如何使用awk压缩文件 [英] How to use awk for a compressed file
本文介绍了如何使用awk压缩文件的处理方法,对大家解决问题具有一定的参考价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧!
问题描述
如何更改压缩文件的以下命令?
How can I change the following command for a compressed file?
awk 'FNR==NR { array[$1,$2]=$8; next } ($1,$2) in array { print $0 ";" array[$1,$2] }' input1.vcf input2.vcf
该命令在正常文件下工作正常.我需要更改压缩文件的命令.
The command working fine with normal file. I need to change the command for compressed files.
推荐答案
您需要读取压缩文件,如下所示:
You need to read them compressed files like this:
awk '{ ... }' <(gzip -dc input1.vcf.gz) <(gzip -dc input2.vcf.gz)
尝试一下:
awk 'FNR==NR { sub(/AA=\.;/,""); array[$1,$2]=$8; next } ($1,$2) in array { print $0 ";" array[$1,$2] }' <(gzip -dc input1.vcf.gz) <(gzip -dc input2.vcf.gz) | gzip > output.vcf.gz
这篇关于如何使用awk压缩文件的文章就介绍到这了,希望我们推荐的答案对大家有所帮助,也希望大家多多支持IT屋!
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