在一个文件中打印行，在另一文件中匹配模式 [英] Print lines in one file matching patterns in another file

问题描述

我有一个文件超过40.000行(文件1)，我想提取与文件2中的模式匹配的行(约6000行).我像这样使用grep，但是它非常慢: grep -f file2 file1 > out

I have a file with more than 40.000 lines (file1) and I want to extract the lines matching patterns in file2 (about 6000 lines). I use grep like this, but it is very slow: grep -f file2 file1 > out

是否有使用awk或sed的更快方法?

Is there a faster way to do this using awk or sed?

以下是我文件中的一些摘录:

Here's some extracts from my files:

File1:
scitn003869.2| scign003869 CGCATGTGTGCATGTATTATCGTATCCCTTG
scitn007747.1| scign007747  CACGCAGACGCAGTGGAGCATTCCAGGTCACAA
scitn003155.1| scign003155  TAAAAATCGTTAGCACTCGCTTGGTACACTAAC
scitn018252.1| scign018252  CGTGTGTGTGCATATGTGTGCATGCGTG
scitn004671.2| scign004671  TCCTCAGGTTTTGAAAGGCAGGGTAAGTGCT

File2:
scign000003
scign000004
scign000005
scign004671
scign000013

`

推荐答案

尝试grep -Fwf file2 file1 > out

-F选项指定纯字符串匹配，因此应该更快，而不必使用正则表达式引擎.

The -F option specifies plain string matching, so should be faster without having to engage the regex engine.

这篇关于在一个文件中打印行，在另一文件中匹配模式的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！