤其是Biopython.我正在尝试使用Entrez.efetch从XML文件中获取一些信息,然后再读取它.上周,该脚本运行良好: handle = Entrez.efetch(db="Protein", id="YP_008872780.1", retmode="xml") records = Entrez.read(handle) 但是现在我遇到一个错误:
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此问题与以下内容有关: 那里给出的解决方案是可行的,但是我想为定义等级的每个分类ID提供名称.我已经在ete3上找到了它,它可以完成这项工作: names = ncbi.get_taxid_translator(lineage) print [names[taxid] for taxid in lineage] 但不是Python程序员,我无法将其合并到以上链接中给出的代码中.这是我尝试
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我正在尝试从NCBI网站获取FASTA文件,我使用以下功能 getncbiseq
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我有一个滑行清单,看起来像这样: 1204725 2162 1300163 420247 我希望从上面的标本中按顺序获取具有分类ID的文件: kingdom_id phylum_id class_id order_id family_id genus_id species_id 我正在使用软件包"
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,但它有点棘手,因为他们不给任何支持。其目的是为了获取xml到php来获取XML。 有人可以给出提示吗? 解决方案 通过其中的HTML呈现的XML也不是XML。 您要查找的内容是 textContent 中的 DOM文档 。这将只给你来自该HMTL的文本。就像它在浏览器中显示为“文本”一样。 因此,您只需将HTML文档加载到 DOMDocument 。因为它包含错误,所以
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