在ggplot2示例中，从素食中绘制或省略号不起作用
我正在尝试用椭球体为组在gggraph中绘制一个PCA双图，我在 this thread here。 但是，我不能重现结果。我运行了Didzis Elfer解决方案的两个版本，但df_ell数据帧仍然为空。当我运行最后一个命令时： ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2)) + geom_point(aes(color = group)) + geom_p
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envfit 结果是如何产生的?
我有一个关于如何从 vegan 包的问题. 这是一个 envfit() 与排序和环境向量一起使用的示例. data(varespec)数据(varechem)ord “您在表格中看到的值是线性回归的标准化系数，用于将向量投影到排序中.这些是单位长度箭头的方向." - 评论来自 绘制的 envfit 向量与 NMDS 分数不匹配 另外，来自?envfit: 连续变量(向量)的
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在 R 中使用 plot() 时如何摆脱网格?
所以我使用 R 通过 Vegan 包执行 DCA(去趋势对应分析)，每次我绘制结果时，我都会在绘图中间得到一个网格. 我想摆脱它. 这是我的代码: dca
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如何将规格名称添加到 rankabuncomp?
我正在尝试将物种名称添加到 rankabuncomp 图中.我尝试将 specnames = T 添加到 rankabundance 函数，但出现错误.请帮我解决这个问题.非常感谢. 图书馆(素食主义者)图书馆(生物多样性R)数据(沙丘.env)数据(沙丘)RankAbun.1
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ggplot2中的注释不支持换行符是粘贴和解析的命令
问题 如何获取ggplot2的annotate中的paste和parse来接受换行符(\ n)? 问题和MWE 我正在尝试使用vegan.软件包中的metaMDS在ggplot2中重现NMDS分析的应力图，这是我的MWE，然后是结果图. library(ggplot2) library(tibble) library(vegan) set.seed(42) # for r
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尽管提供了社区矩阵，纯素dbrda物种得分还是空的
我已经使用素食主义者社区生态软件包在R中执行了“基于距离的冗余分析"(dbRDA).我想在dbRDA结果的排序图中显示(鱼类)营养群体对样本之间差异(营养级别鱼群的大量数据)的相对贡献. IE.将箭头和营养级别组名称覆盖到协调图上，其中箭头线的长度指示对相似性的相对贡献.据我所知，应该可以通过vegan::scores()函数进行访问，或将其与dbrda.model$CCA$v对象一起存储.
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解决metaMDS错误:"veg_distance"；不适用于.C()软件包“素食主义者"
尝试从vegan程序包运行metaMDS()时，始终出现以下错误: my_mds
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纯素食阿多尼斯不平衡设计SS类型II或III
我是多元统计的新手，所以如果这个问题很天真，或者我错过了重要的事情，请原谅我. 我想知道在使用阿多尼斯时如何处理不平衡的设计.我有一个数据集，该数据集包含河流沉积物中的微生物群落，以及水流(4个水平)，US_DS(2个水平)和季节(2个水平)(我也有其他因素，但目前仍坚持这些因素).例如下面的代码: dist.L2
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R中的累积曲线
我有几个月的时间在4个地点的物种数据.我已经在R中使用包vegan成功创建了累积图，但是我想在一个图上绘制所有4个站点. 起初，我有一个包含所有站点和月份的数据表，但是当我绘制specaccum时，结果是一条曲线数据，所有数据都与站点无关. 因此，我将每个站点拆分为一个单独的数据表，然后将其加载到R中.在每个数据表中，第一行是物种名称，下面的每个其他行是一个月. 例如，我加载了我
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使用ggplot2从素食包中绘制ordiellipse
我想使用ggplot2为我正在处理的一些数据制作一个NMDS排序图。有一个很好的例子来说明如何从这里找到的先前的堆栈溢出线程执行此操作：从素食包中绘制ordiellipse函数到ggplot2中创建的NMDS图 我试图从此前一个线程并用于我的数据。但是，我将函数传递给R后遇到以下错误消息： 数组（x，c（length（x），1L）中的错误，if （！is.null（names（x）））
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在ggplot中绘制RDA（素食主义者）
我对R还是一个新手，试图学习如何使用图书馆素食主义者，我可以用普通的绘图函数轻松地在R中绘图。当我想在ggplot中绘制数据时出现问题。我知道我必须从我创建的列表中提取正确的数据，但是哪些和如何？我一直在练习的数据集可以在这里下载 https：// drive .google.com / file / d / 0B1PQGov60aoudVR3dVZBX1VKaHc / view？usp = sh
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后续工作：将纯素包中的ordiellipse函数绘制到ggplot2中创建的NMDS图上
我正在尝试类似于以前的帖子： 我的问题是：我做了什么不正确的事，或者哪个代码产生了正确的数字？或者是有更好的新代码，我应该使用，而不是显示主机物种在跳蚤社区的差异？ 谢谢， Amanda 连结至 ARG_comm 资料 连结 ARG_env data $ b $ /ARG_comm.csv\",header=TRUE） env
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在ggplot2中绘制envfit矢量（素食包）
我正在完成我在素食主义者和ggplot2中创建的NMDS图，但无法弄清楚如何将envfit物种加载向量添加到图中。当我尝试它时说“无效的图形状态”。 下面的例子从另一个问题（将素食包中的ordiellipse函数绘制到ggplot2创建的NMDS图上），但它表达了我想包括的例子，因为我使用这个问题帮助我将metaMDS放入ggplot2中： 图书馆（素食主义者） 图书馆（ggplot2
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从纯素包中绘制ordiellipse函数到ggplot2中创建的NMDS图上
我使用 ggplot2 来创建NMDS图，而不是正常的绘图函数。我想使用素食包中的函数 ordiellipse（）在NMDS图中显示组。 示例数据： 图书馆（素食主义者） 库（ggplot2） 数据（沙丘） ＃计算NMDS的距离 sol ＃为 创建元数据MyMeta =数据.frame（ sites = c（2,13,4,16,6,1,8,5,17,15,10,11,9,18,3,
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