将闪亮的应用程序作为软件包开发，并将其部署到闪亮的服务器 [英] developing shiny app as a package and deploying it to shiny server

问题描述

我正在开发一个闪亮的应用程序，并且由于我想使用该功能的自动化测试和文档，所以我开始在包中开发界面（如推荐此处）。

I am developing a shiny app and since I wanted to use automated testing and documentation of the function, I started to develop the interface within a package (as recommended here).

我在RStudio中开发了这个闪亮的应用程序，并且有一个 server.R 文件，可以单击RStudio中的 Run App （运行应用程序）按钮。一切正常。我将软件包提交到​​github存储库，从这一点开始，我想使用 devtools 和 R闪亮服务器上> install_github 函数。

I develop this shiny app within RStudio and I have a server.R file which I can click on the Run App button within RStudio and everything works. I commit my package to a github repository and from this point I want to install it on my R shiny server using devtools and install_github function.

现在我想知道如何在服务器中启动我的应用程序。我天真地想安装该软件包并指向 server.R 文件，但这在某种程度上是行不通的。不知道问题出在哪里。

Now I am wondering how to start my app within the server. I was naively thinking to install the package and pointing to the server.R file, but this is somehow not working. Not sure where the problems are.

我的第二次尝试是在可访问的文件夹中创建名为 app.R 的文件通过闪亮的服务器，在这个文件中，我基本上加载了我的程序包，闪亮的程序和其他需要的程序包，但是由于缺少变量而以某种方式抱怨...

My second try was creating a file called app.R in a folder accessible by the shiny server and in this file I basically load my package, shiny and other needed packages but it somehow complains because of missing variables...

有人可以给我一个建议？我也很高兴回答任何问题，因为我不确定如何正确地提出这个问题。
预先感谢。

Can somebody give me an advice? I am also happy to answer any question since I am not sure how to ask for this problem properly. Thanks in advance.

EDIT部署到闪亮的服务器

由于 Colin D 在评论中询问，如何在闪亮的服务器上部署这些软件包，所以我想演示如何做到这一点。

Since Colin D was asking in the comments, how to deploy these packages on a shiny server, I wanted to demonstrate how I do this.

首先，我使用以下命令通过命令行以 root 的身份将软件包直接安装在闪亮的服务器上。

First of all I install my package on the shiny server directly via the command line as root with the following command.

su - -c "R -e \"devtools::install_github('user/shinypackage')\"" 

下一步是更改软件包文件夹的所有者

The next step is to change the owner of the package folder

chown -R shiny:shiny /usr/local/lib/R/site-library/shinypackage/

然后我重新启动闪亮的

systemctl restart shiny-server

这些是我更新闪亮的应用程序时要执行的步骤。我通常以单行root身份再次执行此操作

These are the steps I do when I update my shiny app. I do this normally again as root in a single line

su - -c "R -e \"devtools::install_github('user/shinypackage')\"" &  chown -R shiny:shiny /usr/local/lib/R/site-library/shinypackage/ & systemctl restart shiny-server

我们仍然需要做的一件事是在 shiny-server.conf 文件。我刚刚添加了软件包路径+应用程序目录，其中保存了 ui.R 和 server.R 。

One thing we still need to do is to setup the directory in the shiny-server.conf file. I just added the package path+the application directory where the ui.R and server.R is saved.

  location /shinypackage {
    app_dir /usr/local/lib/R/site-library/shinypackage/application;
    log_dir /var/log/shiny-server;
  }

然后我必须使用重新启动服务器systemctl restart Shiny-server 。

这是在Ubuntu服务器上使用的。

This is in use on a Ubuntu Server.

推荐答案

当我将闪亮的应用程序作为独立程序包制作时，通常会这样组织文件：

When I make shiny applications as a stand-alone package, I usually organize the files as so:

在R中目录：

• 我所有用于支持应用程序的方法（如果将这些方法用于 ui.R ， server.R 或 global.R 文件）


• A launch_application 函数

• All of my methods to support the application (these should be exported if they will be used in either the ui.R, server.R, or global.R files)
• A launch_application function

定义启动应用程序的内容类似于：

launch_application <- function(x, ...)
{
  shiny::runApp(appDir = system.file("application", package = [my_pkg]),
                ...)
}

在inst目录中

• 应用程序/服务器.R


• 应用程序/ui.R


• application / global.R

• application/server.R
• application/ui.R
• application/global.R

构建后并安装软件包，然后只需要运行

After building and installing the package, I then just need to run

library(my_pkg)
launch_application(...)

这篇关于将闪亮的应用程序作为软件包开发，并将其部署到闪亮的服务器的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！