如何在R中读取VCF文件
我有这个VCF format file，我想在R中读取这个文件。但是，这个文件包含一些我想跳过的多余行。我希望得到类似于结果中的内容，其中行以匹配的行#CHROM开始。 这是我尝试过的： chromo1
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在 Go 中表示枚举的惯用方式是什么?
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在 R 中按范围合并 - 应用循环
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为 20 个自变量(例如遗传变异，这些遗传变异中的每一个都将单独测试)和 40 个因变量运行回归模型的最有效方法是什么?我是 R 的初学者！我找到了一个解决方案，但只有当我有 1 个自变量时它才有效.不知道如果我有很多 (http://techxhum.dk/loop-multiple-变量/) 感谢您的时间. 解决方案 这是一个使用MESS 包中的mfastLmCpp() 函数的密
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如何在python中使用matplotlib创建曼哈顿图?
不幸的是，我自己还没有找到解决方案.如何使用例如 matplotlib/pandas 在 python 中创建 曼哈顿图.问题在于，在这些图中，x轴是离散的. from pandas import DataFrame从scipy.stats导入制服从scipy.stats导入randint将numpy导入为np# 一些示例数据df = DataFrame({'gene' : ['gene-%i
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次要等位基因频率匹配?
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软件包"GeneR"不可用
我正在尝试安装GeneR库(http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GeneR.html): 我正在使用win7和最新的R 2.14.2. 安装过程中的错误: > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") trying URL 'http://www.bioconduc
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2个表之间的高级数据匹配
我是R的新手，我需要解决此问题的建议: 我有2张桌子.表的开始如下所示: 表1: SNP Gene Pval Best_SNP Best_Pval rs2932538 ENSG00000007341 5.6007 rs10488631 ENSG00000064419 7.7461 rs12537284 ENSG000000
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Neo4j密码查询X染色体祖先
在遗传家谱中，X染色体数据可用于链接某些祖先.在以下位置对此进行了很好的说明: X-DNA继承图 我的Neo4j数据库具有每个“人"的节点以及将父亲和母亲连接起来的关系.每个节点都有一个属性性别(针对“人"的性别； M或F).一位女性有两个X染色体，一个来自父母双方.男性有一个X染色体，通常来自母亲. 您可以使用reduce来查看祖先继承所涉及的性别: match p=(n:Pe
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如何将SNP列表映射到基因?
一段时间以来，我一直在寻找这个问题的答案.乍一看似乎并不难，但现在看来颇具挑战性. 我正在寻找一种提交SNP列表(rs#)并获取这些标记所映射基因的列表的方法. 到目前为止，我主要是通过多种方法将SNP映射到疾病，途径等.或者使用基因来获取代表性SNP的列表. 此外，我对计算生物学还很陌生，因此，我希望能找到一种不高度依赖编程的解决方案. 解决方案 http://www.
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生成随机变量，它们之间具有给定的相关性:
我想生成2个连续随机变量Q1，Q2(定量特征，每个都是正常的)和2个二进制随机变量Z1，Z2(二进制特征)，并且所有可能的对之间都具有给定的成对相关性其中. 说 (Q1,Q2):0.23 (Q1,Z1):0.55 (Q1,Z2):0.45 (Q2,Z1):0.4 (Q2,Z2):0.5 (Z1,Z2):0.47 请帮助我在R中生成此类数据. 解决方案 这很粗糙，但可能
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我正在尝试使用{pegas}的haploNet函数绘制单倍型网络，但是我很难将来自不同种群的相同单倍型放在同一饼图中.我可以使用以下脚本构建单倍型网络: x
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Max Fitness在遗传算法实现中停留在局部最大值
下面的代码有麻烦.它是人口进化的实现.在我的情况下，每次都在局部最大值处达到最大适应度，并且无法达到最大可能值.请提出必要的修改及其原因. Individual.java package genetic.algorithm.project; import java.util.Random; public class Individual { public static i
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