在我的集群的一个节点上启动Jupyter笔记本电脑(高性能计算或HPC工具)
我想在我们的群集节点上运行jupyter笔记本，而不是在登录节点。我可以在登录节点上远程运行jupyter笔记本，但这会不必要地减慢集群的使用速度。请指导我如何从本地桌面启动节点上的jupyter笔记本。我们的集群使用PBS作业提交方式，例如使用qsub、qstat、qdel等命令来管理我们在集群上的作业。 推荐答案 您可以通过在作业脚本中运行jupyter笔记本来完成此操作。可以将j
..
qsub相关内容
PBSPro qsub 输出错误文件定向到名称为 jobid 的路径
我正在使用 PBSPro 并尝试使用 qsub 命令行提交作业，但似乎无法按照我想要的方式命名输出和错误文件.目前使用: qsub -N ${subjobname_short} \-o ${path}.o{$PBS_JOBID} -e ${path}.e${PBS_JOBID}... 提交_script.sc其中 $path=fulljobname (即超过 15 个字符) 我知道 $PBS
..
PBS 作业保持排队('Q' 状态)但使用 qrun 运行
在我的完整本地扭矩安装 (torque-6.1.1) 上，我提交的所有作业都停留在“Q"状态，我必须使用 qrun 强制执行它们. >qstat -f 141作业 ID:141.localhostJob_Name = script.pbsJob_Owner = michael@localhost作业状态 = Q队列 = 批次服务器 = 本地主机检查点 = uctime = 2017 年 8 月
..
如何将参数从 QSub 传递到 Bash 脚本?
我在使用 QSub 将变量传递给 Bash 脚本时遇到问题. 假设我有一个名为 example 的 Bash 脚本.示例格式如下: #!/bin/bash#(假设已经设置了其他变量)回声 $1 $2 $3 $4 因此，在终端上执行“bash example.sh 这是一个测试"(我使用的是 Ubuntu 12.04.3 LTS，如果有帮助的话)会产生输出“这是一个测试". 但是，当
..
如何在一次 PBS 作业提交中运行多个命令
我写了一个只需要 1-4 个 CPU 的代码.但是当我在集群上提交作业时，我必须至少采用一个节点，每个作业具有 16 个内核.所以我想对我提交的每个作业在每个节点上运行几次模拟.我想知道是否有办法在一项工作中并行提交模拟. 这是一个例子:我的代码需要 4 个 CPU.我为一个节点提交了一个作业，我希望该节点运行我的代码的 4 个实例(每个实例具有不同的参数)以获取所有 16 个内核.
..
在Anaconda环境中运行qsub
我有一个程序，该程序通常在Linux的conda环境中运行，因为我使用它来管理我的库，并遵循以下说明: 源代码激活my_environmentpython hello_world.py 如何在与PBS兼容的高级计算机上运行 hello_world.py .说明说明了如何运行如下所示的代码 script.sh ，并使用指令 qsub 进行调用. #script.sh#！/bin/sh#PBS
..
SGE提交的作业状态不会从"qw"更改为
我正在ubuntu 14.04上使用Sun Grid Engine来排队要在多核CPU上运行的作业. 我已经在系统上安装并设置了SGE.我创建了一个"hello_world"该目录包含两个shell脚本，即"hello_world.sh". & "hello_world_qsub.sh"，第一个包括简单命令，第二个包括qsub命令，以提交第一个脚本文件作为要运行的作业. 这是"hello_worl
..
使用文件* .dat从父文件夹运行qsub命令到下面的所有目录
我正在使用Redhat和pbs排队系统将作业提交给有限元分析代码。我通常有一个文件夹，其中包含我要运行的.dat文件和将提交.dat文件的.pbs文件。要提交.dat文件，我将在包含两个文件的目录中运行命令“ qsub * .pbs”。 如何提交或仅运行“ qsub *”。 pbs”（包含.dat文件的目录之外）。我通常是.dat文件之后的两个目录。 谢谢 解决方案 您可以执行
..
如何将qsub设置为在job1完成五秒钟后（或任何期望的值）运行job2？
目前，我的工作是估算job1何时完成，然后使用“ #PBS -a [myEstimatedTime + 5]”指令为job2运行qsub，但是我对我的方法不满意，因为有时它是 有没有更好的解决方案？ 解决方案 最好的方法是通过作业依赖项。您可以提交作业： job1id =`qsub script1.sh` qsub script.sh -WDepend = after：$
..
等待用户的所有作业完成，然后再将后续作业提交给PBS群集
我正在尝试调整一些bash脚本，以使其在（ pbs ）集群。 单个任务由几个脚本执行，而这些脚本由主脚本启动。 到目前为止，该主脚本在后台启动了多个脚本（通过添加& ），使它们可以在一台多核计算机上并行运行。 我想用 qsub s代替这些调用，以在整个群集节点上分配负载。 但是，有些工作要依靠其他工作才能开始。 到目前为止，这是通过主脚本中的 wait 语句实现的。 但是使用网
..
可以使用不同的路径/通配符定义snakemake输入规则
我想知道是否可以定义一种依赖于不同通配符的输入规则. 为了详细说明，我正在使用qsub在不同的fastq文件上运行此Snakemake管道，它将每个作业提交到不同的节点: 在原始fastq上使用fastqc-没有下游对其他作业的依赖 适配器/质量修整以生成修整后的fastq 在裁剪过的fastq上的fastqc_after(步骤2的输出)，没有下游依赖性 修剪过的fastq上的s
..
PBS编程
关于PBS的一些简短而愚蠢的问题: 1-我使用 提交工作 qsub job_file 是否可以在作业文件中提交(子)作业? 2-我有以下脚本: qsub job_a qsub job_b 对于启动job_b，最好在job_a的结果完成之前完成.是否可以设置某种障碍或其他解决方法，以便在job_a完成之前不启动job_b? 谢谢 解决方案 第一个问题的答案
..
为什么Torque qsub不创建输出文件?
我尝试使用命令通过Torque PBS在群集上启动任务 qsub -o a.txt a.sh 文件a.sh包含单个字符串: hostname 在命令qsub之后，我执行qstat命令，给出下一个输出: Job ID Name User Time Use S Queue ----------
..
qsub集群上的作业后检查实时输出
这是我的pbs文件: #!/bin/bash #PBS -N myJob #PBS -j oe #PBS -k o #PBS -V #PBS -l nodes=hpg6-15:ppn=12 cd ${PBS_O_WORKDIR} ./mycommand 在qsub文档页面上，好像我把这行 PBS -k o，我应该能够在主目录中名为myJob.oJOBID的文件中检查实时输出.但是
..
用qsub/tork提交作业时排除某些节点?
使用qsub提交批处理作业时，是否可以通过主机名排除某个节点? 类似 # this is just a pseudo command: qsub myscript.sh --exclude computer01 解决方案 取决于您希望有多少个节点，有两种选择. 您可以通过名称指定可以接受的特定节点: qsub -l nodes=n006+n007 例如要排除组中的
..
使用qsub可以提交连续且独立的作业有多快?
此问题与繁忙时pbs作业无输出有关.即，当PBS/扭矩“忙碌"时，我提交的某些作业不会产生任何输出.我想当许多工作一个接一个地提交时比较忙，而且碰巧的是，以这种方式提交的工作中，我经常会得到一些不产生任何输出的工作. 这里有一些代码. 假设我有一个名为"x_analyse.py"的python脚本，它将包含一些数据的文件作为输入，并分析了存储在该文件中的数据: ./x_analy
..
SGE群集-提交后脚本失败-在终端中工作
我有一个脚本要提交给SGE集群(在Redhat Linux上).脚本的第一部分将完整CWD路径中的当前文件夹定义为要在下游使用的变量: #!/usr/bin/bash # #$ -cwd #$ -A username #$ -M user@server #$ -j y #$ -m aes #$ -N test #$ -o test.log.txt echo 'This is a test.
..
重定向我的java程序在qsub下的输出
我目前正在使用qsub运行多个Java可执行程序. 我写了两个脚本:1)qsub.sh，2)run.sh qsub.sh #! /bin/bash echo cd `pwd` \; "$@" | qsub run.sh #! /bin/bash for param in 1 2 3 do ./qsub.sh java -jar myProgram.jar -param
..
SGE提交的作业未运行
我在ubuntu 14.04上使用Sun Grid Engine来排队要在多核CPU上运行的作业. 我已经在系统上安装并设置了SGE，但是在测试时遇到了问题.我创建了一个"hello_world"目录，其中包含两个名为"hello_world.sh"的外壳程序脚本. "hello_world_qsub.sh"首先包含一个简单命令，其次包含qsub命令，以提交第一个脚本文件作为要运行的作业. 这是"
..
在SGE群集问题上的SnakeMake中使用Conda环境
相关:包含Python脚本，conda和群集的SnakeMake规则 我一直在尝试设置SnakeMake管道以在SGE群集(qsub)上运行.使用直接安装到计算节点的简单命令或工具，就没有问题. 但是，当我尝试设置SnakeMake来通过SGE节点上的Conda下载工具时出现问题. 我测试的Snakefile是: rule bwa_sge_c_test: conda:
..