在Snakemake脚本中使用argparse [英] Use of argparse in Snakemake script

问题描述

是否可以将自定义命令行参数传递给 snakemake 脚本?我已经尝试过，但是用 argparse 执行Snakefile会导致错误 snakemake:错误:无法识别的参数:-zz .下面是一个示例脚本.

  import argparsedef get_args():parser = argparse.ArgumentParser(description ='使用RTG vcfeval比较Illumina和10x VCF')#必需的主要参数parser.add_argument('-zz'，metavar ='-filename'，dest ='fn'，help ='Filename'，required = True)#解析参数args = parser.parse_args()fn = args.fn返回fnfn = get_args()规则test_1:输入:fn +"/example.txt"壳:使用文件{input}回显" 

解决方案

从命令行传递参数为

在snakefile脚本中，可以通过以下方式使用:

 规则test_1:输入:fn + config ['zz']壳:使用文件{input}回显" 

有关详细信息，请参阅文档.

Is it possible to pass custom command line arguments to snakemake scripts? I have tried, but executing Snakefile with argparse results in error snakemake: error: unrecognized arguments: -zz. Below is an example script.

import argparse

def get_args():
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Compares Illumina and 10x VCFs using RTG vcfeval')

    # required main arguments
    parser.add_argument('-zz', metavar='--filename', dest='fn', help='Filename', required=True)

    # parse arguments
    args = parser.parse_args()

    fn = args.fn
    return fn

fn = get_args()

rule test_1:
    input:
        fn + "/example.txt"
    shell:
        "echo Using file {input}"

解决方案

Passing arguments from command line is possible using --config. For example:

snakemake --config zz="filename"

In snakefile script, this can be used in this way:

rule test_1:
    input:
        fn + config['zz']
    shell:
        "echo Using file {input}"

See the doc for more info.

这篇关于在Snakemake脚本中使用argparse的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！