无法使用自然命名检索PyTables中的数据集 [英] Cannot retrieve Datasets in PyTables using natural naming

问题描述

我是PyTables的新手，我想使用自然命名从HDF5检索数据集，但使用以下输入却遇到此错误：

f = table.open_file（ filename.h5， r）

f.root.group-1.dataset-1.read（）

group / 没有一个名为 group

$ b的孩子
$ b

，如果我尝试：

f.root.group\-1.dataset\-1.read（）

group / 没有一个名为 group

换行符后出现意外字符

我无法更改组名，因为来自实验的大数据。

解决方案

您不能在自然命名中使用减号（连字符），因为它不是有效的字符作为Python变量名（ group-1 和 dataset-1 看起来像是减法运算！）请参见以下讨论：

为什么-python-does-not-allow-hyphens

如果您有使用此命名约定的组和数据集，则必须使用 file.get_node（） 方法来访问它们。这是一个简单的代码片段来演示。第一部分创建2个组和表（数据集）。 ＃1在组和表名称中使用 _ ，而＃2在组和表名称中使用-。第二部分使用自然命名访问数据集＃1，并使用 file.get_node（）

$ p $ b $访问数据集＃2。 b $ b

 导入表为tb 
导入numpy为np 
 
＃创建具有2个组和数据集的h5文件：
＃ '/ group_1'，'ds_1'：支持自然命名
＃'/ group-2'，'ds-2'：不支持自然命名
 h5f = tb.open_file（'SO_55211646.h5'， 'w'）
 
 h5f.create_group（'/'，'group_1'）
 h5f.create_group（'/'，'group-2'）
 
 mydtype = np.dtype（[[（'a'，float），（'b'，float），（'c'，float）]）
 h5f.create_table（'/ group_1'，'ds_1'，说明= mydtype）
 h5f.create_table（'/ group-2'，'ds-2'，description = mydtype）
 
＃关闭，然后重新打开文件
 h5f。 close（）
 
 h5f = tb.open_file（'SO_55211646.h5'，'r'）
 
 testds_1 = h5f.root.group_1.ds_1.read（）
 print（testds_1.dtype）
 
＃以下是无效的Python语句：
＃testds-2 = h5f.root.group-2.ds-2.read（）
 #print（testds-2 .dtype）
 
 testds_2 = h5f.get_node（'/ group-2'，'ds-2'）。read（）
打印（testds_2.dtype）
 
 h5f.close（）
  

I'm new in PyTables and I want to retrieve a dataset from a HDF5 using natural naming but I'm getting this error using this input:

f = tables.open_file("filename.h5", "r")

f.root.group-1.dataset-1.read()

group / does not have a child named group

and if I try:

f.root.group\-1.dataset\-1.read()

group / does not have a child named group

unexpected character after line continuation character

I can't change names in the groups because is big data from an experiment.

解决方案

You can't use the minus (hyphen) sign with Natural Naming because it's not a valid character as a Python variable name (group-1 and dataset-1 look like a subtraction operation!) See this discussion:
why-python-does-not-allow-hyphens

If you have groups and datasets that use this naming convention, you will have to use the file.get_node() method to access them. Here's a simple code snippet to demonstrate. The first part creates 2 groups and tables (datasets). #1 uses _ and #2 uses - in the group and table names. The second part accesses dataset #1 with Natural Naming, and dataset #2 with file.get_node()

import tables as tb
import numpy as np

# Create h5 file with 2 groups and datasets:
# '/group_1', 'ds_1' : Natural Naming Supported
# '/group-2', 'ds-2' : Natural Naming NOT Supported
h5f = tb.open_file('SO_55211646.h5', 'w')

h5f.create_group('/', 'group_1')
h5f.create_group('/', 'group-2')

mydtype = np.dtype([('a',float),('b',float),('c',float)])
h5f.create_table('/group_1', 'ds_1', description=mydtype )
h5f.create_table('/group-2', 'ds-2', description=mydtype )

# Close, then Reopen file READ ONLY
h5f.close()

h5f = tb.open_file('SO_55211646.h5', 'r')

testds_1 = h5f.root.group_1.ds_1.read()
print (testds_1.dtype)

# these aren't valid Python statements:
#testds-2 = h5f.root.group-2.ds-2.read()
#print (testds-2.dtype)

testds_2 = h5f.get_node('/group-2','ds-2').read()
print (testds_2.dtype)

h5f.close()

这篇关于无法使用自然命名检索PyTables中的数据集的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！