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pyparsing 一种查询格式到另一种

我很茫然.我一直试图让这个工作好几天了.但是我对此无能为力,所以我想我会在这里咨询你们,看看是否有人能够帮助我! 我正在使用 pyparsing 尝试将一种查询格式解析为另一种格式.这不是一个简单的转变,但实际上需要一些脑筋:) 当前查询如下: ("breast neoplasms"[MeSH 术语] OR 乳腺癌[致谢]OR 乳腺癌[图/表格说明] OR 乳腺癌[章节标题]OR 乳 ..
发布时间:2022-01-15 13:25:25 Python

下载 PMC 和 PubMed 数据库中的所有全文文章

根据 NCBI 帮助台回答的问题之一,我们不能“批量下载"PubMed Central.但是,我可以使用“NCBI E-utilities"使用Efetch下载PMC数据库中的所有全文论文,或者至少使用Esearch 在 Entrez 编程实用程序中?如果是,那么如何?如果不能使用E-utilities,有没有其他方法可以下载所有全文文章? 解决方案 首先,在您批量下载文件之前,我强烈建议 ..
发布时间:2021-11-15 02:07:16 其他开发

在 R (httr) 中使用 pubmed api 来检索摘要

我正在尝试使用 httr 直接使用来自 R 的 pubmed api.有一些优秀的包可用,例如 RISmed 和 easypubmed 但对于这个特定的任务,我需要直接与 api 交互. 使用这组说明(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/),我从这个代码开始,但返回的是一个没有任何细节或pmid的列表.任何指导表示赞赏.或者如果您知道在此设 ..
发布时间:2021-10-01 20:04:36 其他开发

RISmed 包错误:无法打开连接

我正在尝试使用 RISmed 包从 PubMed 科学数据库中提取数据.我以前使用过完全相同的程序,但现在我无法让它工作.下面的示例是一个玩具示例. 图书馆(RISmed) res ..
发布时间:2021-06-02 20:27:10 其他开发

使用biopython搜索pubmed

我正在尝试将200多个条目输入到publish中,以记录作者发表的文章数量,并通过包括其导师和机构来完善搜索范围.我尝试使用biopython和xlrd(下面的代码)执行此操作,但是对于三种查询格式(1.按名称,2.按名称和机构名称,3.按名称和导师的姓名).是否可以执行故障排除步骤,或者在使用以下指示的关键字搜索pubmed时使用其他格式? 输入查询的示例输出; search_term是包 ..
发布时间:2020-09-21 03:41:24 其他开发

使用Rentrez解析pubmed中的作者和从属关系

我的总体目标是建立共同作者网络图。我有一份PubMed ID列表,这是我对共同作者网络图表感兴趣的唯一出版物。我无法弄清楚如何使用rentrez在查询中同时获得作者姓名和所属单位。我可以同时获得这两种信息,但是我的隶属关系列表比我的作者列表少300左右,因此显然有些人没有提供隶属关系,但我不知道是谁。有什么方法可以搜索作者和从属关系? [当我在entrez_fetch中同时执行这两项操作时,它只是 ..
发布时间:2020-06-06 19:43:21 其他开发

将一种查询格式解析为另一种

我很茫然.我一直在努力使它工作几天.但是我对此一无所获,所以我想在这里咨询一下你们,看看是否有人可以帮助我! 我正在使用pyparsing尝试将一种查询格式解析为另一种查询格式.这不是一个简单的转变,但实际上需要一些头脑:) 当前查询如下: ("breast neoplasms"[MeSH Terms] OR breast cancer[Acknowledgments] OR ..
发布时间:2020-05-04 07:35:57 Python