解决metaMDS错误:"veg_distance"；不适用于.C()软件包“素食主义者" [英] resolve metaMDS error : "veg_distance" not available for .C() for package "vegan"

问题描述

尝试从vegan程序包运行metaMDS()时，始终出现以下错误:

I keep getting the following error when trying to run metaMDS() from the vegan package:

my_mds <- vegan::metaMDS(df_species, distance="bray", k=2, trymax=1000, autotransform=TRUE)


Error in .C("veg_distance", x = as.double(x), nr = N, nc = ncol(x), d = double(N *  :  
"veg_distance" not available for .C() for package "vegan"

我尝试过:
1.在线搜索此错误-产生零结果
2.将数据框的大小减小到17行12列
3.从全局环境中清除所有软件包，以消除潜在的软件包冲突
4.指定vegan::metaMDS

I have tried:
1. searching online for this error - which yields zero results
2. reducing the size of my data frame to 17 rows and 12 columns
3. clearing all packages from Global Environment to eliminate potential package conflicts
4. specifying vegan::metaMDS

没有任何效果.您可以帮助提供解决此错误的方法吗?

Nothing has worked. Can you help provide a solution to this error?

示例数据在这里:

structure(list(Species_1 = c(68.75, 51.4583333333333, 67.1666666666667, 
36.3333333333333, 37.1666666666667, 45, 34.25, 20.9583333333333, 
41.75, 85.7272727272727, 63.5, 27.1666666666667, 59.5, 76.75, 
50.1666666666667, 35.25, 42), Species_2 = c(21.3333333333333, 
26.2916666666667, 32.7083333333333, 36.6666666666667, 26.25, 
24.75, 27.0833333333333, 27.5, 39.3333333333333, 35, 24.0833333333333, 
18.0833333333333, 16.3333333333333, 31.75, 23.3333333333333, 
21.5, 22.8333333333333), Species_3 = c(11.6666666666667,     7.66666666666667, 
18.0416666666667, 36.85, 50.6666666666667, 45.9166666666667, 
48.5833333333333, 16.0833333333333, 15.9166666666667, 17.2727272727273, 
11.8333333333333, 3.83333333333333, 1.95833333333333, 1.04166666666667, 
6.45833333333333, 7.70833333333333, 9.41666666666667), Species_4 = c(2.5, 
3.25, 2.25, 3.375, 6.70833333333333, 11.3333333333333, 7.70833333333333, 
4.04166666666667, 8.58333333333333, 4.72727272727273, 0.916666666666667, 
1.45833333333333, 1.375, 2.54166666666667, 1.75, 4.79166666666667, 
3.58333333333333), Species_5 = c(2.5, 7.41666666666667, 14.25, 
4.45833333333333, 5.66666666666667, 9.04166666666667, 5.54166666666667, 
5, 6.41666666666667, 3.59090909090909, 2.54166666666667,     2.66666666666667, 
2.25, 2.25, 1.75, 2.83333333333333, 4.16666666666667), Species_6 =     c(0.0833333333333333, 
0.458333333333333, 0.0416666666666667, 0.5, 0.458333333333333, 
0.416666666666667, 0.541666666666667, 11.9583333333333,     0.208333333333333, 
0, 0.125, 2.29166666666667, 24.7916666666667, 0.5, 0.416666666666667, 
0.708333333333333, 0.166666666666667), Species_7 = c(1.5,     2.45833333333333, 
2.41666666666667, 2.125, 3.33333333333333, 2.45833333333333, 
2.95833333333333, 4.16666666666667, 1.5, 1.63636363636364, 1.375, 
2.04166666666667, 1, 1.04166666666667, 2.16666666666667, 2, 2
), Species_8 = c(1.20833333333333, 3.45833333333333, 1.75,     1.20833333333333, 
0.958333333333333, 0.791666666666667, 0.5, 0.666666666666667, 
1.83333333333333, 0.909090909090909, 0.583333333333333, 1.91666666666667, 
0.75, 1.20833333333333, 0.791666666666667, 2.08333333333333, 
0.583333333333333), Species_9 = c(0.125, 0.208333333333333, 1.58333333333333, 
0.375, 0.0416666666666667, 0.916666666666667, 0.166666666666667, 
0.166666666666667, 1.25, 0.363636363636364, 0.625, 0.25,  0.291666666666667, 
0.375, 0.291666666666667, 0.25, 0.208333333333333), Species_10 =   c(0.166666666666667, 
0, 0.166666666666667, 0.0833333333333333, 0.25, 0.208333333333333, 
0.0416666666666667, 0.625, 0.166666666666667, 0.0909090909090909, 
0.166666666666667, 0.25, 0.166666666666667, 0.208333333333333, 
0.125, 0.583333333333333, 0.0833333333333333), Species_11 = c(0.125, 
0.0416666666666667, 0.0833333333333333, 0.458333333333333, 0.166666666666667, 
0.0416666666666667, 0, 0.0416666666666667, 0.166666666666667, 
0.0454545454545455, 0.0833333333333333, 0.0833333333333333, 0.166666666666667, 
0.291666666666667, 0, 0.291666666666667, 0.333333333333333), Species_12 = c(0, 0, 0.416666666666667, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0.166666666666667, 0, 0, 0)), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -17L), .Names = c("Species_1", 
"Species_2", "Species_3", "Species_4", "Species_5", "Species_6", 
"Species_7", "Species_8", "Species_9", "Species_10", "Species_11", 
"Species_12"))

会话信息:

R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] dplyr_0.5.0     MASS_7.3-47     vegan_2.4-3     lattice_0.20-35     permute_0.9-4  

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.10     assertthat_0.2.0 grid_3.4.0       R6_2.2.0             nlme_3.1-131     DBI_0.6-1       
 [7] magrittr_1.5     lazyeval_0.2.0   Matrix_1.2-10    tools_3.4.0         parallel_3.4.0   compiler_3.4.0  
[13] cluster_2.0.6    mgcv_1.8-17      tibble_1.3.0    

推荐答案

重新安装素食主义者. R版本3.4.0与R 3.3.x二进制不兼容，所有带有编译代码的软件包都必须重新安装在R 3.4.0中.

Re-install vegan. R version 3.4.0 is binary-incompatible with R 3.3.x and all packages with compiled code must be re-installed in R 3.4.0.

这篇关于解决metaMDS错误:"veg_distance"；不适用于.C()软件包“素食主义者"的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！