bioconductor相关内容

用rpy2修改r对象

我正在尝试使用rpy2在python中使用DESeq2 R/Bioconductor软件包. 我在写问题时实际上解决了我的问题(使用do_slots可以访问r对象的属性)，但是我认为该示例可能对其他人有用，所以这是我在R中的工作方式以及它的翻译方式python: 在R 我可以从两个数据帧中创建一个"DESeqDataSet"，如下所示: counts_data ..
发布时间：2020-09-21 03:16:23 Python

如何使用matchpattern()在R中具有许多sequence(.fasta)的文件中查找某些氨基酸

我有一个文件(mydata.txt)，其中包含许多带有 fasta 的外显子序列> 格式.我想找到每个DNA序列的起始('atg')和终止('taa'，'tga'，'tag')密码子(考虑框架).我尝试使用matchPattern( Biostrings中的函数 R包)来找到这些氨基酸: 例如，mydata.txt可能是: >a atgaatgctaaccccaccgagtaa >b ..
发布时间：2020-09-21 03:13:14 其他开发

安装路径不可写R，无法更新软件包

我正在尝试使用其网站上的代码将Bioconductor安装到R中.当我键入代码时(请参见下面的内容)，我收到一条错误消息，提示某些软件包无法更新，安装路径不可写. > ## try http:// if https:// URLs are not supported > source("https://bioconductor.org/biocLite.R") Bioconductor ve ..
发布时间：2020-06-30 21:18:34 其他开发

软件包"GeneR"不可用

我正在尝试安装GeneR库(http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GeneR.html): 我正在使用win7和最新的R 2.14.2. 安装过程中的错误: > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") trying URL 'http://www.bioconduc ..
发布时间：2020-06-16 18:41:06 其他开发

降级R版本(Bioconductor安装没有问题)

我无法在R 3.1.1中访问许多Bioconductor软件包，对此我感到非常失望.如何从R 3.1.1降级到R 3.0.2或其他版本? 请注意，此解决方案对于我来说并不足够我的Bioconductor安装没有任何问题. 解决方案 @Deleet指出，这是仅用于Windows . 对于其他平台，请参见: https://support.rstudio.com/hc/en-us/ ..
发布时间：2020-06-12 19:26:41 其他开发

在R 3.4中安装samr

在R v3.4 MacOS sierra中安装samr软件包时遇到问题.我收到此警告消息: "Package which is only available in source form, and may need compilation of C/C++/Fortran: ‘samr’ Do you want to attempt to install these from s ..
发布时间：2020-05-23 19:44:51 其他开发

安装特定版本的生物导体包装

我有一个bioconductor软件包版本1.2.14，我刚刚将其更新为1.4.2版本，不幸的是我得到了不同的结果. 我想确保这是由于软件包更新引起的.有没有办法还原到旧版本，或者删除当前版本并指定旧版本的安装? 或者，我可以在GitHub上看到分支，我想知道它们是否对应于Bioconductor的不同版本. 那么，我可以从GitHub分支版本中安装吗? 解决方案 Step1 ..
发布时间：2020-05-23 19:43:10 其他开发

R:何时在命名空间中使用setGeneric或导出s4方法

我正在编写一个小型R包，以期将来将其提交给Bioconductor，这就是为什么我决定尝试s4类的原因.不幸的是，我在了解何时应该在程序包中不使用setGeneric时遇到了问题，并且setGeneric方法的文档对我来说或多或少令人难以理解. 具体示例: 我创建了一个名为 Foo 的s4类 我使用setMethod("[","Foo", ...) 为[ ..
发布时间：2020-05-20 01:28:08 其他开发

MacOS上的R错误:矢量内存已耗尽(已达到极限?)

我正在尝试运行R脚本(特别是，我正在使用Bioconductor软件包我想知道为什么在使用此功能时会出现错误“向量内存耗尽(达到极限?)"，因为与该函数中的其他功能相比，它似乎不是最占用内存的功能包(包含我正在分析的数据). 我确实知道在Stackoverflow上还有其他类似的问题，但是它们都建议切换到R的64位版本.但是，我已经在使用此版本.到目前为止，这个问题似乎没有其他答案，我想知道 ..
发布时间：2020-05-04 10:35:32 其他开发

如果我的版本不可用，如何在R中安装libxml2软件包?

我想在R中安装"DESeq2"软件包，但是缺少xml2-config文件.我发现可以通过安装libxml2软件包来获得它，但是当我尝试使用它时，出现错误，指出它不适用于R版本3.4.2.任何人都知道该怎么办? 解决方案 运行@amarchin编写的内容后，它不能立即生效，但R建议安装libxml2-dev.所以我在终端中运行:sudo apt-get install libxml2-dev ..
发布时间：2020-04-30 10:49:57 其他开发

是否可以在Jupyter R笔记本电脑中安装生物导体包装“雨水"?

我想为R安装生物导体雨套件在Jupyter笔记本中. 我无法按照上面链接的网站上给出的说明在Jupyter笔记本中安装此软件包-在R Jupiter笔记本中: source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("rain") 我收到以下错误: Warning message: In install.packages ..
发布时间：2020-04-25 06:52:49 其他开发

R软件包无法编译gcc

我下载了bioconductor并试图安装成功安装的软件包（“limma”），但是当我尝试更新bioconductor时，我总是收到与无效编译器选项有关的错误。这似乎是特定于gcc，gfortran软件包安装没有问题。 以下是输出： $对待“ Copyright（C）2012 R统计计算基金会 ISBN 3-900051-07-0 平台：x86_64-redhat-linux-g ..
发布时间：2018-04-20 16:14:33 其他开发

ExpressionSet子集

我有一个我想要子集的 ExpressionSet 对象。例如， > str（ESet） 正式类'ExpressionSet'[package“Biobase”] .. .. @ assayData：.. .. @ phenoData： .. .. .. $ STATUS：num [1：210] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .... 我想提取 ..
发布时间：2017-10-07 17:11:38 其他开发

降级R版本和R封装生物导体

您好，我目前正在使用Bioconductor v2.13的debian服务器上运行R 3.0.2的所有人。我的问题很简单，虽然通过互联网搜索没有提供一个明确的答案： 如何从R 3.0.2降级。到R 2-15？ 考虑到我保持R 3.0.2如何将Bioconductor降级到v2.12？ 提前谢谢， 解决方案 一般来说，Bioconductor旨在使用特定版本的R，因此没有使 ..
发布时间：2017-04-16 21:07:52 服务器开发