Biopython PDB：计算原子与点之间的距离
使用典型的PDB文件，我能够使用与Biopython文档中提供的方法类似的方法来计算结构中两个原子之间的距离。如下所示： from Bio import PDB parser = PDB.PDBParser() pdb1 ='./4twu.pdb' structure = parser.get_structure("4twu", pdb1) model = structure[0]
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用Perl实现DNA到RNA的转换和蛋白质的获取
我正在做一个项目(我必须用Perl实现它，但我不擅长它)，它可以读取DNA并找到它的RNA。把这些RNA分成三元组，就可以得到与之相同的蛋白质名称。我将解释这些步骤： 1)将以下DNA转录为RNA，然后使用遗传密码将其翻译为一系列氨基酸 示例： TCATAATACGTTTTGTATTCGCCAGCGCTTCGGTGT 2)要转录DNA，首先用每个DNA替换其对应的DNA(即，
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如何删除与另一个文件中的元素匹配的行
我正在学习Perl，并且试图弄清楚如何完成此任务。我有一个包含一堆文本文件的文件夹，还有一个文件 ions_solvents_cofactors ，其中包含一堆三个字母的列表。 我得到的错误是： rm：无效的选项- '5' 我的输入文件如下： ATOM 1592 HD13 LEU D 46 11.698 -10.914 2.183 1.00 0.00 H ATOM 1593
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从PDB中除去杂原子
必须删除pdb文件中的杂原子.这是代码，但不适用于我的测试PDB 1C4R. for model in structure: for chain in model: for reisdue in chain: id = residue.id if id[0] != ' ': chain.d
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Biopython:如何避免蛋白质中的特定氨基酸序列来绘制Ramachandran图?
我写了一个Python脚本来绘制泛素蛋白的"Ramachandran图".我正在使用biopython.我正在使用pdb文件.我的脚本如下: import Bio.PDB import numpy as np import matplotlib as mpl import matplotlib.pyplot as plt phi_psi = ([0,0]) phi_psi = np.arr
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要使用Python和放大器拉从RCSB页面期刊称号; BeautifulSoup
我试图获取有关只给出蛋白质的4信PDBID在蛋白质数据银行原来的引用文件的具体信息。 要做到这一点，我现在用的是Python库请求和BeautifulSoup。尝试建立code，我去页为特定的蛋白质，在这种情况下1K48，同时也节省了页面的HTML（通过按命令+ S并保存HTML到我的桌面）。 首先要注意的事项： 1），该页面的网址是： HTTP：//www.rcsb .ORG / PDB
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从蛋白质数据库的蛋白质序列比对宇宙或UNIPROT
我想PDB文件从蛋白质数据库中显示宇宙或UNIPROT匹配，以规范的AA序列的蛋白质。具体而言，我需要做的是从PDB文件，骨干层碳原子的α和他们的某某位置上拉。我还需要拉他们的实际顺序中的蛋白质序列。对于结构3GFT（KRAS - UniProt登录号P01116），这很简单，我可以只取ResSeq数量。然而，对于一些其他蛋白质，我想不通这是怎么可能的。 例如，对于结构（2ZHQ）（蛋白F 2
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