bioperl相关内容
我能够手动下载如下所示的FASTA文件: > lcl | CR543861.1_gene_1 ... ATGCTTTGGACA ... > lcl | CR543861.1_gene_2 ... GTGCGACTAAAA ... 通过单击“发送到”并选择“基因特征”,FASTA核苷酸是此页面。 使用如下脚本: #!/ usr / bin / en
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尝试运行Build.PL文件并获取以下消息,而不是罕见的错误消息: 正在检查先决条件... build_requires: !测试:::大多数未安装 建议: *未安装HTML :: TableExtract *未安装Math :: Random *未安装YAML 错误/警告在必备条件中发现。您可能希望先安装上述模块的 版本,然后再进行此安装 运行“ Build ins
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基本上,GenBank文件由基因条目(由"gene"宣布,然后是其对应的"CDS"条目(每个基因只有一个))组成,就像我在下面显示的两个一样.制表符分隔的两列文件,'gene'和'CDS'始终在其前后,如果使用可以使用的工具可以轻松地执行此任务,请告诉我. 输入文件: gene complement(8972..9094) /l
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我有一个如下所示的文本文件 ATOM 920 CA GLN A 203 39.292 -13.354 17.416 1.00 55.76 C ATOM 929 CA HIS A 204 38.546 -15.963 14.792 1.00 29.53 C ATOM 939 CA ASN A 2
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参考文件 chr1 288598 288656 chr1 779518 779576 chr2 2569592 2569660 chr3 5018399 5018464 chr4 5182842 5182882 文件1 chr1 288598 288656 12 chr1 779518 779576 14 chr2
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我有一个完整的登录号数组,我想知道是否有一种方法可以使用BioPerl自动保存genbank文件.我知道您可以获取序列信息,但是我想要整个GenBank记录. #!/usr/bin/env perl use strict; use warnings; use Bio::DB::GenBank; my @accession; open (REFINED, "./refine.txt") ||
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据我所知,在Mac上使用sudo运行CPAN是必需的 sudo perl -MCPAN -e shell 安装新模块.从理论上讲,可以通过从Perl文件夹中删除模块来删除它. 我的问题是:从CPAN 带有'sudo'和没有'sudo'的CPAN安装时,Perl模块放在哪里?我同时安装了BioPerl和它似乎都可以工作.我是否通过使用sudo和不使用sudo进行安装而弄乱了任何东西?
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我正在尝试在我的家中安装一个perl模块 Bio::DB::Sam 远程服务器上的目录. 我下载了模块,提取了文件,然后运行: perl Build.pl prefix=~/local 接下来会发生什么: This module requires samtools 0.1.10 or higher (samtools.sourceforge.net). Please ente
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我正在使用 perlbrew ,我想安装最新的bioperl版本。我应该使用 cpanm 或 git ? code> git - 我是否照常安装(AKA git clone ... 然后make和build),还是应该什么特别的? 更新 具体来说,我不确定我是否理解以下来自 BioPerl使用Git手册的专家: 告诉perl哪里可以找到BioPerl (假设你检出了 $
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我有一个文件特征的基因组区域,看起来像这样: CHROM chromStart chromEnd PGB CHR1 12874 28371 2 CHR1 15765 21765 1 CHR1 15795 28371 2 CHR1 18759 24759 1 CHR1 28370 34961 1 CHR3 233278 240325 1 CHR3 239279 440831 2 CHR3 356
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