在R中使用graph.adjacency（） [英] using graph.adjacency() in R

问题描述

  library（igraph）
 rm（list = ls） （））
 dat = read.csv（file.choose（），header = TRUE，row.names = 1，check.names = T）＃读取.csv文件
m = as.matrix（dat ）
 net = graph.adjacency（adjmatrix = m，mode =undirected，weighted = TRUE，diag = FALSE）
  

其中我使用csv文件作为输入，其中包含以下数据：

  23732 23778 23824 23871 58009 58098 58256 
 23732 0 8 0 1 0 10 0 
 23778 8 0 1 15 0 1 0 
 23824 0 1 0 0 0 0 0 
 23871 1 15 0 0 1 5 0 
 58009 0 0 0 1 0 7 0 
 58098 10 1 0 5 7 0 1 
 58256 0 0 0 0 0 1 0 
  

在此之后，我使用以下命令检查重量值：

  E （净值）$重量
  

预期输出有点像这样：

 > E（净值）$重量
 [1] 8 1 10 1 15 1 1 5 7 1 
  

<但是我得到了奇怪的值（每次都不一样）：

 > E（净值）$重量
 [1] 2.121996e-314 2.121996e-313 1.697597e-313 1.291034e-57 1.273197e-312 5.092790e-313 2.121996e-314 2.121996e-314 6.320627e-316 2.121996 e-314 1.273197e-312 2.121996e-313 
 [13] 8.026755e-316 9.734900e-72 1.273197e-312 8.027076e-316 6.320491e-316 8.190221e-316 5.092790e-313 1.968065e-62 6.358638e-316 
  

我无法找到我在做什么错在哪里？
请帮助我获得正确的预期结果，并且请告诉我为什么会出现这种奇怪的输出，并且每次运行它时都会有所不同。

感谢，
Nitin

解决方案

这个问题似乎是由于矩阵元素的数据类型。 graph.adjacency 需要类型 numeric 的元素。不知道它是否有bug。

完成后，

  m < -  as.matrix（dat）
  

将其模式设置为 numeric by：

  mode（m）<  - numeric
  

然后做：

  net < -  graph.adjacency（m，mode =undirected，weighted = TRUE，diag = FALSE）
> E（净值）$重量
 [1] 8 1 10 1 15 1 1 5 7 1 
  

I have a sample code in R as follows:

library(igraph)
rm(list=ls())
dat=read.csv(file.choose(),header=TRUE,row.names=1,check.names=T) # read .csv file
m=as.matrix(dat)
net=graph.adjacency(adjmatrix=m,mode="undirected",weighted=TRUE,diag=FALSE)

where I used csv file as input which contain following data:

    23732   23778   23824   23871   58009   58098   58256
23732   0   8   0   1   0   10  0
23778   8   0   1   15  0   1   0
23824   0   1   0   0   0   0   0
23871   1   15  0   0   1   5   0
58009   0   0   0   1   0   7   0
58098   10  1   0   5   7   0   1
58256   0   0   0   0   0   1   0

After this I used following command to check weight values:

E(net)$weight

Expected output is somewhat like this:

> E(net)$weight
 [1]  8  1 10  1 15  1  1  5  7  1

But I'm getting weird values (and every time different):

> E(net)$weight
 [1] 2.121996e-314 2.121996e-313 1.697597e-313  1.291034e-57 1.273197e-312 5.092790e-313 2.121996e-314 2.121996e-314 6.320627e-316 2.121996e-314 1.273197e-312 2.121996e-313
[13] 8.026755e-316  9.734900e-72 1.273197e-312 8.027076e-316 6.320491e-316 8.190221e-316 5.092790e-313  1.968065e-62 6.358638e-316

I'm unable to find where and what I am doing wrong? Please help me to get the correct expected result and also please tell me why is this weird output and that too every time different when I run it.??

Thanks, Nitin

解决方案

The problem seems to be due to the data-type of the matrix elements. graph.adjacency expects elements of type numeric. Not sure if its a bug.

After you do,

m <- as.matrix(dat)

set its mode to numeric by:

mode(m) <- "numeric"

And then do:

net <- graph.adjacency(m, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag = FALSE)
> E(net)$weight
[1]  8  1 10  1 15  1  1  5  7  1

这篇关于在R中使用graph.adjacency（）的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！